До потенційних забруднювачів Чорного моря можуть бути віднесені хімічні заводи, електрохімічні і металургійні підприємства, цементні заводи, нафтові і інші термінали.

Тривалий час в морської воді зберігаються синтетичні матеріли (капроновий канат зберігається 100-200 років, пластикова пляшка - до 500 років). Пластикові відходи спричиняють шкоду морським організмам, птахам і естетичному вигляду морського побережжя.

Чорне море стало приймачем для екзотів, які попали внаслідок випадкової або навмисної інтродукції. Вони успішно пристосувалися, зайняли екологічні ніші інших організмів і стали причиною еколого-економічних проблем. Прикладом є поява в 1940-1950 pp. молюска рапана родом з Японського моря, що поїдає устриць, мідій і інших молюсків. У ПЗЧМ рапана не отримала масового розмноження. Разом з баластними водами з опріснених вод Північної Атлантики в 1980-і роки попав медузо-подібний гребневик мнеміопсіс (до 10-11 см в довжину), відомий як хижак, що поїдає зоопланктон - кормову базу риб. Наприкінці 1980-х років відмічалось різке зниження зоопланктону і іхтіопланктону, різке падіння уловів хамси. У 1994-1996 pp. чисельність мнеміопсісу стала меншати, що привело до збільшення чисельності кормового зоопланктону, однак проблема мнеміопсісу не втратила гостроти.

Регулювання видобутку біоресурсів в Чорному морі є однією найважливіших умов забезпечення стійкого промислу і збереження біологічної різноманітності в межах всієї EC.

Наскільки згубно позначаються антропогенні навантаження на екологічний стан морського середовища можна бачити на прикладі о. Зміїний, який значною мірою не зазнає таких навантажень і характеризується унікальною біологічною різноманітністю [34].

Чорне море визнане як найбільш забруднене в світі. Дана ситуація повинна послужити прикладом для майбутніх поколінь, людського розуміння щодо необхідності порятунку і захисту спільних міжнародних ресурсів. Як відмічає Ю.П. Зайцев [34], стійкий розвиток морської ЕС потребує безперервної міжнародної співпраці на основі Стратегічного Плану Дій по відновленню і охороні Чорного моря, прийнятого в 1996 р. шістьма причорноморськими країнами.