У 1969г. Вотяков організовиваєт в інституті відділ пошуку і вивчення противірусних препаратів. Вже через півроку Президія АМН створює Проблемну комісію союзного значення: “Хіміотерапія і химіопрофілактіка вірусних інфекцій”, головою якого призначається професор Вотяков. У 1971г. його направляють у відповідальне і вельми небезпечне відрядження до Болівії. Там вже декілька років вражає людей невідома хвороба, що зводить в могилу багато сотень хворих. По клінічній картині це – типова геморролічеськая лихоманка. Можна думати, що викликається вона вірусом, але яким? Хто його носій? Які шляхи передачі? Вотяков встановив, що розповсюджується вірус з сечею місцевих мишоподібних гризунів, які особливо люблять банани, відловив декілька десятків цих звірів і в спеціальній судині з рідким азотом підготував для доставки додому, оскільки в лабораторних умовах можна буде виділити вірус і спробувати приготувати вакцину. Але довести дослідження до кінця не вдалося: черговий урядовий переворот – і нова адміністрація розриває договір з радянськими фахівцями. Але робота Вотякова продовжується в Мінську. Там в інституті він создет спеціальну лабораторію – болівійський геморагичеськой лихоманки, де починаються дослідження по ідентифікації збудника, пошуку захисту від інфекції… Майже десятиліття опісля після болівійської епопеї саме Вотякову було доручене створити єдиний в країні центр по вивченню особливо небезпечних вірусних інфекцій.

У 1973г. разом з групою співробітників інституту Вотяков брав участь в експедиції на північний берег Кольського півострова. За рік до цього відбулася перша “розвідувальна” експедиція, яка принесла приголомшуючі результати – групі з 4 чоловік за 2 тижні вдалося виділити від птахів 6 вірусів, раніше на території Європи невідомих. Ще по дорозі до стійбища Дальні Зеленці, де планувалося влаштувати базу експедиції, на теплоході Вотяков прислухався до розмови випадкових попутників:

- Комар для приїжджого – гірше за ведмедя. Може запросто заїсти до смерті. А ось місцеві страждають менше. У мене на місці укусу пухир з гудзик, а у них і сліду не видно.

Слова ці, загалом, не відкриття Америки. Але тільки зараз Вотяков знайшов відповідь на це явище: проколюючи шкіру, комахи вводять в ранку слину, в якій є в-ва, перешкоджаючі згортанню крові. Але якщо людина піддається укусам комарів достатньо регулярно, то в його організмі цілком можуть утворитися антитіла, які стануть перешкоджати уприскуванню слини. Повернувшися з Півночі, він спеціально займався цією проблемою. У результаті – крупне наукове відкриття невідомого раніше об'єктивно існуючого природного явища.

У місцях, де є природні вогнища різних вірусних захворювань, худобу щеплять не проти цих декількох вірусів, а вакциною проти слини кровососів… Работа В.І. Вотякова продовжується…