Заповідник є науково-дослідною установою, тут здійснюється вивчення стану біорізноманіття і моніторинг наземних і водних екосистем. Науковці заповідника беруть активну участь у поширенні знань про красу і багатство природи Карадагу, у заповіднику створено Музей природи, діють 2 екостежки: пішохідна (по суходолу) та морська.
