Татарська навала 1237—1240 рр. мала величезні впливи як на політичне, так і церковне життя українських земель. Київ, що ще в другій половиш 12 ст. втрачає своє попереднє значення, тепер зовсім підупадає. Серед поодиноких земель Київської Русі зростають нові політичні й культурні осередки. Серед українських земель домінують Галич та Волинь. У північних краях поруч із Новгородом та Володимиром з 14 ст. починає зростати Москва, що поволі підбиває собі інші князівства понад Окою та Волгою. Білоруські землі та більшу частину українських забирає Литовська держава (в 14 ст.), а землю Галицьку – Польща за Казимира Великого. Отже, йдуть нові політичні впливи та взаємовід-носини, яких не було до 1240 р. Територія Київської митрополії розбивається між Литвою, Польщею, Новгородом, Москвою та ін. Київському митрополитові доводиться мати справу не тільки з різноплемінною владою, а й різновірною. Така різниця й політична боротьба поміж зазначеними державами сильно утруднюють його положення. Близькість татарських кочовин та небезпечність життя в близьких до степів місцевостях примушують наших митрополитів шукати собі спокійного місцеперебування. Кирил ІІІ (1245-1281), Максим (1283-1305) та Святий Петро (1308-1326) не сидять на одному місці, а міняють свої осідки, найдовше перебуваючи на півночі у Володимирі-на-Клязьмі, а Петро – в Москві. Князі мо-сковські найбільше подобаються митрополитам, які від часів Пет-ра енергійно підтримують московську політику, чим настроюють проти себе інші політичні центри, внаслідок чого з'являються спро-би поділу єдиної митрополії.

Київська митропо-лія зоставалася єдиною й охоплювала свою домонгольську терито-рію до половини 15 ст., коли Москва рішуче сепарувалася від Києва. Приводом до того послужила поява в Київській митрополії грека Ісидора, прихильника унії з Римом. Константинопольський патріарх користався своїм правом призначати київських митрополи-тів, і в цій справі інколи на нього впливав візантійський імператор. З початку 15 ст. Візантія перебувала у страшній небезпеці: турки-османи збиралися покласти кінець її політичній самостійності. Імпе-ратор Іоанн VІІІ Палеолог (1425-1448) шукав собі порятунку на Заході в папи і, щоб схилити його на свою сторону, погоджувався на умію, себто на підбиття східної церкви владі римського єпископа. Для здійснення своїх планів імператор підбирав собі серед право-славного духовенства прихильників своєї ідеї. Патріархом він зробив однодумця Іосифа, а той і призначив київським митрополитом Ісидора, що з-за свого грецького патріотизму дав згоду брати участь у соборі у Флоренції. Справді, вів був там, стояв за унію й повернув-ся до своєї пастви вже як представник папи з титулом кардинала. В Москві вів зустрів сильний опір, а тому й мусив тікати звідти й тримався деякий час в межах Литви та Польщі, хоч і тут він не зустрічав собі прихильників, незважаючи на підтримку світської влади та латинського духовенства. Влаштувавшись в Італії, Ісидор добився призначення на київського митрополита теж прихильника унії Григорія Болгариновича, що потім відмовився від унії. Москва тим часом добивалася затвердження вибраного в митрополити собо-ром єпископів Іони, єпископа рязанського. Заходи Ісидора в Царгороді та пізніше політичні події перешкоджали такому затвердженню. Тоді Московський собор 1458 р. ухвалив самостійно, без патріарха, проголосити Іону митрополитом, при чому йому було дано титул "митрополит Московський і всея Русі", між тим як попередні митрополити, й ті, що жили в Москві, всі титуловалися "митрополит Київський і всея Русі". Від цього часу на території єдиної Київської Русі бачимо вже дві митрополії: Московську та Київську. Перша з них охоплювала Московську державу (претендуючи і на Новго-род), а друга – православну людність Литви та Польщі. Тут знахо-дилися такі єпархії: Смоленська, Чернігівська, Полоцька, Холмська, Перемишльська, Львівська, Володимиро-Берестейська, Луцько-Острозька та Турово-Пінська. До цих дев'яти треба ще додати єпархію самого митрополита. Смоленська та Чернігівська єпархії, як прикор-донні, часом належали до Москви, а Львівська в 1414-1538 рр. підлягала безпосередньо митрополитові.

У 13 ст. інтенсивно провадять місіонерську діяльність на території Малої Русі ченці