З Києво-Печерським монастирем пов’язане літописання. Першим відомим літописцем був преподобний Никон, ігумен Печерського монастиря. Автором Печерського літопису вважається преподобний Нестор Літописець, який близько 1113 року закінчив свою “Повість минулих літ”. У першій чверті ХІІІ ст. в монастирі було створено унікальний твір “Києво-Печерський Патерик”, основу якого складали розповіді інока Полікерна, а також послання Симона, єпископа Володимир Суздальського.[12, с.67-69].

З початку 40-х років ХІІІ ст. і до початку XIV ст. Києво-Печерська Лавра була свідком татаро-монгольського нашестя і разом з народом зазнавала бід. Золотоординські хани, які усвідомлювали значення Києва для східних словян, усіляко перешкоджали відродженню міста. Від татарських набігів монастир, як і увесь Київ, дуже постраждав у 1399р. і 1418р. Джерел, що повідомляють про життя Лаври у цей період, збереглося мало. Завдяки тому, що Чингісхан і його спадкоємці, за особливостями свого вірування (вони шанували божества різних релігій), виявляли віротерпимість. Є підстави вважати, що життя і богослужіння в монастирі не припинялися. Відомо, що в 1251, 1274 і 1277рр. до Києва з Греції приїжджав митрополит Кирило. Він здійснив у Софіївському соборі хіротонії єпископів для Володимира-на-Клязьмі та Новгорода. 1284р. митрополит Максим скликав Собор єпископів і пізніше сам висвячував єпископів.[16, с.13].

У середині XIV ст. починається литовська експансія на Україні. Хоч Литовський князь Ольгерд, якому підпорядковувалися Київські землі, сповідував спочатку язичницьку віру, а після прийняття Кревської унії (1385р.) між Литвою і Польщею почалося посилене насадження католицизму, Печерська обитель жила в цей період повнокровним життям. Про це свідчить, зокрема, такий факт: “юнак Арсеній, родом з Твері, який прийняв постриг у ІІ пол. XIV ст. … возрадувався духом, коли знайшов у Києво-Печерському монастирі іноків, які слали доброчесність, як зірки на тверді небесній, і намагався наслідувати її, протягом багатьох років проходив різні ступені послуху…”

Печерський монастир справив певний вплив і на розвиток церкви в суміжних російських землях. Так, у ІІ пол. XIV ст. пострижений у ченці у Києво-Печерському монастирі Стефан, Мохринський чудотворець, заснував неподалік від Москви Мохринський, а у Вологодській землі – Авнезький монастирі. Тверський єпископ Арсеній заснував у своїй єпархії Жовтоводський Успенський монастир. Наприкінці XV ст. печерський пострижений Кузьма Яхромський заснував монастир на р. Яхромі у Володимирському повіті (під Москвою).

У цей період Печерський монастир користувався такою славою, що нерідко руські князі приходили до Лаври й залишалися жити в ній назавжди, причому дехто з них уславився як подвижник. Зокрема, тут у 1439р. прийняв чернецтво з ім’ям Феодосій відомий полководець князь Федір Острозький, який передав обителі свої багатства.[44, с.29-30].

Наприкінці XVI ст., долаючи різні труднощі, пов’язані з окатоличуванням українських земель, є також втручанням у внутрішнє життя Лаври короля і магнатів, обитель активно відроджується і відбудовує храми і купує нові землі. І хоча монастир вже не мав тієї колишньої слави, що була в перші віки його існування, він залишається одним з найвизначніших духовних просвітницьких і культурних центрів України. Нова хвиля відродження Печерського монастиря, зростання його духовного авторитету почалося в період боротьби з унією, коли обитель очолювали, кожен свого часу, такі видатні діячі, як митрополит Петро Могила, Інокентій Гізель та інші.[43, с.122-125].

У 1632р. печерського архімандрита Петра Могилу висвячено у сан митрополита Київського. Його подвижницькою працею в умовах жорстокої експансії католицизму й уніатства було зміцнено позиції українського православ’я. У Києві митрополит відкрив духовну школу, що згодом “виросла” у Києво-Могилянську Академію – перший університет України західноєвропейського взірця. У 1643р. Петро Могила канонізував похованих у печерах чорноризців, їхні тіла були проголошені “святими мощами печерських угодників”. З цього часу печери Лаври перетворюються на об’єкт масового релігійного паломництва. Того ж року печерська друкарня видає для всіх православних “Правило молебне до Преподобних Отців наших Печерських і усіх святих”.

У 1627р. зусиллями Петра Могили з монастирської друкарні виходить перший український тлумачний словник “Лексикон славяноруський”, у 1635р. – перше друковане видання “Патерика Печерського”. В подальші роки для контраргументації католицьким місіонерам (отцям домініканкам, кармелітам, єзуїтам), які наводнили Україну, тут друкується польською мовою “Патерикон” та “Опис землі чудес, як у самому Печерському монастирі, так і в обох печерах” (“Тературчима”) з розповіддю про чини печерських монахів, чудеса, які творять їхні мощі у Ближніх і Далеких печерах та першими картами цих підземель. А в 1674р. з монастирської друкарні виходить “Синопсис” – перший підручник української історії.[21, с.4-7].

У 1680-1690рр. у Лаврі інок Батуринського Крупицького монастиря, майбутній святитель Димитрій Ростовський, складає “Житія святих”, які є й понині улюбленим читання християн.

У 1688р. Печерський монастир першим на теренах колишньої Русі набував статусу Лаври. Київська митрополія Української православної церкви, підпорядкованої Константинопольському патріарху, у XVII ст. охоплювала територію сучасних Правобережної України, Білорусі й Литви (православні землі Речі Посполитої). У період національного відродження XVI-XVII ст. у Лаврі творили видатні діячі української культури Єлисей Плетенецький, Паливо Беринда, Захарія Копистенецький, Іов Борецький, Петро