В роки Великої вітчизняної війни лікарі гомеопати, як і більшість колег, ішли на фронт, працювали в госпіталях і на передовий. У цей час у Ленінграді працювала одна гомеопатична аптека.

Після війни діяльність гомеопатів у нашій країні відновилася.

У 1958 році було організовано Московське науково-медичне товариство гомеопатів під головуванням В.І.Рибалки. При цьому товаристві функціонували навчальні курси для лікарів, на яких викладали такі видатні вітчизняні гомеопати, як Н.М. Вавилова, А.Ф. Александров, В.І. Варшавський, С.А. Мухін, К.В. Грачов, Г.М. Ліпницький, М.Ф. Фельдман.

Однак гоніння на гомеопатію були з новою силою відновлені в 1968 році, коли вийшов наказ Міністерства Охорони здоров'я СРСР №610 «Про посилення контролю за роботою і регламентацією подальшої діяльності лікарів-гомеопатів і застосуванням у лікувальній практиці гомеопатичних лікарських засобів». Були заборонені до відпустки багато кращих гомеопатичних препаратів, такі як, наприклад, аконіт, усього близько 50 найменувань. Товариству лікарів-гомеопатів було запропоновано самостійно розпуститися.

Незважаючи на напівлегальне положення, що протривало майже 15 років, у Москві, Ленінграді і Києві продовжували працювати гомеопатичні поліклініки, а в інших містах колишнього СРСР практикували окремі лікарі-гомеопати.

В даний час гомеопатія випробує новий підйом, який розпочався наприкінці 80-х років, що зв'язано зі зростаючим інтересом лікарів і пацієнтів до методів лікування, що щадять, виробленням нових підходів до гомеопатичного лікування, залучення наукомістких технологій у виробництві препаратів.