Проте основоположною подією у спараві розвитку двосторонніх відносин між Україною і Північноатлантичним союзом стало підписанняу Мадриді 9 липня 1997 року Хартії про особливе партнерство між Україною і НАТО. Хартію підписано з метою розвитку відносин «особливого і ефективного партнерства», яке, як відзначаєтьсяу Хартії, «сприятиме більшій стабільності та просуванню спільних демократичних цінностей у Центрально-Східній Європі». Сторони визначили форми реалізації співробітництва, сфери та механізми проведення консультацій з питань запобіганням конфліктів, управління кризами, підтримання миру, врегулювання конфліктів тапроведення гуманітарних операцій. Слід наголосити, що Хартією було передбачено, що Україна та НАТО створять спеціальний орган для проведення спільних консультацій у кризовій ситуації, якщо Україна вбачатиме існування прямої загрози своїй територіальній цілісності, політичній незалежності або безпеці, що дозволяє оцінювати документ з позиції його додаткового впливу на забезпечення не лише військової, а й національної безпеки загалом. Власне цей консультативний механізм Комісії Україна-НАТО і є одним із головних досягнень Хартії, а також і всієї спрівраці між Україною і НАТО. Він дає можливість консультуватися з НАТО одразу під час загостреннязовнішньої загрози у будь-який момент, коли Україна відчує таку небезпеку. На жаль, цей механізм не вдалося задіяти у жовтні 2003 року під час конфлікту біля осторву Тузла у Керченській протоці. [57, С. 20]

У хартії було зазначено, що Комісія Україна-НАТО, скликання якої на рівні Північноатлантичної Ради планувалося не менше двох разів на рік, перебдачав взаємний контроль за виконанням положень документу. Хартія відповідала проголошеній Україною стратегій посилення інтеграції до європейських та трансатлантичних структур. Україна і НАТО погодилися проводити консультації щодо розвитку євроатлантичної безпеки та стабільності, а також у галузях попередження конфліктів, управління кризами, підтримання миру, врегулювання конфліктів тапроведення гуманітарних операцій. Після підписання Хартії західні партнери сподівалися на початок конкретних заходів з боку українського уряду і військового керівництва, необхідність яких, здаавлося українські лідери. Однак, підстав говорити про екномічне одуження, без якого годі говорити про продуктивну співпрацю з Альянсом. Співпраця Україна-НАТО почала набирати формального характеру, на всіх офіційних рівнях постійно проголошувалося, що питання про вступ України в НАТО на порядку денному не перебуває. Розробку й аналітичні дослідження з цієї теми називалися «незрілими», «упередженими», гальмувалися або замовчувалися, а поодинокі спроби впровадження в життя курсу на євроатлантичну інтеграцію коштувала посад багатьом службовцям, починаючи з міністра закордонних справ. У 2000 році з лексикону української політичної еліти майже зникло саме поняття «євроатлантичної інтеграції». Уперше за всі роки про цей вектор навіть не згадувалося у новорічному зверненні Президента до іноземного дипломатичного корпусу в Києві. [49, С. 81]

Водночас, слыд зазначити, що на формально-юридичному рывны було зроблено чимало. На доповнення двосторонніх угод з НАТО в Україні було прийнято декілька національних правових актів. Президент України наприкінці 1998 року своїм Указом затвердив урядову програму дій у галузі співпраці між Україною і НАТО. Аналогічні плани співпраці з НАТО мали лише держави, безпосередньо запрошені до членствав Альянсі, що у свою чергу свідчило про особливий характер відносин між Україною і Альянсом в період після підписання Хартії. Наступна Державна програма співробітництва з НАТО на 2001-2004 роках була затверджена Указом Президента від 27 січня 2001 року. [32, С. 54]

Державною Програмою співробітництва було поставлено за мету досягнення до інця 2000 року виконання основних завдань, Визначених Хартією. Обидві програми мали багато спільного, але друга Програма була вже набагото більшоюза об`ємом та змістовним наповненням. зокрема Програма, 1998 року було відносно простою за структурою і мала 16 розділів. Програма ухвалена в 2001 році, складалась з 7-ми великих розділів, які, у свої чергу, були поділені на 18 розділів та 14 більш маленьких структурних одиниць.До того ж, ця Програма ще мала додаток – перелік центральних органів виконавчої влади та установ України, які несуть відповідальність за опглиблення співпраці з НАТО. В державній програмі на 2001-2004 рік спеціальні розділи присвячені юридичному та інформаційному забезпеченню співробітництва України з НАТО. Зокрема, йшлося про шляхи удосконалення чинної правової бази співробітництва України з НАТО, а саме, формалізацію відносин міністерств, інших центральних органіввиконавчої влади України з відповідними структурами НАТО через укладання двосторонніх договорів в окремих сферах співробітництва у форматі Меморандумів про взаємопорозуміння, угод, обмін листами тощо, які відповідали б духу особливого партнерства України з Альянсом. Крім того, передбачалося створення громадського інформаційного центрусприяння розвитку співробітництва України з НАТО; запровадження постійно діючої рубрики «Україна-НАТО» на державних каналах телебачення й радіомовлення та підготовка серії відповідних передач і аналітичних програм за участю працівників Адміністрації Президента та Секретаріату Кабінету Міністрів України, членів РНБОУ, керівників центральних органів виконавчої влади та установ держави, залучених до співробітництва з Альянсом; роз`яснення у програмах Українського радіо для закордонних слухачів позиції України щодо відносин із НАТО. Деякі пункти Програми 1998 року не були виконані і тому без змін