Поки турецька армія повільно рухалась по західному узбережжю Чорного моря, запорожці всіляко їй шкодили. У липні одна частина козаків морем відправилась на Трапезунд, а друга - в район Дунаю, де будувався міст для переправи турецької армії. Проти них Халіла-паша 11 липня відрядив 150 кораблів різного типу. В морському бою запорожці вийшли переможцями, потім висадились на берег над Прутом і зав'язали бої з ордою Кантемира мурзи. Дії запорожців у Туреччині та на Подунайщині вносили тривогу в серця турків, гальмували просування турецької армії.

Досить активно діяло козацьке військо Бородавки. У липні - першій половині серпня невеликі козацькі загони розійшлися по території Молдавії й розгорнули активні воєнні дії. Вони спалили села в околицях Сорок та інших багатьох міст і навіть розбили особисту охорону господаря. Той мусив тікати за Дунай під захист турецьких військ, а козаки взяли під свій контроль мало на всю країну. Основне козацьке військо трималось купи, готове відбити напади татарської орди чи турок.

У середині серпня вся турецька армія переправилась через Дунай і рушила в глиб Молдавії. Козацькі загони нав'язували несподівані бої авангардним частинам турок і таким чином затримували просування всієї армії. Один з них чисельністю 300 осіб при відступі від Сучави наштовхнувся на татарську орду і мусив оборонятись табором. Турецький султан кинув проти нього чи не всі війська. Приблизно 100 козаків пробились до р. Прут і засіли там у великій печері й кілька днів відбивали всі штурми ворога. Тільки димом турки викурили козаків зі схованки і всіх перебили. 200 козаків переправились через Прут, і, відбиваючись від татарської кінноти заклали оборонний табір і цілий день боронились від противника. Під прикриттям ночі козаки вислизнули з табору, розділились на дві частини і відступили лісом. Але на ранок їх наздогнали ворожі підрозділи й змусили знову стати табором. Тільки під вечір туркам вдалось прорвати оборону захисників, увірватись до табору й захопити 30 зранених і до смерті замучених козаків. Усього ж до рук турок потрапило до 200 полонених з числа передових козацьких загонів і майже всіх їх було страчено. Турецький султан будь-що намагався не допустити з'єднання козацького й польського військ і розгромити їх поодинці.

Польське військо під командуванням коронного гетьмана Карла Ходкевича підійшло до лівого берега Дністра і зупинилось. Ходкевич запропонував козакам негайно приєднатись до нього і діяти спільно. Однак Бородавка побоювався можливого сепаратного миру поляків з турками і відповів, що дасть згоду, коли польське військо вступить на територію Молдавії. Це означало початок Польщею воєнних дій безпосередньо проти Туреччини. Після цього польському урядові вже не було куди відступати. До 20 серпня (н. с.) Ходкевич переправився на правий берег Дністра і заклав табір під Хотином.

На другий день до польського табору прибув з Варшави Сагайдачний. Його радо зустріли і командування, і прості вояки, як видатного воєначальника, прихильного до Речі Посполитої на відміну від непевного Бородавки. На чолі невеликого козацько-польського загону Сагайдачний негайно вирушив на пошуки козацького війська, щоб прискорити його рух. Вночі він наскочив на турецький табір, під час сутички був поранений у руку татарською стрілою і ледве врятувався. Проблукавши цілу ніч по лісу, він на ранок вийшов до Дністра, переправився на лівий берег і добрався до козацького війська, що стояло під Могилевом.

На козацькій раді Сагайдачний розповів про обіцянки польського короля задовольнити козацькі прохання і тим самим привернув на свій бік частину присутніх. Тут же рада звинуватила Бородавку в невмілому командуванні, невиправданих втратах людей, нездатності забезпечити військо всім необхідним і скинула з гетьманства. Бородавку присудили до смертної кари і пізніше стратили. Гетьманом знову було обрано Сагайдачного і він протягом тижня, відбиваючись від татар, вів козаків до польського табору. Першого вересня (н. с.) союзники з'єднались. Наступного дня під Хотин підійшов і турецький султан зі своєю армією.

Сили противників були нерівними. Турецька армія налічувала, за одними даними, до 200, за іншими - до 300 і навіть до 500 тис. осіб. Чисельність польської армії не перевищувала 35, української 40 тис. вояків. Козаки були поділені на полки - Федора Білобородька, Івана Гордія, Данила Дерекала, Івана Зискаря, Богдана Куреші, Мойсі Писарка, Адама Підгурського, Цецюри Севрука, Петра Сагайдачного, Тимофія Федоровича та ін. На озброєнні козаки мали 20 мідних і 2 залізні гармати з великим запасом пороху і ядер. За описом відомого дослідника Хотинської війни Мамедкесіра Алекберлі турецький султан перші удари спрямував на запорожців. Він прагнув розбити ще неукріплений табір козаків, а потім знищити і слабше польське військо. Або ж постійними нападами на нього створити враження, ніби турецьке військо воює тільки проти козаків і тим самим вбити клин між запорожцями і польським військом. 2 вересня частини турецької армії кинулись на штурм козацького табору. Артилерія вела по ньому безперервний вогонь. Запорожці витримали наступ, надвечір перейшли в контратаку, глибоко вклинились у лави противника і відкинули його на вихідні позиції. Козаки захопили великі трофеї, знищили 1 тис ворожих вояків і захопили 12 польових гармат та 32 прапори.

З вересня турки безуспішно штурмували козацькі укріплення, в ході яких втратили до 20 тис. осіб. Наступного дня турецька армія п'ять годин атакувала позиції козаків і частково поляків. Вся турецька артилерія