Важливо, що після проголошення Акту незалежності України прес-секретар Б.Єльцина заявив про те, що Росія залишає за собою право порушити нерозв'язану, на її думку, проблему кордонів із республіками, які стали незалежними. Після гострої реакції України заява була дезавуйована. Однак це ще не означало загибелі великодержавницької ідеї, адже, з погляду значної частини російського суспільства, без контролю над Україною Росія втрачала геостратегічну євро-азійську перспективу. Нервовим центром у напружених двосторонніх відносинах стало питання статусу Чорноморського флоту та Криму. Після складних і суперечливих переговорів 17 червня 1993 р. Б.Єльцин та Л.Кравчук підписали у Москві Угоду про невідкладні заходи щодо формування Військово-Морського флоту Росії та Військово-Морських сил України на базі Чорноморського флоту. При цьому базування флоту на перехідний період залишало спільним і визначалося окремою угодою. 9 липня 1993 р- Верховна Рада Російської Федерації ухвалила постанову, згідно з якою Севастополь оголошувався російським і головною базою єдиного Чорноморського флоту. Це фактично означало висування територіальних претензій до України [7, 228-229].

Внаслідок проведення з січня 1992 р. урядом Б.Єльцина радикальних економічних реформ влітку 1993 р. особливо загострилось протистояння між виконавчою та законодавчою гілками влади в Москві. Націонал-патріоти, які переважали у Верховній Раді, намагались напередодні вирішального протистояння з Єльциним набрати бали за рахунок ультра-патріотизму. Особливе роздратування опозиції викликав "прозахідний" зовнішньополітичний курс, провідником якого був тодішній міністр закордонних справ Росії А.Козирєв. Одним із виявів такої міжнародної орієнтації Росії, яка перебувала в стані демократичної трансформації своєї політичної системи, було відносно реалістичне ставлення виконавчої влади до незалежності України. В липні 1993 р. одним із перших успіхів вітчизняної дипломатії стала підтримка Радою Безпеки ООН української позиції у питання про статус Севастополя. Однак Росія як постійний член Ради Безпеки ООН має право вето, тому ефективне розв'язання суперечливих проблем у двосторонніх відносинах залежало, головно, від залагодження конфлікту на основі гармонізації національних інтересів [16, 627].

Після жовтневого 1993 р. розстрілу "Білого дому" та ухвалення на референдумі 12 грудня 1993 р. президентського варіанту нової Конституції Російської Федерації внутрішньополітичне становище реформаторів у Кремлі на деякий час зміцнилось. Це дало можливість консолідовано зробити жорсткішою позицію щодо України, намагаючись на дострокових президентських виборах 1994 р. привести до влади в Києві проросійськи налаштованого політика. Однак уже з грудня 1994 р. Росії було не до розв'язання української проблеми, адже всі владні ресурси Москви були кинуті на приборкання Чечні. Кавказ перетворився на вибухонебезпечні російські Балкани [13, 21].

Перша чеченська війна (грудень 1994-серпень 1996) частково змінила акценти в українсько-російських відносинах. Влада президента Криму Ю.Мєшкова перебувала в кризовому стані. Україна розумно погодилась на діяльність моніторингової місії Організації з безпеки та співробітництва в Європі (ОБСЄ) в Криму. Гіпотетичний варіант розв'язання цієї проблеми – пряме приєднання Криму до Росії – через необхідність інтеграції півострова до російської системи через українську територію уявлявся неймовірним. Російська стратегія потребувала суттєвого переосмислення. З другого боку, для українського суспільства виникло гостре питання ставлення до гіпотетичної перспективи розпаду Російської Федерації, адже такий розвиток подій міг небезпечно дестабілізувати всю нову систему міжнародних відносин, яка виникла після розпаду СРСР. За цих історичних обставин єдино розумною державницькою політикою була обопільна підтримка територіальної цілісності як України, так і Російської Федерації, оскільки реальна альтернатива могла призвести до нестабільності та суттєвої загрози миру [7, 118].

Незадоволення більшості росіян своїм матеріальним становищем, військові поразки на чеченському фронті понизили рейтинг "партії влади", що на думських виборах 12 грудня 1995 р. принесло перемогу Компартії РФ та націонал-патріотам. Це дало підстави говорити про загрозу реваншу опозиції на президентських виборах, тим паче що хвороби та втрата харизми послабили політичні позиції Б.Єльцина. Такий стан справ у Росії відродив надії на "реінтеграцію" в середовищі лівої української опозиції, що відразу позначилось на складному процесі підготовки Конституції України. В першій половині 1996 р. настав критичний момент: прихід до влади в Росії й Україні політичної контреліти міг, здавалось, повернути колесо історії до "єдиної і неподільної".

Політична інтуїція знову не обманула Б.Єльцина. Зовнішньополітичне відомство Росії очолив Є.Примаков. Здавалось, що Москва знову йде від одних крайнощів – йти прозахідним курсом, іноді зі збитками для власних інтересів, до другої – стати на шлях проголошеного Б.Єльциним на будапештському самміті ОБСЄ в грудні 1994 р. "холодного" миру із Заходом. Є.Примаков запропонував доктрину "багатополюсного світу". Оновлена Росія повинна була стати одним із полюсів сили в новому міжнародному устрої. Стратегічне партнерство з Києвом мало посилити європейські позиції Москви.

Під час передвиборчої кампанії в РФ виконавча влада України підтримувала діючого президента. Ліва більшість у Верховній Раді орієнтувалась на лідера КПРФ Г.Зюганова. Перемога Б.Єльцина на липневих 1996 р. президентських виборах засвідчила марність сподівань на опозиційний реванш. Українсько-російські відносини отримали шанс розвитку в напрямку подальшого співробітництва між двома незалежними державами. Починаючи з 1992 p., Київ передав Москві 15 дипломатичних нот з пропозиціями завершити договірно-правове оформлення кордону. Свідченням певного прогресу став початок у серпні 1996 р. переговорів про демаркацію українсько-російського кордону, який досі більше нагадував адміністративні межі радянських часів, ніж державний кордон. Україна не планувала зводити огорожу з колючого дроту – "східну залізну завісу", вона лише хотіла, щоб її східний кордон відповідав європейським стандартам. Однак для міжнародно-правової формалізації цього процесу необхідно було підписати широкомасштабний двосторонній договір. Це питання стало останнім рубежем оборони