Ботаніка та хімія завжди впливали на розвиток фармації. Зі свого боку фармація сприяла прогресу цих дисциплін. Так, в епоху середньовіччя за своєю структурою аптеки працювали як хімічні лабораторії. В цих лабораторіях отримала свій початок методика хімічного аналізу неорганічних речовин. Отримані результати використовувались як для ліків, так і, безпосередньо, для хімічної науки.

Через це аптеки ставали центрами науки і фармацевти займали чільне місце серед вчених того часу. XVIII століття стало століттям становлення фармації як самостійної науки. До її фундаторів необхідно віднести аптекаря зі Швеції Шеєле (1742-1786). На підставі наукових досліджень він спростував уявлення, що всі кислоти органічного походження є оцтовою кислотою, виділив щавелеву, молочну, лимонну, яблучну та інші кислоти і дав їм характеристики, діючи окисом свинця на оливкову олію, Шеєле відкрив солодку речовину, яку назвав гліцерином.

Фармацевти сприяли розвитку аналітичної хімії. Вони організували виробництво аміаку, отримали в чистому вигляді сечовину, визначили роль сірчаної кислоти для отримання ефіру. Аптекар Куртуа в 1811 р. відкрив йод в золі морських водоростей. Професор хімії, аптекар Боляр відкрив бром. Мор отримав йодоформ, бікарбонат натрію, його ім'ям названі бюретки, піпетки, зажими, крани та інші прилади, які використовуються в аптечній практиці.

Розвинулась фітохімія. З часів Галена не припинялись роботи лікознавців, спрямовані на вилучення з рослинних матеріалів тої частини, яка особливо важлива в фармацевтичному відношенні. Увага дослідників була спрямована на найбільш діючі речовини: хінну кору, опій, каву, тютюн. Пріоритет відкриття першого алкалоїда із опію (морфію - ім'я грецького бога сну) належить аптекарю Зертюгнеру. Фармацевтами також були відкриті вератрін, стріхнін, хінін, кофеїн та інші препарати.

Аптеки та ремесло аптекарів законодавчо визначились в епоху середньовіччя. Значний вплив на їхню діяльність спочатку мали алхімія, пізніше – ятрохімія. Аптечні заклади, правила їхнього функціонування, кваліфікація фармацевтів, ціни на ліки, збереження та відпуск ліків регламентувались спеціальними статутами, які мали силу закону. Це перший декрет короля Південної Італії Фрідріха II (1224), який нормував діяльність аптек і вперше розмежував функції лікаря і аптекаря. Подібний розподіл функцій згодом був проведений у всіх европейських державах. В Росії у XVI столітті у князів та іменитих бояр були свої домашні аптеки. У монастирських лікарнях передбачались спеціальні приміщення для виготовленні ліків. Ліки продавались у звичайних лавках. Перша регламентована аптека відноситься до другої половини XVI століття. Тоді ж виникла "Аптекарська палата", яка в 1620 році була реорганізована в "Аптекарський приказ". Це був заклад, який завідував всією медичною справою в країні. В функції приказу входила організація, розведення та збір лікарських трав, закупівля за кордоном медикаментів, керівництво діяльністю аптек. Крім того, він доручав спеціалістам складати медичні твори (травники, лікувальники та інші), переклад закордонних книжок з медицини та фармакології. Цікаво, що серед ста чоловік "Аптекарського приказу" було чотири аптекарі, три алхіміки, городники, які вирощували лікарські рослини. Приказ існував за рахунок прибутків від аптек. Аптеки в Росії, на відміну від інших закладів, користувались на своїх документах, сігнатурах державним гербом і звільнялись від податків, військових постоїв та інших повинностей. Зміст цих прав та привілеїв був в тому, щоб створити найбільш сприятливі умови, які забезпечили б правильне приготування, збереження та відпуск ліків для охорони населення від аптечних помилок. З цією метою у всіх державах законом був встановлений для аптек особливо суворий режим. Всі ліки в аптеках повинні були відповідати за якістю встановленим стандартам. Управління аптекою довірялось особі, яка отримала спеціальну освіту. Ціни на ліки (аптекарська такса) встановлювалися державною владою. Аптеки в ті часи являли собою лабораторії, в яких готували не тільки ліки за рецептами, але й всі галенові та інші хімічні препарати.

У військовій хірургічній академії була заснована (1798) кафедра "Маteria medica", пізніше названа кафедрою фармації. З 1809 р. кафедрою завідував А.Нелюбін. Його праці виявлялися енциклопедією фармацевтичних знань і більш як півстоліття були керівництвом для аптек. А.Нелюбін визначив шляхи для подальшого розвитку фармації, визначив її завдання. Він стверджував, що "фармація є особлива галузь природничих наук; її завдання - складати цілком нові ліки та визначати їм доброту (якість)". Напрямки фармації, закладені Нелюбіним, продовжували його учні, серед них Ю. Транп. Він був автором першого видання військової та цивільної фармакопеї російською та іншими мовами.

З усіх кафедр фармації медичних факультетів Росії особливо визначалась кафедра Дерптського університету (сучасне місто Тарту в Естонії). На цій кафедрі працювали видатні вчені в галузі фармації, зокрема, аптекар академік А. Шерер – засновник фармацевтичного товариства. Наукова діяльність цієї кафедри була розвинена Г. Драгендорфом (1836-1898). За його участю були вивчені основи послаблюючої дії крушини, сабура, сенни. Було винайдено реактив, який використовується до цього часу і носить його ім'я – подвійна сіль йодистого вісмуту та йодистого калію.

В XIX столітті наукова робота з фармації здійснювалась в багатьох наукових центрах Європи. Публікувалось багато робіт, присвячених дослідженням лікарських препаратів, води, руди, а також харчових продуктів та вина, методам отримання нових лікарських засобів та лікарських форм. Всіх їх об'єднував високий рівень знань сучасної хімії. Цікаво, що засновник наукової гігієни М. Петтенкофер мав значний аптекарський стаж. Бувши професором медичної хімії, він обіймав посаду придворного аптекаря. Багато його досліджень були проведені в аптечній лабораторії. Нові ліки ставали могутніми засобами у