У 1911р. земля обителі прийняли останки Петра Аркадійовича Столипіна – видатного державного діяча Російської імперії.[16, с.9].

Трагічні події після 1917 року послужили поштовхом до тотального винищування православного духівництва і всього, що було пов’язане з Православною Церквою. 25 січня 1918 року в стінах Лаври був замучений перший новомученик російський митрополит Київський і Галицький Володимир а в 1920 році Лавру закрили. Згідно з Декретом радянського уряду “Про відокремлення Церкви від держави і школи від церкви” усе майно церковних і релігійних товариств було оголошене надбанням народу. 29 вересня 1926 року ВУЦВК і Рада народних комісарів УРСР ухвалили постановку про “Визнання колишньої Києво-Печерської Лаври історико-культурним державним заповідником і про перетворення її на Всеукраїнське музейне містечко”. Поступово ізоляція церковної громади, витіснення її новоствореним музеєм завершилося на початку 1930р. повною ліквідацією монастиря. Частину братії вивезли за сотні кілометрів від Києва і розстріляли, інші були ув’язнені або заслані. Лавра була розорена і зруйнована.

Великої шкоди архітектурним та історичним цінностям Лаври було завдано в роки Великої Вітчизняної війни. З листопада 1941р. було висаджено у повітря Успенський собор. Досі точно не встановлено, ким виконувалися вибухові роботи – гітлерівцями чи радянським підпіллям.[27, с.102].

Наприкінці 50-х років посилився тиск партійно-політичної системи, і Заповідник перетворюється на розсадник заідеологізованої атеїстичної пропаганди. У цей час за вказівкою директивних партійних органів було засипано старовинні колодязі Антонія і Феодосія, які ще з давніх часів користувалися великою популярність у віруючих, а також виконували дренажну функцію.

У 1961р. волюнтаристським рішенням партійних органів діючий монастир, який поновив свою діяльність на території Нижньої Лаври у 1941р. за часів фашистської окупації, було закрито, його насельників вигнано.

У червні 1988р. з нагоди святкування 1000-літнього ювілею Хрещення Київської Русі, згідно з постановою Ради Міністрів УРСР, новоствореній печерській громаді було передано територію Дальніх печер з усіма наземними будівлями й печерами: у 1990р. передано територію Ближніх печер.

В 1996р. заповіднику в Києво-Печерській Лаврі надано статус національного. Справжніми шедеврами світової архітектури є Троїцька надбрамна церква і відновлений Успенський собор, Трапезна церква і лабіринт Ближніх та Дальніх печер обителі.

В складі заповідника знаходяться не лише будівлі лаври, а й стародавня церква Спаса на Берестові.

Археологам вдалося віднайти в храмі 78 поховань і напис на стіні, що тут поховані дочки і син Володимира Мономаха – черниця Євпраксія і Софія, та Великий київський князь Юрій (Долгорукий), легендарний засновник Москви. В 1970р. в церкві Спаса під розписами XVII ст. було віднайдено древні фрески часів княжої доби, збереженість яких є кращою за фрески Софійського собору і Кирилівської Троїцької церкви. Особливо цінною вважається фреска “чудесна риболовля на Тиверіадському озері”. В церкві Спаса на Берестові в XVII ст. служили і православні, і греко-католицькі священики, храм піднімав з руїни архімандрит Лаври Петро Могила.[19, с.55-56].

Територія заповідника площею 20 га міститься в південно-східній частині Києва. Вона має горбисту поверхню з двома плато і кількома терасами. На верхньому плато розташовані пам’ятки давньоруської культури, а також унікальні споруди XVII-XVIII ст. Це так звана Верхня Лавра. Її територію оточують фортечні мури з чотирма кутовими баштами і трьома брамами. На території Нижньої Лаври знаходяться будівлі українського зодчества XVII-XVIII ст. Загалом на території Лаври налічується 102 кам’яні споруди, визнані памятками архітектури. Серед них, зокрема, такі: Печери Дальні та Ближні, Успенський собор, Аннозачатівська церква, Всіхсвятська церква, церква Різдва Пресвятої Богородиці, Трапезна церква, Троїцька надбрамна церква, Хрестовоздвиженська церква, Церква Спаса на Берестові, Микільський монастир, Головна дзвіниця, дзвіниця на Дальніх печерах, келії ченці, Митрополичі покої (музей декоративного мистецтва), Ковніровський корпус (золота скарбниця), друкарня (музей книги), башта Св. Іоана Кущника з амбразурами для гармат (XVII ст.), фортечні мури XVII ст., стіна Дебаскета.

Основу сучасного монастиря утворюють лабіринти Ближні і Дальніх Печер (загальна довжина сягає близько 900 м, глибина – від 5 до 20 м). На початку ХІ ст. печери використовувалися ченцями як житло, тут вирубано келії в підземні церкви для молитв. У ХІХ ст. в зв’язку з масовим відвідуванням печер прочанами з усього світу лаврські підземелля було упорядковано: підлоги вимощені чавунними плитами, стіни укріплені цегельною кладкою, оштукатурені, в окремих місцях розписані.[44, с.32].

Дальні (Феодосієві) печери вважаються найдавнішими, закладеними на початку Х ст. братчиками-першооселенцями. Вони набагато глибші та довші (383 м), ніж Ближні, і розташовані частково під монастирським садком, частково – під самим монастирем. Найдовше відгалуження – Варязькі печери – тягнуться далеко у південно-східний бік від монастиря. Дальні печери мають два входи – східний (з боку Дніпра) та західний (з Аннозачатівської церкви). У дальніх печерах розміщені три підземні церкви: Різдва Пресвятої Богородиці, Феодосіївська та Благовіщення Пресвятої Богородиці. Найбільша з них – Феодосіївська – у ній знаходиться найдавніший чотириярусний іконостас, прикрашений рослинним орнаментом. Також тут в окремій ніші є мироточиві глави – одне з див Печерської Лаври. Одна з глав, за переказом, належить учневі Апостола Петра – Св. Климентові Римському.

До відкритих для паломників лабіринтів Дальніх печер прилягають Варязькі підземелля довжиною 172 м. Тут ще за часів Аскольда і Дира була стоянка розбишацьких дружин, що плавали Дніпром «Із варяг у греки».