Після повернення в черевну порожнину товстий кишечник відносно тонкого розташовується вентрально. Товста кишка утворює селезінковий перегин у лівому верхньому куті черевної порожнини і направляється горизонтально в праву половину живота. Сліпа кишка знаходиться в правому верхньому куті черевної порожнини. Висхідна кишка і печіночний перегин товстої кишки розвиваються лише в останні місяці внутрішньоутробного розвитку плоду, у міру опускання сліпої кишки на її остаточне місце в правому нижньому куті черевної порожнини. Процес переміщення тонкого і товстого кишечника називається поворот кишечника. В ембріонів третього-четвертого тижня розвитку, завдяки утворенню розширень, звужень можна розрізнити багато майбутніх відділів кишечнику. На цій стадії розвитку в епітеліальній вистилці кишечника, представленої раніше одношаровими високопризматичними клітинами з розташуванням ядер у 1-2 ряди, починає знижуватися висота клітин. Місцями ці різновисотні клітини виявляють ніжну поверхневу облямівку. Ядра клітин лежать переважно базально, однак у багатьох місцях ближче до апікального кінця. Під час мітозів вони часто відтісняються до просвіту. Епітеліальна кишкова трубка вкрита досить масивним шаром мезенхіми, у якій можна знайти судини і деяку кількість кровотворних клітин. З боку черевної порожнини кишечник вкритий одношаровим ізопризматичним целомічним епітелієм.

Згідно із широко розповсюдженою думкою, гістогенетичні процеси в різних ділянках кишечника протікають асинхронно, але в принципі однотипно. Вони починаються в оральному відділі дванадцятипалої кишки і поширюються по ній і по всьому тонкому кишечнику в каудальному напрямку. З тканинних елементів стінки тонкої кишки найбільш активно включається в процес розвитку епітелій. Інтенсивне розмноження епітеліальних клітин місцями може призвести до повного перекриття просвіту кишки. Максимального ступеня подібна конфігурація просвіту може бути виражена в ембріонів довжиною 5-7 мм. В ембріонів довжиною 16-18 мм починається процес загибелі клітин, що втратили зв'язок з базальною мембраною, унаслідок чого і відбувається реканалізація просвіту. Цей процес також починається в початковому відділі дванадцятипалої кишки. Якщо з деяких причин перекриття не залишаються епітеліальними (у них вростає сполучна тканина), тимчасове ”фізіологічне" перекриття може перетворитися в атрезію.

Настільки бурхливе розростання епітелію, що приводить до утворення епітеліальних перемичок характерно для дванадцятипалої кишки. В інших відділах тонкої і товстої кишки перекриття, як правило, не виникають. Збільшення внутрішньої поверхні кишки відстає від проліферації епітелію, що приводить до виникнення небагаторядного шару. Просвіт кишечника, за винятком окремих ділянок середніх його частини, вузький, а в деяких місцях зімкнутий. Проліферація і диференціація мезенхіми кишечника починається значно пізніше – у зародків довжиною 13-15 мм у шарі, багатому на судини, розташованому уздовж базальної мембрани, і поширюється в апікальному напрямку. Незважаючи на те, що епітелій виявляє гістогенетичну активність набагато раніше, ніж мезенхіма. Саме з активністю мезенхіми зв'язаний процес ініціації утворення ворсинок. В ході ембріогенезу ворсинки виникають як у тонкій, так і в товстій кишках, в обох випадках процес протікає однорідно. У зародків довжиною 18-20 мм утворюються дрібні, щільні скупчення мезенхімних клітин, що все більш випинають покриваючий їхній епітелій; із самого початку в таких скупченнях з’являються судини, яким приділяється важлива роль в утворенні рельєфу слизової оболонки травного каналу і, зокрема, ворсинок.

У зростаючих ворсинках активно гілкуються судини. Часто вони утворюють на вершинах ворсинок під епітелієм багатошарові петлі, у проміжках між якими іноді глибоко впинається епітелій. Ворсинки швидко збільшуються в довжину, особливо інтенсивно росте верхівка ворсинки, унаслідок цього вони нерідко приймають булавовидну форму. Більш зрілі ворсинки відрізняються більшою товщиною, висотою і більш широкою основою. Булавовидна форма верхівки змінюється дефінітивною – листоподібною. У зв'язку з утворенням ворсинок і крипт збільшується поверхня поширення епітелію, кількість рядів ядер знижується. Кількість ворсинок збільшується паралельно росту кишечника за рахунок новоутворення закладок у проміжках між ворсинками. Внаслідок цього в одному полі зору можна спостерігати ворсинки різних генерацій. Процес утворення і росту ворсинок протікає досить інтенсивно і на восьмому – десятому тижні поширюється на весь тонкий кишечник. Найдовші ворсинки утворюються в середині тонкого кишечника. До четвертого місяця вони досягають висоту 500 мкм, а до моменту народження – понад 700 мкм (половина висоти ворсинки дорослого). На восьмому тижні з'являються перші ознаки початку процесу утворення крипт тонкого кишечника. Як і ворсинки, перші крипти виникають у верхньому відрізку. До тринадцятого тижня закладки крипт являють собою ендоепітеліальні утворення – скупчення округлих клітин, що прогинають базальну мембрану убік сполучної тканини.

Таким чином, ініціація процесу утворення крипт виходить з епітелію, мезенхіма втягується в процес пізніше. З початком тринадцятого тижня закладки крипт дванадцятипалої кишки являють собою заглиблення (50-90мкм) епітелію убік підстилаючої мезенхіми. У таких заглибленнях з'являється вузький просвіт. Закладки крипт активно ростуть у глибину, однак цей ріст незабаром обмежується досить добре розвинутою м'язовою пластинкою слизової оболонки. Подовження крипт може здійснюватися шляхом інтерстинального росту, а також за рахунок утворення сполучних складок між ворсинками із включенням до складу крипт перехідних зон. Загальна довжина крипт дванадцятипалої кишки – 180 мкм, що становить близько половини довжини крипти дорослого. З дванадцятого тижня внутрішньоутробного розвитку починається тривалий процес розподілу первинних крипт. Процес починається з епітеліальних бруньок, що