Активно проходить співпраця в галузі екологічного моніторингу в межах проекту TACIS. Зараз діє декілька програм:

Програма охорони навколишнього природного середовища в басейні р. Дунай (Проект TACIS № ENVREG 9705);

Створення в м. Ужгороді Головного міжнародного центру оповіщення (ГМЦО), міжнародної системи попередження аварійних та надзвичайних ситуацій в басейні р. Дунай (Проект TACIS № ENVU 9601);

Транскордонний моніторинг та оцінка якості води річок Західний Буг, Латориця, Уж (Проект TACIS № ENVRУП 9702);

Український проект передачі технологій (Спільний проект Федерального міністерства по навколишньому середовищу та Федерального відомства по навколишньому середовищу ФРН);

Оцінка ризику та управління повенями в Закарпатській області, Україна (Проект TACIS № EuropeAid/ 114229/C/SV/UA);

Управління басейнами річок Буг, Латориця та Уж, Україна (Проект TACIS № EuropeAid/ 114957/C/SV/UA).

Зокрема, реалізація проекту TACIS “Оцінка ризику й управління повенями в Закарпатській області” дасть змогу здійснити автоматизацію і розширення зон спостережень, збору й обробки інформації в районах інтенсивного формування паводків. Впровадження геоінформаційної системи, передбаченої цим проектом, допоможе змоделювати зони можливих затоплень та не допустити розміщення в них об’єктів й також мінімізувати наслідки паводків.

Водогосподарський моніторинг згідно наказу Держводгоспу України проводить ВО “Закарпатмеліоводгосп” і включає радіологічний та гідрохімічний контроль поверхневих вод.

Радіологічний контроль проводиться згідно "Програми моніторингу довкілля" в пунктах питних водозаборів і прикордонних зонах (по сумарній бета-активності, вмісту радіоцезію-137 і радіаційному гама-фону).

Радіологічний та гідрохімічний контроль ведеться в 25 пунктах:

р.Уж (м.Ужгород) та її притоках;

р.Тур'я (смт.Перечин), р.Убля (cмт.В.Березний), р. Улічка (c.М.Березний);

р.Латориця (м.Свалява, м.Чоп, c.Чаронда), рр.Віча, Піня, Свалявка;

p. Тиса (м. Чоп, с. Вілок, смт. В.Бичків, м. Тячів,) та її притоках - рр. Шопурка, Теребля, Ріка, Боржава, Тересва, Тарна-Маре, Тарна-Маке, Ст.Ботар, Клиновський.

Результати аналізів щомісячно розглядаються і відсилаються в Держводгосп, обласну санепідемстанцію, управління екоресурсів.

Закарпатська державна облсанепідемстанція для контролю за якістю води відкритих водойм має наступні постійні створи:

14 на водоймах 1-ої категорії (водні об’єкти, які використовуються в якості джерела централізованого або децентралізованого господарсько-питного водопостачання, а також для водопостачання підприємств харчової промисловості);

51 на водоймах 2-ої категорії (водні об’єкти, які використовуються для культурно-побутових цілей населення, рекреації, спорту, а також водні об’єкти, які знаходяться в межах населених пунктів).

Загальний висновок суб'єктів державного моніторингу якості природних вод за результатами багаторічних спостережень такий - через зменшення об’ємів скидів зворотних вод від локальних очисних споруд спостерігається деяка тенденція до покращення якості поверхневих вод за результатами гідрохімічних аналізів, крім результатів бактеріологічних показників. Разом із тим, через погіршення стану очисних споруд області час від часу трапляються випадки значного погіршення якості вод, особливо через аварійні ситуації транскордонного характеру.

Головними забруднювачами природних вод в басейні р.Тиси є: ВУЖКГ населених пунктів (м.Ужгород, м. Берегове, смт.Великий Березний, м.Мукачево, м.Чоп, смт. Міжгір'я, м.Рахів, м.Виноградів, м. Тячів, м.Хуст, смт. Дубове, смт. Вишково, смт. Кобилецька Поляна, смт. Буштино), підприємтсва харчової промисловості (ТОВ “Консервний завод” м.Берегово, ДЖКП “Бакта” с.Бакта, ВАТ “Закарпатський сад” с.Королево), медичні установи (сан. “Гірська Тиса” (с.Кваси), сан.“Сонячне Закарпаття” (смт. Поляна), лікарня м.Тячів, сан.“Перлина Карпат” (смт. Чинадієво), ЗАТ“Кришталеве джерело” (с.Солочин)).