Суперечка про те, є чи ні відгалуження жовчної протоки до шлунка, Везалий уважав надуманим. Лише один раз він бачив з'єднання жовчної протоки зі шлунком. У всіх же інших випадках загальна жовчна протока впадала у дванадцятипалу кишку.

При дослідженні бруньки в першу чергу Везалия цікавили шляхи токовища крові, оскільки для нього ясно, що в бруньках артеріальна кров очищається від надлишку рідкої частини. Звертаючи увагу на порожнину бруньки, Везалий не знаходить там двох пазух, відділених продірявленою мембраною на зразок сита (т. II, стор. 468). Про ці пазухи, кров'ян і сечовий, писали галенисты. Думають, що на малюнках у книзі зображені розрізи бруньки собаки. Брунькові канальцы Везалий не бачив, хоча його сучасники Фаллопий й Євстахій зважали на їхню наявність. Обертає на себе увага та обставина, що Везалий на малюнках поміщає праву бруньку вище лівої. І в описі підтверджується, що права брунька здебільшого лежить вище лівої, хоча буває й навпаки (т. II, стор. 464).

Шоста книга, що містить опис органів грудної порожнини, підрозділяється на 16 глав. Тут описана оболонка, що покриває ребра (плевра), трахея, гортань, легеня й, нарешті, серце, якому приділене найбільша увага. Процес подиху Везалий представляє в такий спосіб.

Везалий допускає, що в плеври, як й в очеревини, є отвори. Средостение, добре обумовлене Везалием, розділяє плевральні порожнини. Дихальне горло посилає в кожну легеню по великому бронху, які розгалужуються на незліченну кількість галузей. Гортань служить для відтворення голосу. В описі її функцій Везалий треба Галену, що спеціально занимались проблемою голосообразования.

По Везалию, легеня людини підрозділяється на дві частки, відмінностей між прав і лівим не підкреслюється. У легенях відбувається змішання крові й пневмы. Сегментів і часточок легенів автор не виділяє. Губчата паренхіма легенів є доказом заповнення цього органа повітрям. У легені проникають тонкі галузі блукаючого нерва й галузі венозних артерій. Артеріальні вени, навпаки, беруть початок у легенях.

На відміну від легенів, які описані досить коротко, серце розглянуте Везалием досить докладно. Перед роботою серця, що робить вербою безперервні й невтомні рухи незалежно від нашої волі, автор випробовує здивування. Намагаючись розшифрувати структуру серцевої стінки, Везалий ішов поперед таких анатомів, як Гарвей, Борелли, Галлер й ін. Він указував на те, що м'язові волокна збираються до верхівки серця й потім ідуть у глибину. Інші волокна випливають циркулярно. У межжелудочковой перегородці немає ніяких отворів. Передсердя як такі ще не розпізнаються й уважаються пазухами вен. Але праве й ліве вушка серця описуються точно. Поверхня серця гладка. Форма його нагадує форму великого каштана. У людини серце ширше й коротше, ніж у тварин. Всі судини, що приходять до серця й починаються від нього, на малюнках зображені правильно. Правда, легеневих вен тільки дві. Вінцевий венозний синус серця розглядається як галузь порожньої вени. Артеріальної протоки Везалий ще не знав. Від дуги аорти відходять судини не по звичайному людському типі, а скоріше як у собак (брахиоцефалический стовбур ділиться на 3 артерії).Становлення щирої функції серця протікало повільно. Везалий зазнавав серйозних труднощів при оцінці своїх спостережень над працюючим серцем тварин. Він відзначав подібність м'яза серця з мускулами тіла, але вказував на те, що серцевий м'яз виконує зовсім інші рухи, причому руху мимовільні. Він розрізняв 2 камери серця й визнавав, що в описі серця треба за Галеном. Коли він переконався в тім, що в перегородці між желудочками немає отворів, він не зрозумів, як можуть анатоми допускати перехід крові із правого желудочка в лівий. «Я чимало коливаюся щодо функцій серця в цій частині» (т. II, стор. 696).

Будова м'ясистих поперечин, сосочковых м'язів, клапанів докладно висвітлюється на сторінках 6-й книги. У чотирьох отворах серця (два предсердно-желудочковых, аортальне й легеневого стовбура) Везалий нараховує 11 малих перетинок, тобто стулок клапанів, і розуміє їхня роль у механізмі руху крові через серце.

Закінчує шосту книгу Везалий описом порядку розкриття серця й органів подиху.

Сьома книга, у якій зібрані матеріали по анатомії головного мозку й органів почуттів, виявилася самої дискусійною. При цьому думки опонентів розділилися: одні критикували Везалия за поступки матеріалізму, інші обвинувачували його в ідеалізмі. Настільки суперечливі оцінки не викликають подиву, тому що в книзі в дійсності эклектически змішуються всілякі, часом парадоксальні міркування.

При написанні даної книги Везалий не мав у своєму розпорядженні достатню кількість фактів, що ставляться до внутрішньої конструкції мозку. Їх у той час було мало, а фізіологічних досвідів, що можуть роз'яснити функції мозку, не було зовсім. Але чим менше було твердо встановлених істин, тим більше народжувалося спекуляцій. Текст книги ясно показує, що Везалию все-таки не вдалося уникнути суперечливих доктрин. Основні частини головного мозку Везалий описує правильно. Йому відомі стовбур мозку, мозочок, ніжки мозку, четверохолмие, зорові бугри, мозолисте тіло,, більші півкулі, желудочки мозку, епіфіз і гіпофіз. Книга відрізняється досить повною систематизацією накопичених на той час даних по анатомії мозку. Але Везалий "не приймає цих даних на віру, а особисто перевіряє їх. Незамінну допомогу приносить йому техніка розсічення мозку на зрізи. Очевидно, Сильвий і Везалий знали