Оборонна реформа та реформа структур безпеки посідає першорядне місце у співпраці між Україною та НАТО. З метою полегшення проведення консультацій та практичного співробітництва у цій галузі -- найбільш широкомасштабного, ніж з будь-якою іншою країною-партнером -- було засновано Спільну робочу групу Україна -- НАТО з питань оборонної реформи. Україна звернулася до НАТО за допомогою у реформуванні її надмірних збройних сил, що комплектуються за призовом, у професійні, менші за чисельністю, мобільніші збройні сили, які відповідали б потребам країни у галузі безпеки та були б здатними брати активну участь у гарантуванні європейської безпеки і стабільності. Пріоритетним напрямом з точки зору НАТО є зміцнення демократичного контролю та цивільного управління усім сектором безпеки та підвищення рівня оперативної сумісності національних збройних сил з військами НАТО.

Серед ключових аспектів співпраці -- надання допомоги Україні з боку НАТО у розробці нової Стратегічної концепції та Військової доктрини, а також у забезпеченні проведення та втілення у життя результатів комплексного оборонного огляду; вдосконалення процесу оборонного планування та укладання бюджетів; скорочення чисельності збройних сил та конверсії військових об’єктів; розбудові сил швидкого реагування; переведенні збройних сил на професійну основу; а також щодо розвитку цивільно-військових відносин, зокрема у плані підвищення ролі цивільних кадрів в українських оборонних структурах. Заходи у цій галузі не обмежуються лише співпрацею зі Збройними Силами або Міністерством оборони, але передбачають також надання допомоги у реформуванні Прикордонних військ, Міністерства з надзвичайних ситуацій та Міністерства внутрішніх справ.

Намаганню України підвищити рівень оперативної сумісності з військами НАТО також значною мірою сприяла її участь у програмі НАТО “Партнерство заради миру” ( ПЗМ ) , а Процес планування та огляду сил застосовувався для того, аби визначити основні критерії цілей оборонного планування . Він також застосовується з метою розробки планів модернізації та реформування інших структур безпеки.

До того ж окремі країни Альянсу надають Україні допомогу у знищенні наявних в неї арсеналів протипіхотних мін, боєприпасів, стрілецької зброї та легкого озброєння у рамках проектів Цільового фонду ПЗМ. У рамках першого проекту протягом 15 місяців у 2002 -- 03 рр. на Донецькому заводі хімічних виробів було знищено 400 тис. одиниць протипіхотних мін. Це був перший крок на шляху до знищення майже семимільйонних арсеналів протипіхотних мін, якими володіє Україна. У рамках другого проекту планується знищити 133 тис. тонн звичайних озброєнь, 1,5 млн. одиниць стрілецької зброї та іншої зброї. Цей проект вартістю близько 25 млн. євро розпочався у 2005 році і запроваджуватиметься у кілька етапів протягом 12 років. Це найбільш масштабний проект у галузі демілітаризації, що коли-небудь проводився, який допоможе суттєво збільшить спроможність України здійснювати утилізацію надлишкових озброєнь.

Співпраця між Україною та НАТО з економічних аспектів безпеки має на меті сприяти розвиткові діалогу та обміну досвідом між експертами у галузі взаємозв’язку між економікою та безпекою, зокрема, укладання оборонних бюджетів та управління оборонними ресурсами у контексті макроекономіки та реструктуризації оборонного сектора. Співпраця у цій галузі триває в двох основних напрямах: установчий діалог та заходи із навчання, перепідготовки та соціальної адаптації.

Установчий діалог зосереджено на питаннях, пов’язаних з оборонною економікою, економічною та енергетичною безпекою, економічними аспектами реструктуризації ВПК та економічними аспектами євроатлантичної інтеграції.

У галузі перепідготовки звільнених військовослужбовців спільно з Національним координаційним центром з питань соціальної адаптації військовослужбовців, звільнених у запас або відставку, НАТО фінансує та проводить в Україні мовні курси та курси з менеджменту. Нині НАТО працює над тим, щоб подвоїти ресурси, які виділяються на співпрацю у цій галузі відповідно до програми короткотермінових заходів, яку було ухвалено у Вільнюсі в квітні ц.р. Кілька країн Альянсу співпрацюють з метою розробки проектів Цільового фонду ПЗМ з метою подальшої підтримки ініціатив з адаптації військовослужбовців, які звільняються внаслідок скорочення військових формувань, а також підготовки цивільних кадрів для структур безпеки й оборони та використання ними сучасних методів управління.

Було також організовано курси з питань оборонної економіки, які охоплюють усі питання укладання бюджетів, починаючи від фінансового планування до контролю оборонних витрат.

Співпраця між військовими Збройних Сил України та країн Альянсу розвивається у рамках Військового робочого плану Україна -- НАТО під егідою Військового комітету Україна -- НАТО . Першорядною метою цієї співпраці, яка підкріплює роботу, що виконується під проводом СРГОР, є забезпечення досягнення Україною цілей національної оборонної реформи за рахунок безпосереднього залучення військових .

Військові представники НАТО також відіграли чільну роль, допомігши розробити юридичну основу, необхідну для подальшого розвитку оперативної співпраці між Україною та НАТО . Угода про статус сил у рамках програми ПЗМ, яку Україна ратифікувала у 1999 році, забезпечує взаємні домовленості щодо пересування військ НАТО та країн-партнерів територією України, а також пересування українських військ територією країн НАТО та визначає юридичний статус особового складу з таких питань, як документація, юридичні питання, оподаткування, митне