Рослинний світ
            

Медобори займають центральну частину Подільських Товтр. Своєрідність порід органегонного походження, ґрунтового покриву, дуже розчленований рельєф і кліматичні умови обумовили розвиток різноманітного, флористично багатого рослинного покриву, наявність ряду рідкісних, реліктових, ендемічних та погранично-ареальних видів. Разом з тим флора багата медоносними, лікарськими та вітамінними рослинами.
             Особливістю рослинного покриву Товтрового кряжу є унікальне поєднання у структурі флористичних комплексів елементів ареально-лісових та лучно-степових видів. За останніми даними на території Медоборів зростає більше 800 видів вищих судинних рослин. Рідкісними є 120 видів, значна частка яких зростає на межі ареалу. 30 видів занесено до Червоної книги України та підтверджено зростання мохоподібних – 160 видів, лишайників – 72, грибів – 359 видів. Місцева флора багата медоносними, лікарськими та вітамінними рослинами.
            У рослинному покриві Медоборів найбільші площі займають лісові угруповання – понад 90%. За складом це широколистяні дубово-грабові, грабово-дубово-ясенові, а також грабово-букові, кленово-ясенові, чисті дубові, букові і грабові деревостани. Останні займають значні площі займають дуб і граб. Поряд з ними ростуть дуб скельний, ясен, явір, бук, клен гостролистий, липа серце листа, черешня, в’язи, береза, осика тощо.
            У підліску переважають бруслина бородавчаста та європейська, ліщина звичайна, свидина кров’яна, гордовина, глід, трапляються смородина чорна, аґрус відхилений. Трав’яний покрив утворюють яглиця звичайна, осока волосиста, підмаренник запашний, копитняк європейський, анемона жовтицева, герань темна, фіалки, медунка темна, жовтець шорсткий, переліска багаторічного, папороті, зубниці залозистої та бульбастої. Зростають рослини, які занесені до Червоної книги України – цибуля ведмежа, підсніжник білосніжний, які займають значні площі, а також лунарія оживаюча, скополія карніолійська, астранція велика, лілія лісова, та десять видів орхідних серед яких зозулені черевички справжні, булатка великоквіткова, коручка чемериковидна та пурпурова, гніздівка звичайна.
             Рідко можна зустріти крокус Гейфелів, який тут знаходиться на межі ареалу. Зустрічаються рідкісні у регіоні види багаторядник шипуватий, листовик сколопендровий, клопогін європейський, живокіст Бессера, кадило сарматське, фізаліс звичайний, вероніка гірська та ін.
            Велику цінність становлять ділянки степової, лучно-степової та наскельно-степової рослинності з рідкісними формаціями осоки низької, ковил волосистої та пірчастої. Тут, крім характерних степових, росте багато волино-подільських ендемічних та погранично-ареальних видів: шавлія кременецька, шиверекія подільська, змієголовник австрійський, аконіти кущистий і шерстистовусий, ясенець білий, ковили пірчаста та волосиста, вівсюр Бессера, ломиніс цілолистий, півники угорські, цибуля подільська, молочай волинський, зіноваті біла, подільська та Блоцького, відкасник осотовидний.  
             Особливу групу становлять орхідеї, декоративні квіти, які приваблюють не тільки комах, але і людей, через що вони потрапили у Червону книгу України. А складний розвиток та чутливість до змін у навколишньому середовищі також сприяли цьому. На території Медоборів вони представлені 10 видами. Це – коручка морозниковидна, коручка пурпурова, зозулені сльози яйцевидні, гніздівка звичайна, любка дволиста, любка зеленоквіткова, булатка великоквіткова спорадично зустрічаються у всіх лісових масивах природного заповідника «Медобори».
Значної охорони з цієї групи потребують черевички зозулені справжні, найкрасивіша з орхідей України, взята під охорону в Європі ще на початку ХІХ ст.. Родова назва походить від грецького «kypros»— той, що живе на Кіпрі і «pеdilon» — сандалія, черевик, тобто черевик Кипріди, богині Афродіти. В давньому Римі Афродіта ото¬тожнювалася з Венерою, звідки й друга укра¬їнська назва рослини (венерині черевички).
             Рідкісна рослина флори Медоборів, справжнє диво. Зустрічається групами або поодиноко в буковому лісовому поясі. Ця орхідея успішно конкурує з усіма відомими на Землі орхідеями. Вирізняється ори¬гінальною   будовою   квітки   з   приємним ванільним запахом. З першого погляду впада¬ють  в  око  квітки  химерної  форми  з  дуже складним способом запилення.  Чотири листочки розміщені у вертикальній площині й утворюють форму хреста. На місці їх перетину прикріплений п'ятий листочок — губа, що нагадує передню частину черевичка східних на¬родів. Звідси й назва рослини. Чотири майже однакові листочки брунатно-червонуватого кольору, губа яскраво-жовта. Вся квітка нагадує якогось фантастичного павука з великим яск¬раво зафарбованим черевцем. Здута губа всере¬дині порожня, в ній збираються краплини нектару, що приваблюють комах. Прагнучи поласувати солодким нектаром комахи спускаються всередину губи через отвір. Вилетіти назад вони не можуть, бо краї вхідного отвору загорнуті всередину і не дають розмахну¬тися крилами. Після деякої розгубленості малі полонянки знаходять ін¬ший і єдиний шлях на волю. По дну губи доходять до місця її прикріп¬лення і тут через вузький вихід вилітають. Виходячи на волю, вони набирають на себе липку масу пилку і переносять його на іншу квітку здійснюється перехресне запилен¬ня цього виду.
З насіння рослина зацвітає на 18 рік. У заповіднику зозулені черевички утворюють 4 ценопопуляції, лише одна з яких є чисельною, де зустрічається більше 100 квітуючих особин. А коручка болотна та пальчатокорінник травневий відомі лише з єдиних місцезростань з чисельністю 1-3 особини.
         Крокус Гейфелів – зникаючий, декоративний ранньовесняний вид, який знаходиться в заповіднику на межі ареалу. Утворює єдину мало чисельну популяцію. Цвісти