Тонкість боткінських діагнозів, перевірених нерідко секція-ми, не переставала дивувати навіть найближчих його учнів. Ця глибина клінічного мислення Боткіна була наслідком не лише його природних якостей, а, головне, його невтомної напо-легливості в роботі над собою, над удосконаленням своєї спо-стережливості, постійного намагання правильно зрозуміти до-буті дані об'єктивного дослідження хворого, лабораторних ана-лізів, великих знань його в галузі фізіології, хімії, широкої обі-знаності у світовій літературі.

Як досягти тонкості в діагностиці, як правильно будувати план лікуван-ня — про це докладно розповів Боткін у своїх «Клінічних лекціях». У 1866р. він видав 1-й том лекцій, який весь присвячений клінічному аналізові лише одного хворого з серцевою недугою. В цій праці докладно пояснюється пато-генез усіх симптомів, помічених у хворого, і його об'єктивних даних, роз-шифровується вся складна розумова робота, на основі якої лікар обґрунтовує діагноз і будує план лікування. Лекції відразу звернули на себе увагу не тільки в нашій країні, а й за кордоном, їх переклали, що було незвично для російської медичної літератури тих часів, французькою і німецькою мовами. Пізніше (1868, 1875) Боткін видає 2-й і 3-й томи своїх клінічних лекцій.

Під впливом фізіологічних праць І. М. Сєченова, особливо його поглядів на роль центрів головного мозку в рефлекторному механізмі фізіологічних процесів, Боткін довів рефлекторний механізм цілого ряду патологічних про-явів. У своїх «Клінічних лекціях» він з погляду рефлекторної теорії дає аналіз деяких форм гарячок неврогенного походження, хлорозу, порушень кровотворення та ін. Боткін розвинув і поглибив погляди Дядьковського в цьому питанні, ґрунтуючись на нових досягненнях фізіології.

Свій погляд на значення нервової системи у патогенезі захворювань Бот-кін завжди прагнув обґрунтовувати експериментальне. Він перевіряв і об-ґрунтовував також застосування в клініці нових лікарських засобів. У його лабораторії були вивчені і після цього дістали широке застосування в клініці горицвіт, конвалія, чемериця, строфант, кофеїн, кокаїн, солі калію та ін. В лабораторії при клініці його учні провели ряд експериментальних дослі-джень.

І. П. Павлов так висловився про С. П. Боткіна: «Розум його, не зваб-люючись негайним успіхом, шукав ключа до великої загадки: що таке хвора людина і як допомогти їй,— в лабораторії, в живому експерименті... На моїх очах десятки своїх учнів він направляв у лабораторію. І ця висока оцінка експерименту клініцистом складає, на мою думку, не меншу славу Сергія Петровича, ніж його клінічна відома всій Росії діяльність... Сергій Петрович був найкращим втіленням законного й плодотворного союзу медицини й фі-зіології — тих двох родів людської діяльності, які на наших очах споруджують будову науки про людський організм і гадають у майбутньому забезпечити людині її найбільше щастя—здоров'я і життя».

Боткін дав класичний опис клініки мітрального стенозу, показав різницю між дилатацією і гіпертрофією серця. Судини він розглядав не як прості провідники крові, а як органи, здатні періодично розширятися й скорочува-тися. Пізніше учень його М. В. Яновський, продовжуючи дослідження в цьому напрямі, створив учення про периферичне серце. Боткін дав класичний опис крупозної пневмонії, описав різкі ускладнення ревматизму, показав, що ревма-тичний ендокардит може розвиватися без ураження суглобів або випереджа-ти його. Він звертає увагу на функціональні зміни в організмі, підкреслює часту невідповідність функціональних порушень анатомічним. Він писав у своїх «Клінічних лекціях», що можна знайти значні порушення в організмі без особливо різких хворобливих відчуттів і, навпаки, дуже незначні патологоанатомічні зміни можуть супроводитися нескінченними різного роду скаргами. Аналізуючи у своїх лекціях захворювання нирок, Боткін набагато раніше від Ф. Фольгарда і Т. Фара описав клінічну картину і довів різницю між нефри-тами і нефрозами. Він перший розглядав так звану катаральну, або паренхі-матозну, жовтяницю як інфекційне захворювання. Ця хвороба по справедли-вості дістала назву morbus Botkini.

Критики С. П. Боткіна, передусім Н. Ф. Голубов, дорікали йому за надмірну увагу до питань теорії. Голубов повторив вер-сію про «терапевтичний скептицизм» Боткіна, що, на його думку, «межував з терапевтичним нігілізмом». Терапевтичний скеп-тицизм — течія, що склалася у віденському науковому лікар-ському середовищі у середині XIX ст.; його представники, найвідомішим з яких був професор Йозеф Дітль, вважали єдиним науковим розділом медицини діагностику і ставили під сумнів можливість наукового обґрунтування терапії. Терапевтичні ні-гілісти цілком заперечували можливість наукової розробки те-рапії. Правда, С. П. Боткін писав, що прописування маси ма-лоефективних ліків веде до вироблення «сумного переконання у безсиллі наших терапевтичних засобів». Та саме для того щоб зробити терапію і медицину в цілому ефективною і науково обґрунтованою, С. П. Боткін і розробляв питання фізіології, експериментальної патології й фармакології. Підведення під клінічну діяльність науково-експериментальної основи, відмову від необґрунтованої емпірії у призначенні ліків ніяк не можна змішувати з терапевтичним скептицизмом і тим більше з нігі-лізмом.

С. П. Боткін усе життя боровся з консерватизмом у медици-ні. Коли у 1872 р. він добивався створення у Медико-хірургічній академії кафедри патологічної фізіології і переходу на по-саду завідуючого цією кафедрою В. В. Пашутіна з Казані, про-фесор Д. Д. Ейхвальд, керівник другої кафедри