У 1688-1701рр. на кошти гетьмана Івана Мазепи навколо Верхньої Лаври було збудовано кам’яні фортечні мури, що відповідали усім вимогам тогочасного рівня військово-інженерного зодчества. Кам’яні стіни з бійницями замінили благенькі старожитні дерев’яні частоколи і цегляні стіни, закладені ще в давньоруські часи, що вже не давали надійного захисту під час ворожих навал. Загальна довжина оборонних стін сягала 1190 м, товщина близько 3 м, висота – до 7 м. По периметру монастирського подвір’я вздовж усіх стін, на висоті трьох метрів від землі тягнувся поміст для стрільців у вигляді аркади, а над помостом у стіні – ряд стрільниць для стрільби з рушниць. Згодом ці масивні мури стали складовою частиною Печерської (Київської) фортеці, спорудженої в 1701-1703рр як опорний пункт російського царя Петра І у масштабній війні зі шведським королем Карлом ХІІ. У ній тривалий час перебували київська адміністрація й міський гарнізон.[16, с.6-8].

На кутах фортечних стін монастиря збереглося чотири башти: Св. Іоанна Кущника, Св. Онуфрія, Часова та Малярна. Над одними з шести воріт монастиря-фортеці – “Еконалічніми” – гетьманом Іваном Мазепою у 1696-1698рр. було збудовано п’ятиглаву Всіхсвятську церкву – перлину української архітектури стилю козацького бароко XVII ст. У заглибленні північної стіни церкви викарбувався геральдовий щит її фундатора Івана Мазепи.[27, с.99].

У 1786р. Київські й галицькі митрополити були водночас настоятелями (Священноархімандритами) Печерської Лаври. Першою особою після настоятеля в Лаврі був намісник – як правило, ієромонах або ігумен, пізніше – архімандрит. Всіма справами монастиря керував Духовний Собор на чолі з намісником. До нього входили керівники лаврських відомств. По духовних штатах наступним за старшинством після намісників був скарбничий. У його віданні були книги приходу й втрат усіх лаврських відомств. Начальник рахункового стола звіряв прибуткові і витратні статті, складав щомісячні й річні відомості. Благочинний відповідав за порядок у Лаврі, наглядав за поведінкою ченців, послушників, розпоряджався вартою. Еклезіарх відав усіма лаврськими церквами, різницями, начинням, виготовленням і продажем свічок, дзвонивши благовістом і церковною сторожою. Келар завідував трапезною, проскурною та всіма їстівними припасами. Помічником келаря був “ключар погрібний”. Ті, хто наглядав за Дальніми й Ближніми печерами, стояли на чолі братії печер і відповідали за порядок у печерах і печерних церквах. Лікарняний начальник піклувався про хворих і старих з числа Лаврської братії. Економ внутрішній розпоряджався усім майном всередині Лаври, економ зовнішній керував лаврськими угіддями та господарством поза Києвом. Типограф керував друкарнею. Бібліотекар завідував Лаврською бібліотекою. Для сповіді ченців обирався ними духівник.[34, с.62].

Києво-Печерську Лавру не минув своєю монаршою увагою жоден з російських царів: Олексій Михайлович і Петро Великий, Катерина ІІ, Ганна Іванівна, Микола І і Микола ІІ, Олександр І, Олександр ІІ, Олександр ІІІ, Павло, Єлизавета. Під час відвідання Лаври царі, так само як і піддані, брали благословення в настоятеля, прикладаючись до його руки. Романови передавали в дар обителі особисто або через своїх посланців золоті хрести і лампади, рясно прикрашені діамантами оклади богослужбових книг, ризи золотого шитва, порчу й кипарисові гробниці для померших угодників. Значні суми на утримання Лаври дарували дворяни, купці, промисловці, іноземці. Навіть прості люди, з вельми скромним достатком, вважали за свій християнський обов’язок пожертвувати Лаврі частину заощаджень.

При Печерському монастирі існували будинок для прочан і лікарня, на будівництво яких Лавра витратила понад ста тисяч карбованців. Свята обитель приймала на утримання до вісімдесяти тисяч паломників щороку. Багато хто з них не тільки безкоштовно жили в лаврському готелі, а й харчувалися за рахунок монастиря.[12, с.71].

Лавра, як і інші монастирі імперії, виділила значні кошти на розвиток освіти: утримувала власну початкову школу, Духовне училище, асигнувала кошти на навчання бідних учнів Київської єпархії і навіть встановила п’ять стипендій в духовно-навчальних закладах Києва і Костроми “На згадку про чудесний порятунок священного життя Государя Імператора Олександра ІІ 4 квітня 1866 року”.

1 грудня 1860р. в Лаврі відкрилося двокласне народне училище для дітей штатних служителів і жителів Києва. Згодом його було названо Лаврською двокласною церковно-парафіяльною школою. У 1914р. вона приймала на навчання до 130-140 дітей.

Києво-Печерська обитель завжди відгукувалася на будь-яку добру християнську народну і церковно-суспільну справу. Добродійність, любов до ближніх створювали Києво-Печерській Лаврі заслужений авторитет. Свідченням тому є щедрі подарунки царів із супровідними документами “про дарування в ознаменування особливої прихильності до обителі за труди й молитви братії Лаврські в ім’я спасіння душ людських”.[43, с.129].

У Лаврі склався унікальний некрополь. На території святої обителі, в церквах і печерах її спочивають: перший київський митрополит Михаїл, князь Феодор Острозький, Єлисей Плетенецький, Петро Могила, Інокентій Гізель, десятки інших видатних діячів вітчизни.

Багато хто з вельможних людей хотів, щоб після смерті їх поховали на Лаврському цвинтарі. Подібний заповіт залишив, зокрема, генерал-фельдмаршал Борис Петрович Шереметьєв. Проте після смерті Шереметьєва, який помер у Москві, за веління Петра І тіло покійного доставили не в Київ, а в Олександро-Невськую Лавру Санкт-Петербурга. На Різдвяному цвинтарі Лаври у Великій Успенській церкві, на території обителі було поховано багато видатних діячів Росії та України, у тому числі дочка Б.П. Шереметьєва – Наталя (в чернецтві Нектарія) Долгорукая. Черницю Нектарі, яка померла 3 липня 1771р. з належними княгині й подвижниці почестями було поховано в Лаврі.[21, с.7].

8 грудня 1769р., через місяць після смерті імператриці Катерини ІІ, помер Петро Олександрович Румянцев-Задунайський, видатний воєначальник і державний діяч, фаворит