Із липня по вересень 1960 р. під час завершального, третього, етапу було заплановано лікві-дувати п’ять монастирів та скитів. Чотири з них, а саме: Троїцький чоловічий скит у с. Городілово Закарпатської області, Благовіщенський жіночий скит у с. Горбки Закарпатської області, Мико-лаївський чоловічий монастир у с. Іза Закарпатської області, Успенський жіночий скит у с. Угля Закарпатської області [7, 72].

Таким чином, із загальної кількості монастирів та скитів, які було заплановано ліквідувати, майже дві третини припадало на західноукраїнські землі і майже третина – на Закарпатську область.

Закриття монастирів повинно було проводитися під різними виправдовуючими дії влади приводами. Так, Густинський жіночий монастир закривався тому, що на його території був будинок інвалідів і монастирські приміщення становили незначний відсоток у порівнянні з ним, а крім того, будинок інвалідів відчував гостру потребу в додаткових приміщеннях; Кременецький жіночий монастир розміщувався в центрі м. Кременець у безпосередній близькості від шкіл і державних організацій; монастирські приміщення Городищенського жіночого монастиря містилися безпосередньо біля лікувального джерела і на їх базі було вирішено організувати водолікувальний санаторій і т.д. Скити ж, які розглядалися як філіали монастирів, об’єднувалися з ними [4, 274 - 275].

2 квітня 1959 р. відбулося засідання Ради у справах РПЦ, на якому були присутніми представники вищої духовної ієрархії. Їм була надана можливість ознайомитися з планом ліквідації монастирів. Уже 4 квітня Патріарх Московський і Всієї Русі Алексій із власної ініціативи надіслав на ім’я голови Ради в справах РПЦ Г.Пінчука лист, в якому висловив свою позицію щодо запланованих заходів. Зокрема, глава православної церкви від свого імені, а також від імені митрополита Миколая і Керуючого справами патріархії протопресвітера Колчицького, “високо оцінив велику досвідченість у вирішенні церковних питань” голови Ради в справах РПЦ, а також “доброзичливість і обережний підхід у вирішенні такого життєвого питання, що торкається становища великої кількості громадян”. У посланні відзначалася “безболісність” плану, яка, за словами автора, полягала в тому, що передбачалося скоротити не так уже й багато із загальної кількості існуючих монастирів; що монахів із ліквідованих монастирів намічалося перевести в ті, що залишаться, і, що головне, саме закриття намічалося провести не відразу, а поступово, протягом найближчих років. На завершення висловлювалося сподівання, що план поступового скорочення зазначених монастирів буде схвалений та прийнятий урядом, який “неодноразово демонстрував доброзичливе ставлення до православної церкви” [7, 78-79].

Поряд з тим, що влада заручилася підтримкою вищої духовної ієрархії РПЦ, були зроблені кроки в напрямку усунення небажаного ажіотажу навколо закриття монастирів, який могли учинити віруючі. З цією метою керівництву монастирів було “запропоновано” припинити практику організації прийомів груп віруючих і окремих паломників, забезпечувати їх грошима, продуктами, а також “рекомендовано” ліквідувати готелі при монастирях тощо. Так, на початок літа 1959 р. були закриті готелі при Києво-Печерській і Почаївській лаврах [10, 32]. Під час закриття монастирів колгоспників із найближчих сіл відправляли на роботи подалі від обителей. Встановлювався нагляд за дзвіницями монастирів і навколишніх сіл, щоб не допустити підняття тривоги [6, 195].

23 листопада 1959 р. Рада Міністрів СРСР видала постанову “Про скорочення кількості монастирів і скитів на території УРСР”. Ця постанова, зокрема, зобов’язувала виконкоми обласних Рад депутатів трудящих Дніпропетровської, Полтавської, Ровенської, Чернігівської, Тернопільської, Закарпатської областей, а також Міністерство соціального забезпечення УРСР вжити заходи щодо працевлаштування молодих монахів, створити для них нормальні житлово-побутові умови, тих, хто висловить бажання, розмістити в будинках для престарілих та інвалідів, усіх інших розподілити по діючих монастирях у відповідності з підготовленими списками. Монастирські приміщення передавалися відповідним Радам депутатів трудящих для використання їх під культурно-просвітні установи, школи, лікарні, будинки престарілих і т. п. Речі культового вжитку, іконостаси, ікони, релігійна література передавалися діючим монастирям або найближчим церквам. Пам’ятники архі-тектури, розташовані на території монастирів, які закривалися, залишалися у віданні архітектурних управлінь, а ті з них, що використовувалися раніше як парафіяльні церкви, передавалися за типовим договором релігійним общинам. Про виконання постанови Рада у справах РПЦ повинна була доповісти до 1 травня 1960 р. [5, 101-103].

Закриття кожного монастиря чи скиту ретельно готувалося і супроводжувалося проведенням комплексу різноманітних заходів із використанням великих людських і матеріальних ресурсів. Зокрема, під час ліквідації монастиря у Кременці одних дружинників було залучено понад 120 осіб [5, 239], для перевезення майна монастиря, як зазначається в архівних матеріалах, використано понад 200 вантажних автомобілів, а кількість вантажників становила близько 250-300 чоловік [5, 216]. При цьому надзвичайно велика увага приділялася оперативності. Установи, які переселялися на території монастирів, повинні були бути готовими до освоєння приміщень у день евакуації ченців і черниць. У кінці дня переселення монахів на приміщеннях колишніх монастирів були вивішені відповідні вивіски, а самі приміщення відразу займалися [5, 239].

У доповідній записці про виконання постанови Ради Міністрів УРСР “Про закриття деяких монастирів і скитів на території УРСР” Уповноважений у справах РПЦ Г.Пінчук наголошував на необхідності глибокого знання уповноваженими цієї Ради та органами безпеки й МВС особового складу монастирів і скитів, груп паломників, що зосереджувалися навколо монастирів, настроїв духовенства [5, 238]. Робилося це з метою завчасного усунення осіб, які могли б організувати певний опір, створити ускладнення