Варто виділити такі розмірні групи, які характеризуються і подібними методами їх дослідження, прийнявши за основу класифікацію з термінологічним покращенням Рапопорта і Чапека, що застосовується для найпростіших: грунтові найпростіші – нанофауна; групові мікроартроподи – мікрофауна; більші грунтові безхребетні – мезофауна; грунтові хребетні – макрофауна. Кожна з цих груп потребує своїх методів виділення з грунту, кількісного підрахунку (звіту) і т.д.

Роботи щодо підрахунку грунтових безхребетних можна звести до слідуючих етапів: 1) взяття проб; 2) виділення із проб об’єктів, що підраховуються; 3) визначення і підрахунок об’єктів; 4) математична обробка даних звіту.

Закономірність співвідношення розмірів і численності грунтових тварин дає можливість при підрахунку дрібних форм брати проби меншого об’єму, що дозволяє застосовувати до них більш тонкі і трудомісткі методи аналізу без шкоди для них статистичної достовірності результатів.

При оцінці чисельності грунтових тварин, в більшій чи меншій мірі здатні до вертикальних міграцій в грунті, необхідно підрахування даних звіту проводити на одиницю поверхні (1 м2) (Гіляров М.С.).

Головний етап будь-якого польового грунто-зоологічного дослідження – визначення чисельності грунтових тварин з точністю, що дозволить порівнювати чисельність об’єктів на різних ділянках, виявлення закономірностей розповсюдження організмів.

Методи підрахунку мешканців грунту можна поділити на прямі і непрямі.

Прямі методи – це такі, які дозволяють досліднику отримати дані, які показують кількість об’єктів або на одиницю площі поверхні грунту, або на одиницю об’єму грунту.

Непрямі методи – це такі, які, хоч і не дають достатнього надійного уявлення про чисельність об’єкта, що підраховується, але дозволяють порівнювати з більшою чи меншою мірою наближення заселеності різних ділянок. Непрямі методи можуть тільки доповнювати і уточнювати дані, отримані іншими методами, але не замінювати їх, так як ефективність непрямих методів визначаються багатьма факторами.

Тому при грунтово-зоологічних дослідженнях застосовуються методи прямого підрахунку, що дозволяють визначити чисельність ґрунтових тварин в усьому заселеному ними об’ємі грунту, розраховану на 1м2.

Найбільш універсальний, технічно простий і широко застосовуваний при роботах на грунтах з різним механічним складом і різною мірою окультуреності метод шарової викопки і розбирання проб грунту. При розкопках у вологу пору року і в вологих районах оптимальним розміром проб є розмір 0,25 м2. (50 см. х 50 см.). В аридних районах в сухі періоди року розміри окремої проби потрібно збільшувати до 1 м2, а іноді і до 2 м2 (100 см. х 200 см.), так як в таких умовах безхребетні проникають на значну глибину, а викопати яму з підвісними стінками при малій площі проби – неможливо.

З цієї ж причини не потрібно зменшувати розміри проби до 1/16 м2, якщо пробу беруть шляхом викопки грунту лопатою. Лопата повинна бути гострою, добре відбитою. Якщо викопки проводять в місцевостях з щебнистим грунтом, крім лопати, використовують лом. При взятті проб в лісах, де грунт пронизаний товстими коренями, для їх перерубування зручною є сокира (Гіляров М.С.).

Оскільки чисельність вертикально мігруючих великих грунтових безхребетних в кінцевому підсумку розраховується на одиницю об’єму (на 1 м2), а при викопці визначається число безхребетних в усьому стовпі викопної проби, пробу треба брати до нижньої межі грунтових тварин, що зустрічаються. При достатньо високій вологості у весняну пору буває можливим обмеження шаром, глибиною до 30-50 см, але в сухих місцевостях і особливо на легких грунтах потрібно брати більш глибокі проби, на глибину 100 і більше сантиметрів.

Часто, особливо весною, великі грунтові безхребетні тримаються поблизу поверхні грунту (Гіляров М.С.).

Процес взяття проб проходить таким чином. Спочатку намічають площу проб, забиваючи по кутках відміреного квадрата кілочки, натягають між ними шнур. Потім від меж відміреної площі відгрібають в різні сторони опад чи підстилку, чи суху сипучу землю поверхневого шару. Поруч з пробою з одної чи двох сторін розкладають клейонку, лист пластика, мішковину чи іншу щільну матерію, на яку потім і поміщають вибраний із проби грунт. Спочатку з площадки проби на клейонку руками знімають опад і інші рослинні залишки, які ретельно перебирають руками, враховуючи і збираючи всіх знайдених при цьому тварин, а траву вищипують, що полегшує подальше розбирання грунту із верхнього шару грунту. Зустрінутих на поверхні грунту безхребетних фіксують і записують окремо від зустрінутих власне в грунті. Потім починають викопувати грунт з площі проби лопатою. Викинуті на розкладену поруч клейонку невеликі порції землі ретельно перебирають руками, причому, більш крупні грудки приходиться розбивати, а сплетення корінців і дернину – розривати. Всю землю з шару, що розбирається, порцію за порцією перетирають між долонями в повітрі, слідкують за всією землею, що сипиться на клейонку і збирають падаючих тварин. Можна, як рекомендував З.С. Головенко, розподіляти ґрунт на поверхні клейонки тонким шаром, розгрібати її пінцетом. Тварин збирають окремо з кожної проби і шару. Безхребетні, для яких потрібна спеціальна фіксація (дощові черви, молюски), чи необхідні для прижиттєвих спостережень, поміщають в мішечки з матерії чи баночки з невеликою кількістю взятого із проби грунту. Хижаки повинні бути розміщені поодинці. Всіх знайдених при розкопках тварин (в тому числі і роздавлених, не придатних для фіксації чи випущених) тут же в польових умовах записують в щоденники з тією точністю визначення, яка доступна керівнику роботи, чи під умовними назвами. В щоденнику дається детальна характеристика ділянки і місця взяття проби. В мішечки з червами, в баночки і пробірки кладуть тимчасову етикетку з номером проби і шару. Якщо розкопки проводять пошарово, в етикетках в чисельнику