З часом в окремий структурний підрозділ було виділено напрямок двостороннього і багатостороннього співробітництва в рамках СНД. Відповідне управління було засновано 1 лютого 1994 року. Воно відрізняється тим, що поєднало в собі функції як територіального,так і функціонального управлінь [12,с.10].

В 1998 році в Міністерстві закордонних справ України була проведена чергова структурна реформа, в результаті якої виникли нові підрозділи. Серед них, Управління Європейського Союзу, яке почало проводити велику роботу щодо координації відносин з ЄС усіх урядових структур України, а також зайнялось питаннями політичних відносин з ЄС. До компетенції Управління євроатлантичної інтеграції були віднесені питання відносин, з одного боку, з військовополітичними блоками НАТО і Західноєвропейським Союзом, а з іншого боку – з такими широкими європейськими структурами як Рада Європи та ОБСЄ. Співробітники цього ключового політичного управління постійно присутні в українських офіційних делегаціях, що беруть участь в таких подіях, як сесії Ради Європи та Парламентської асамблеї РЄ, саміти ОБСЄ тощо [42,с.167].

Була розширена і кількість територіальних управлінь. Так, у віданні Першого територіального управління залишились тільки питання відносин з Російською Федерацією та більшістю країн СНД, а також участь України в роботі органів Співдружності.

Друге територіальне управління почало відповідати за відносини з країнами Західної і Північної Європи. До компетенції Третього територіального управління були віднесені взаємини з країнами Центрально-Східної Європи. Протягом останніх років найбільш “гарячим” напрямами цього підрозділу були польський та балканський. Перший – оскільки така щільність політичних контактів, як з Польщою спостерігається лише з кількома іншими країнами, а другий – оскільки Україна уважно стежить за розвитком ситуації на Балканах і постійно намагається відіграти свою позитивну роль у її врегулюванні. Але і на інших напрямах роботи цього управління відпочивати дипломатам не доводиться, адже йдеться про сусідів України, з якими нас пов’язує безліч великих і малих питань, перспектив і проблем, значна кількість яких проходять через одну людину – співробітника МЗС, відповідального за відносини з тою чи іншою країною [ ,с.173 ].

Тоді ж виникло і Четверте територіальне управління, основними питаннями діяльності якого стали відносини з країнами Північної та Південної Америки, особливо з такими державами, як США і Канада. На П’яте територіальне управління була покладена відповідальність за відносини з країнами Азії, Африки, Близького Сходу та Тихоокеанського регіону. Це управління заслуговує на особливу увагу хоча б через ту обставину, що воно охоплює найбільшу кількість держав світу (110). Його відмітною рисою є також наявність фахівців, які володіють такими складними мовами, як японська, арабська, іврит та інші [42,c.173].

Через тереторіальні управління проходять, в основному, всі питання, які стосуються країни чи групи країн, за які вони відповідають, тут зосереджується і аналізується оперативна інфорація про ці країни, їх відносини з Україною та іншими державами, про внутрішнє становище, на основі цього аналізу готуються пропозиції про ті чи інші кроки з боку України, що мають на меті зміцнення політичних, економічних і гуманітарних контактів з партнерами, а у випадку недружніх кроків стосовно України – розробляються пропозиції щодо протидії таким акціям. Очолює управління, як правило, досвідчений дипломат, який добре знає особливості регіону [41,с.17].

Важливу роль у структурі МЗС України відіграє Управління державного протоколу – це своєрідний політичний інструмент дипломатії, оскільки саме через нього посли та інші представники іноземних держав встановлюють свої перші контакти з Україною і отримають інформацію про основи її внутрішньої і зовнішньої політики.Через Управління державного протоколу керівництво МЗС України доводить до дипломатичних представництв іноземних держав ті чи інші нюанси внутрішньої і зовнішньої політики стосунків з тією чи іншою країною у доступній і прийнятній дипломатичній формі [39,с.6].

Але найпершою турботою Управління державного протоколу є зустріч нових послів, надання їм всілякої допомоги в облаштуванні і налагодженні діяльності посольства. До вручення послом вірчих грамот всі його стосунки з МЗС України та іншими офіційними установами здійснюється лише через це управління [41,с.26].

Також Управління державного протоколу забезпечує постійний зв’язок посольств з міністром закордонних справ з усіх (як організаційних, так і політичних) питань, допомагає (або організовує безпосередньо) встановленню контактів з даржавними установами та громадськими організаціями, сприяє влаштуванню дипломатичних прийомів, поїздок дипломатів по країні, екскурсій, відпочинку членів дипломатичного корпусу. Протокольне управління допомагає посольствам уникати будь-яких порушень встановлених в країні протокольних правил.

Протокольне управління слідкує за дотриманням привілеїв дипломатичного корпусу згідно з міжнародним правом (особиста недоторканність і недоторканність приміщень та майна дипломатичного представництва, вилучення членів дипкорпусу з-під карної, цивільної та адміністративної юрисдикції країни перебування, податкові та митні пільги, право шифрувального листування та недоторканності дипломатичної пошти, підняття прапора над резиденцією і на транспортних засобах та інші церемоніальні привілеї в залежності від рангу диплатів) [ ,с.20 ].

Питаннями договірно-правового (юридичного) характеру МЗС України займається Договірно-правовий департамент, що бере безпосердню участь у підготовці проектів договорів та угод, у переговорах по їх підписанню, оформляє ці договори та угоди, веде їх облік та контроль за виконанням, як з боку своєї країни, так і партнерів.

При підготовці міжнародних документів Правовий департамент слідкує за тим, щоб у документах, які підписуються, уникати будь-яких моментів або деталей, які