Таким чином, систематичне чергування розслаблення і напруження тренує рухливість нервових процесів (гальмування і збудження). На фоні розслаблення м'язів формуються і закріплюються нові умовні рефлекси, бажані для людини, яка займається аутогенним тренуванням. Нові умовні рефлекси, що утворилися внаслідок аутогенного тренування, можуть перебудовувати діяльність внутрішніх органів. У процесі тренування словесні сигнали багаторазово повторюються і виробляється можливість свідомо регулювати вегетативні функції. Це можна пояснити зокрема тим, що при аутогенному тренуванні виникає фазовий гіпнотичний стан І самогіпноз із самоуправлінням. І.П.Павлов зазначав, що гіпнотичний стан - це розлите гальмування кори великого мозку при збереженні вогнища збудження. При цьому в загіпнотизованого з пам'яті витісняється все, що відбувалося під час сеансу гіпнозу, крім навіяних уявлень.

Підґрунтям фізіологічних механізмів аутогенного тренування є не пасивне гальмування функцій мозку, а, навпаки, активація структур нейронів.

Отже, механізм методу аутогенного тренування не можна зводити лише до впливу самонавіювання і самогіпнозу. Під час занять аутогенним тренуванням людина стежить за своїми відчуттями, оцінює зовнішню і внутрішню ситуацію, керує своїм станом, тримає його під контролем свідомості.

В основі аутогенного тренування лежить не самогіпноз, а вправи, спрямовані на тривале вольове розслаблення м'язів, а також система створення потрібних для того, хто тренується, умовних рефлексів. Важливе місце в аутогенному тренуванні посідають самовиховання і самопереконання. Це означає, що аутотренінг — інтелектуальний і вольовий процес.