Характерною рисою Н. И. Пирогова - лікаря і педагога - була крайня самокритичність. Ще спочатку своєї професорської діяльності він видав двотомну працю "Анналы дерптской хірургічної клініки" (1837-1839), у якому підхід до власної роботи й аналіз своїх помилок розглядаються як найважливішу умову успішного розвитку мед. науки і практики. У передмові до 1-му тому "Анналов" він писав: "Я вважаю священним обов'язком сумлінного викладача негайно обнародувати свої помилки і їхні наслідки для застереження і повчання інших, ще менш досвідчених, від подібних оман". И. П. Павлов назвав видання "Анналов" першим його професорським подвигом: "...у відомому відношенні небувале видання. Така нещадна, відверта критика до себе і своєї діяльності навряд чи зустрічається де-небудь у медичній літературі, И це - величезна заслуга!". У 1854 р. "Військово-медичний журнал" опублікував статті Н. И. Пирогова "Про труднощів розпізнавання хірургічних хвороб і про щастя в хірургії", побудовану на аналізі гл. обр. власних лікарських помилок. Цей підхід до самокритики як ефективній зброї в боротьбі за справжню науку характерний для Н. І, Пирогова в усі періоди його різнобічної діяльності.

Н. И. Пирогова - педагога відрізняли постійне прагнення до більшої наочності матеріалу, що викладається, (напр., широке проведення демонстрацій на лекціях), пошук нових методів викладання анатомії і хірургії, проведення клин, обходів. Важливою його заслугою в області мед. утворення є ініціатива відкриття госпітальних клінік для студентів 5-го курсу. Він першим обґрунтував необхідність створення таких клінік і сформулював задачі, що коштують перед ними. У проекті про установу в Росії госпітальних клінік (1840) він писав: "Ніщо так не може сприяти поширенню медичних і особливо хірургічних зведень між учнями, як прикладний напрямок у викладанні... Клінічне викладання... має зовсім інш мета від практичних викладанні у великих госпіталях і одне недостатньо для повного утворення практичного лікаря..., професор практичної медицини, госпітальної, спрямовує при своїх візитаціях увага слухачів на целую масу однакових хворобливих випадків, показуючи при тім і індивідуальні їхні відтінки; ...лекції його складаються в огляді найголовніших випадків, порівняння їхній і ін.; у нього в руках засіб просувати науку вперед". У 1841 р. у Петербурзькій медико-хірургічній академії початку функціонувати госпітальна хірургічна клініка, а в 1842 р.- перша госпітальна терапевтична клініка. У 1846 р.

госпітальні клініки були відкриті в Московському ун-те, а потім у Казанському, Дерптском і Київському ун-тах з одночасним уведенням 5-го курсу навчання для студентів мед. ф-,тов. Так була здійснена важлива реформа вищого мед. утворення, що сприяла поліпшенню підготовки вітчизняних лікарів.

Виступу Н. И. Пирогова з питань виховання й утворення мали великий суспільний резонанс; його стаття "Питання життя", опублікована в 1856 р. у "Морському збірнику", одержала позитивну оцінку Н. Г. Чернишевського і Н. А. Добролюбова. З цього ж року почалася діяльність Н. И. Пирогова в області освіти, що була відзначена постійною боротьбою з неуцтвом і застоєм у науці й утворенні, із протекціями і підкупами. Н. И. Пирогов домагався поширення знань серед народу, вимагав так наз. автономії ун-тов, був прихильником конкурсів, що надають місце більш здатним і знаючим претендентам. Він відстоював рівні права на утворення для всіх національностей, великих і малих, і всіх станів, прагнув до здійснення загального початкового навчання і був організатором недільних народних шкіл у Києві. У питанні про співвідношення "наукового" і "навчального" у вищій школі він виступав рішучим супротивником думки, що ун-ты повинні учити, а академія наук - "рухати науку вперед", і затверджував: "Відокремити навчальне від наукового в університеті не можна. Але наукове і без навчального усе-таки світить і гріє. А навчальне без наукового,- як ні була ...приманчива його зовнішність, - тільки блищить". В оцінці достоїнств керівника кафедри він віддавав перевагу науковим, а не педагогічним здібностям і був глибоко переконаний у тім, що науку рухає метод. "Будь профессор хоча б німий,- писав Н. И. Пирогов,- так навчи прикладом, на ділі, дійсної методі занять предметом - він для науки і для того, хто хоче займатися наукою, дорожче самого красномовного оратора..." А. И. Герцен назвав Н. И. Пирогова одним з найвизначніших діячів у Росії, що приносила, на його думку, величезну користь Родіну не тільки як "перший оператор" її, але і як попечитель навчальних округів.

Н. И. Пирогова справедливо називають "батьком російської хірургії" - його діяльність обумовила вихід вітчизняної хірургії на передові рубежі світової мед. науки (див. Медицина). Його праці по топографічній анатомії, із проблем знеболювання, іммобілізації, кісткової пластики, шоку, рани раневых ускладнень, з питань організації воєнно-польової хірургії і військово-медичної служби в цілому є класичними, основними. Його наукова школа не обмежена безпосередніми учнями: власне кажучи всі передові вітчизняні . хірурги 2-й половини 19 в. розвивали анатомо-фізіологічний напрямок у хірургії на основі положень і методів, розроблених Н. И. Пирогов'. Його ініціатива в залученні жінок до відходу за пораненими, тобто в організації ін-та сестер милосердя, зіграла важливу роль у залученні жінок до медицини і сприяла, по визнанню А. Дюнана, створенню міжнародного Червоного Хреста.

У травні 1881 р. у Москві було урочисто відсвятковане 50-річчя різнобічної діяльності Н. И. Пирогова; він був визнаний гідним звання почесного громадянина Москви. Після його смерті було засновано В російських лікарів у пам'ять Н. И. Пирогова, що регулярно скликало Пироговские з'їзди (див.). У