Методи викладання і самий характер науки були чисто схоластичними. Студенти напам'ять заучували те, що говорили професора. Догматичними в медицині вважалися твори Гіппократа, Галена, Ибн-Сины (Авиценны). Слава і блиск середньовічного професора полягали колись у його начитаності й в умінні підтвердити кожне своє положення ц'ицатой, узятої в якого-небудь авторитету і приведеної наиамять. Диспути представляли самий зручний випадок висловити усе своє знання і мистецтво. Істина і наука означали тільки те, що було написано, і середньовічне дослідження стало просто тлумаченням відомого. Широко використовувалися коментарі Галена до Гіппократа, багато хто коментували Галена.

У XІІІ-XІ століттях в університетах Західної Європи розвивалася схоластична медицина з її відверненими побудовами, умоглядними висновками й опорами. Тому в західноєвропейському лекарствоведении поряд з засобами, добутими медичною практикою, знаходили місце і такі, застосування яких ґрунтувалося на віддаленому порівнянні, на вказівках алхімії, астрології, що діяли на чи уяву задовольняли примхи багатих класів.

Для медицини середніх століть характерні складні лікарські прописи. Фармація була безпосередньо связаша з алхімією. Число частин в одному рецепті нерідко доходило до декількох десятків. Особливе місце серед лік займали протиотрути: так називаний териаж, що включав 70 і більше складових частин (основна складова частина - зміїне м'ясо), а також митридат (обпа). Тфиак вважався також засобом проти усіх внутрішніх хвороб, у тому числі "моровых" лихоманок. Засоби ці цінувалися дуже дорого. У деяких містах, що особливо славилися своїми тернаками і митридатами і продававших їх в інші країни (Венеція, Нюрнберг), виготовлення цих засобів вироблялося привселюдно, з великою урочистістю, у присутності влади і запрошених облич.

Розкриття трупів при моргових почестях проводилися вже в VІ столітті н.е. , але вони мало сприяли розвитку медицини. Перші розкриття, сліди яких дійшли до нас, проводилися з XІІІ століття. (У 1231 р. імператор Фрідріх ІІ дозволив проводити розкриття людського трупа один раз у 5 років, але в 1300 р. римський папа установив суворе покарання всякому, хто насмілиться розчленувати людський чи труп виварити його, щоб зробити кістяк. Час від часу деяким університетам дозволялося робити розкриття трупів. Медичний факультет у Мон-пелье в 1376 р. одержав дозвіл розкривати трупи страчених у Венеції в 1368 р. було дозволено робити одне розкриття в рік. У Празі регулярні розкриття почалися лише в 1400 р., тобто через 52 року після відкриття університету. Віденський університет одержав такий дозвіл з 1403 р., але за 94 гіда (з 1404 р. по 1498 р.) там було зроблено всего 9 розкриттів. У Грейфсвальдском університеті перший людський труп був розкритий після 200 років після організації університету. Розкриття звичайне робив цирюльник. Під час розкриття професор георетик читав уголос латинською мовою анатомічний твір Галена. Звичайне розкриття обмежувалося черевною і грудною порожнинами.

У 1316 р. Мондино Де Луччи склав підручник по анатомії, намагаючись замінити ту частину першої книги "Канону лікарської науки" Ибн-Сины, що присвячена анатомії. Сам Мондино мав можливість розкрити тільки два трупи, і його підручник був компіляцією. Основні свої анатомічні пізнання Мондино черпав з поганого, повного помилок перекладу арабської компіляції твору Га-лена. Більш двох століть книга Мондино залишалася підручником по анатомії.

Тільки в Італії наприкінці XV- XVІ століть розкриття людських трупів з метою викладання анатомії стало більш частим явищем.

Серед середньовічних університетів Західної Європи Салернский і Падуанский відігравали прогресивну роль і менш інших зазнавали впливу від схоластики.

Вже в стародавності римська колонія Салерно, що лежало до півдня від Неаполя, була відома своїм цілющим кліматом. Приплив хворих, природно, привів до зосередження тут лікарів. На початку VІ століття а Салерно проводилися збора для читання творів Гіппократа, пізніше, в ІX столітті, у Салерпо була створена медична школа, прообраз університету, що виник у XІ столітті, Викладачами в Салернскои шкоді були люди різних національностей. Викладання полягало в читанні творів грецьких і римських, а пізніше арабських письменників і в тлумаченні прочитаного. Широкою популярністю в середні століття в Західній Європі користався "Салернский санітарний регламент", популярний збірник правил індивідуальної гігієни, що був складений у XІ столітті у віршованій формі латинською мовою і неодноразово видавався.

Університет, що відрізнявся від більшості середньовічних університетів падуанский, у володіннях Венеції став відігравати роль пізніше, уже до кінця середньовіччя, в епоху Відродження. Засновано він був у XІІІ столітті вченими, що бігли з папських областей і з Іспанії від переслідувань католицької церковної реакції. У XVІ в. він став центром передової медицини.

Середні століття на Заході і на Сході характеризуються новим явищем, не відомим древньому світу в подібних розмірах, великими епідеміями. Серед численних епідемій середніх століть особливо важку пам'ять про себе залишила "чорна смерть" у середині XІ століття - чуму з приєднанням до неї інших хвороб. Історики на базі даних літописів, церковних записів про поховання, міських хронік і інших документів затверджують, що багато великі порід спорожніли. Ці спустошливі епідемії супроводжувалися розрухою у всіх областях господарського і громадського життя. Розвитку епідемій сприяв ряд умов виникнення і ріст міст, що відрізнялися скупченістю, тіснотою і брудом, масові пересування величезної кількості людей - так називане велике переселення народів зі Сходу на Захід, пізніше велике військово-колонізаційний рух у зворотному напрямку - так називані