Однак своїм народженням і початковим, найважливішим етапом розвитку гомеопатія, як наука, зобов'язана німецькому лікарю Самуілу Ганеману. Саме він уперше сформулював основні принципи гомеопатії, уклав довідник лікарських засобів (Materia Medica) і виробив поняття гомеопатичної конституції. Самуіл Ганеман народився в місті Мейссені (Саксонія) у 1755 році, 10 квітня, у небагатій багатодітній родині живописця по порцеляні.

З дитячих років, навчаючись в школі, він виявляв незвичайні здібності до наук. Особливо його захоплювали медицина й аптечна справа, а також іноземні мови. До моменту закінчення школи Ганеман знав кілька іноземних і античних мов, а випускний твір назвав «Про дивну побудову людської руки».
Блискуче закінчивши школу, у 1775 році Ганеман поступає на медичний факультет Лейпцігського університету, продовжуючи і там вражати своїх учителів видатними здібностями і старанністю. Через недостачу засобів Ганеман змушений був перервати свою освіту і пішов на службу як домашній лікар і бібліотекаря до губернатора Трансільванії барону Брукеншталя в місті Германштадті.
Відновити навчання Ганеману вдалося тільки через два роки, але в Ерлагені, де життя було дешевше. Закінчивши університет у 1779 році і захистивши при цьому дисертацію про судорожні стани, Ганеман починає свою лікарську практику. До 1790 року, працюючи в різних містах, Ганеман досяг популярності, завдяки успішній лікарській практиці, а також науковій праці і перекладам іноземної медичної літератури. У 1790 році Ганеман почав переклад «Лікознавство» Куллена, що зіграло важливу роль у виникненні гомеопатії. А саме: переводячи статті кулленівського «Лікознавства» про дію хіни, що тільки стала з'являтися в той час як засіб лікування малярії, Ганеман помітив, що симптоми хінного отруєння дуже схожі з клінічною картиною малярії. Характерна лихоманка з періодичністю в 3-4 дня, тремтіння без ознобу, спрага, притуплення почуттів, скутість у суглобах, неприємне відчуття онімілості – усі ці симптоми були відомі Ганеману по собі. Він сам колись переніс малярію. Зацікавивши виявленим ним феноменом, Ганеман починає самовідданий експеримент, приймаючи усередину великі дози хінної кірки з метою підтвердити або спростувати факти, викладені в статті. Все підтвердилося з великою точністю. Такий розвиток подій підштовхнув Ганемана до вивчення клінічної картини отруєння іншими отруйними речовинами. З цією метою він пішов на безприкладний по своєму науковому героїзму крок, випробуючи отрути на собі. У наслідку, у період викладання в Лейпцігському університеті, у Ганемана з'явилися однодумці й учні, які включилися в дослідження. Перші 60 засобів увійшли до складу «Чистого лікознавства», що вийшло у чотирьох томах у той період.
Одночасно Ганеман порівнював картину отруєння із симптомами усіх відомих захворювань, і якщо відбувалися збіги, то намагалися такі захворювання лікувати, нерідко домагаючись при цьому успіху. Однак успіх лікування багато в чому залежав від того, як зовні виглядала людина, від її психічних особливостей, від його харчових прихильностей, а також від того, у яких обставинах і від чого поліпшується або збільшується протікання захворювання. На ті саме ліки реагували, як правило, тільки люди з подібними зовнішніми і психічними даними і характерними модальностями симптомів хвороби. Цей факт дозволив Ганеману сформулювати поняття про конституціональний тип лікарського засобу. Обрані для використання в лікуванні токсичні речовини розводилися до дуже низької концентрації в розчині або порошку. Ганеман помітив, що чим більше він розводив речовину, тим слабкіше ставали її токсичні властивості. У той же час цілюща сила наростала. Було відзначено, що цілюща сила тим більша, ніж інтенсивніше і довше відбувається струшування посуду, у якій розводилася речовина.
Виходячи з отриманих експериментальних даних, Ганеман сформулював основні принципи нового методу лікування.

2.1. Відкриті принципи гомеопатії за Ганеманом.

Перший принцип: similia similibus curentur, що в переводі з латині означає «подібне лікується подібним». Сам же метод лікування одержав назву «гомеопатія» - «подібний хворобі».

Другий принцип: щоб одержати ліки, потрібно сильно розвести вихідну отруйну речовини, одночасно роблячи енергійне струшування посудини. Цей процес одержав назву потенціювання чи динамізації.

Третій принцип: для того, щоб визначити конституціональний тип ліків, необхідно провести його іспит на групі здорових людей.
Згодом кількість пацієнтів, вилікуваних Ганеманом і його учнями, зростало, що послужило до невиправданої слави гомеопатії.

Немаловажну роль у популяризації гомеопатичного методу лікування зіграло успішне застосування гомеопатичних препаратів у ході епідемії холери в 1831 році. Відсутність антибактеріальних препаратів у вісімнадцятому столітті робило цю страшну хворобу практично фатальної, порятунком була тільки втеча з вогнища поразки. Ганеман і його сподвижники, самовіддано вступивши в боротьбу за здоров'я і життя співгромадян, врятували від неминучої загибелі багатьох хворих, чим значно зміцнили авторитет гомеопатії в усьому світі.
Результатом великої багаторічної роботи Самуіла Ганемана з'явилися його книги «Органон лікарського мистецтва» (шість редакцій), «Чисте лікознавство», «Хронічні хвороби», «Про гелеборизмі древньому», «Досвідчена медицина», «Ескулап на вагах» і багато хто інші. Ганеман помер на 89 році життя, 2 липня 1843 року в Парижі, де і похований на цвинтар Пер-Лашез.
З його смертю розвиток гомеопатії не зупинився, і було продовжено його учнями в усьому світі. Популяризацією гомеопатії займалися не тільки професійні лікарі, але й ентузіасти, які не мали медичної освіти. Прикладом може служити розробка одержання десяткових розведень препаратів російським поміщиком Корсаковим, чиє ім'я спосіб носить дотепер.
Серед видатних гомеопатів, які внесли значний внесок у розвиток науки, варто згадати Кента і Герінга, які розробили систему реперторизації і склали повні багатотомні довідники - реперторіуми. Відомий також закон зворотного розвитку хвороби, сформульований Герінгом. Імена Фаррингтона, Шаретта, Берике,