Тим часом, союзники за Переяславським договором, незважаючи на негідну поведінку під час сепаратних переговорів у Вільні, почали все активніше втручатись в українські справи. Допомагала їм у цьому частина старшини, деякі представники якої ще під час переговорів у Переяславі просили від московських послів добитись підтвердження у царя їх станових привілеїв. Крім того царські воєводи почали втручатись і в суперечки старшини з рядовими козаками і селянами, виступаючи "захисниками" інтересів простого народу і вбиваючи клин між народними масами і щойно сформованою політичною елітою козацької держави. Проти І. Виговського вибухнуло інспіроване московськими агентами повстання під проводом полтавського полковника М. Пушкаря та запорозького кошового Я. Барабаша, до яких з усієї України стікались люмпенізовані маси, так звані дейнеки.
Як зазначає Ю. Мицик "Роздмухуючи усобиці, надаючи зростаючу підтримку опозиції, царський уряд прагнув послабити Українську державу, щоб прискорити її поглинання. Виговський став перед важкою дилемою: або змиритися з поступовим перетворенням держави з рівноправного союзника Росії у провінцію імперії або ж боронити суверенітет України. Виговський вибрав останнє..."

Однак зіткнення противників та прихильників І. Виговського не можна розглядати лише як конфлікт щодо вибору зовнішньо-політичних орієнтацій, чи просто міжособистісну боротьбу за владу. Воно мало під собою глибшу і фундаментальнішу, соціальну основу. На думку Л. Онішкевича трансформація козацької держави у національну станову була цілком закономірним історичним процесом: "... коли ще не скінчений новий етап історичного розвитку, коли немає передумов для створення суспільства вищого етапу, — боротьба й перемога можуть принести силу змін (епохального значення буде визволення національне), але самої основи суспільно-правних відносин вона принести не може. Інша річ, що форми суспільно-правової структури суспільства можуть зазнати чималих змін"

Українська революція під проводом Б. Хмельницького дійсно відбулась на зламі історичних епох. Її змістом було не лише національне, а й соціальне визволення, адже революційний вибух скасував феодальну залежність селян і зробив їх особисто вільними. Хоча це зовсім не означало, що всі суспільні сили були готові до корінних соціальних трансформацій — частина козацької старшини, не говорячи про духовенство чи шляхту, прагнула повернутись до старих порядків часів Речі Посполитої, йдучи навіть у васальну залежність від Московського царства, аби утвердити своє привілейоване становище.

Однак не можна повністю погодитись з Л. Онішкевичем про те, що козацька гетьманська держава від самого свого виникнення формувалась як станова: "По формі — в ній все нове. Зникла польська адміністрація, і замість неї країною правлять, під кермом гетьмана, козацькі полковники, сотники й інша козацька старшина. Форми устрою зовсім відмінні від попередніх. Але суспільно-правові відносини дуже швидко входять в нормальну для європейських суспільних організацій XVII-XVIII ст. колію суспільства станового типу. Через це на Україні не сталося соціальної революції, ідей і завдань якої шукала в Хмельниччині соціялістична і народницька історична наука. Через це суспільство України швидко знову розколюється на стани. Ці стани мають нові назви, але суть станових відносин залишається незмінна. Це — відносини між дідичем і селянином-кріпаком, з виділенням міст, як станових осередків ремісництва і торгівлі"

Але якщо не було соціальної революції, то як могла відбутись контрреволюція? Адже саме так можна кваліфікувати процеси повторного закабалення українського селянства, що розтягайсь на багато років, аж до остаточного закріпачення в часи Катерини II. Революція 1648 року не лише звільнила селян, але й створила систему "соціальних ліфтів", які забезпечували досить високий рівень соціальної мобільності громадян Козацької держави: участь у військових походах, вдала торгівельно-підриємницька діяльність, врешті-решт вигідний шлюб, — все це забезпечувало оновлення пануючої еліти і зберігало на довгий час ілюзію збереження традиційних "козацьких вольностей".

Спроби ж І. Виговського утвердити в Україні правлячу верству на зразок тогочасних європейських держав викликали несприйняття у частини суспільства, яким вдало зуміли скористатись у власних інтересах московські резиденти. Вибухнула братовбивча громадянська війна, в якій переміг гетьман І. Виговський. З обох сторін загинуло, за оцінками істориків, до 50 тисяч українського люду. Так почалась в українській історії епоха, що отримала красномовну назву — Руїна. Ця епоха була відзначена кривавими драмами, що іноді, як сумнозвісна "чорна" рада 1663 року, супроводжувались нестримним соціальним популізмом і закінчилась лише з приходом на гетьманство І. Мазепи та остаточним завершенням процесів створення української Козацької держави як станово-феодальної.

Бачачи справжні наміри Московської держави щодо України та її роль у розв’язанні повстання проти законно обраного гетьмана, значна частина козацької старшини почала схилятися до укладення союзу з учорашніми ворогами — поляками. Проти нього виступали селянські і козацькі маси, що боялися повернення панщини, релігійних утисків та помсти з боку магнатів і вірили демагогічним обіцянкам про те, що "православний цар гарантує їм усі давні свободи і привілеї".

Шукаючи можливості протидіяти спробам поглинання української держави гетьман І. Виговський укладає 16 вересня 1658 року у м. Гадячі договір з поляками, який формально денонсував українсько-московський договір 1654 року. Згідно з ним Річ Посполита перетворювалась із двоєдиної держави у складі Королівства Польського і Великого князівства Литовського у триєдину, де до двох перших, на засадах повної рівності, приєднувався третій суб’єкт конфедерації — Велике князівство Руське. До цієї спілки також могла приєднатися і Москва. До складу України під назвою Велике князівство Руське повинні були входити території Київського, Чернігівського і Брацлавського воєводств.

Як зазначає М. Брик "Начальна влада в Україні належала б гетьманові. Йому належала б як і