Діяльність Служби безпеки України, її органів і співробітників ґрунтується на засадах законності, поваги до прав і гідності особи, позапартійності та відповідальності перед народом України.

В оперативно-службовій діяльності Служба безпеки України дотримується принципів поєднання єдиноначальності і колегіальності, гласності і конспірації.

Діяльність Служби безпеки України здійснюється на основі дотримання прав і свобод людини. Органи і співробітники Служби безпеки України повинні поважати гідність людини і виявляти до неї гуманне ставлення, не допускати розголошення відомостей про особисте життя людини. У виняткових випадках з метою припинення та розкриття державних злочинів окремі права та свободи особи можуть бути тимчасово обмежені у порядку і межах, визначених Конституцією та законами України.

Неправомірне обмеження законних прав та свобод людини є неприпустимим і тягне за собою відповідальність згідно з законодавством.

Орган Служби безпеки у разі порушення його співробітниками при виконанні службових обов'язків прав чи свобод людини повинен вжити заходів до поновлення цих прав та свобод, відшкодування заподіяної моральної і матеріальної шкоди, притягнення винних до відповідальності.

Служба безпеки України на вимогу громадян України у місячний строк зобов'язана дати їм письмові пояснення з приводу обмеження їх прав чи свобод. Такі особи мають право оскаржити до суду неправомірні дії посадових (службових) осіб та органів Служби безпеки України.

Чинне законодавство не допускає використання Служби безпеки України в партійних, групових чи особистих інтересах і забороняє діяльність в ній партій, рухів та інших громадських об'єднань, що мають політичні цілі Коломієць Т. О. Адміністративне право. — Запоріжжя, 2001. — С. 179..

На період служби чи роботи за трудовим договором членство співробітників Служби безпеки України у таких об'єднаннях зупиняється.

Як виняток, дозволяється членство працівників, які уклали трудовий договір із Службою безпеки України, у професійних спілках.

Громадськість України через засоби масової інформації та в інших формах у визначеному законодавством порядку інформується про діяльність Служби безпеки України.

Забороняється встановлювати обмеження на інформацію щодо загального бюджету Служби безпеки України, її компетенції та основних напрямів діяльності, а також випадків протиправних дій органів і співробітників Служби безпеки України.

Не підлягають розголошенню відомості, що становлять державну, військову, службову та комерційну таємницю, а також інформація конфіденційного характеру, розголошення якої може завдати шкоди національній безпеці України, честі і гідності особи або порушити її законні права, крім випадків, передбачених законодавством в інтересах правосуддя.

Служба безпеки України взаємодіє з державними органами, підприємствами, установами, організаціями та посадовими особами, які сприяють виконанню покладених на неї завдань.

Громадяни України та їх об'єднання, інші особи сприяють законній діяльності Служби безпеки України на добровільних засадах.

Систему Служби безпеки України складають Центральне управління Служби безпеки України, підпорядковані йому регіональні органи, органи військової контррозвідки, військові формування, а також навчальні, науково-дослідні та інші заклади Служби безпеки України.

Організаційна структура Служби безпеки України визначається Президентом України.

Центральне управління Служби безпеки України, інші органи та установи, що входять до системи Служби безпеки України, є юридичними особами, мають печатку із зображенням державного герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі валютні.

Центральне управління Служби безпеки України відповідає за стан державної безпеки, координує і контролює діяльність інших органів Служби безпеки України. До його складу входять апарат Голови Служби безпеки України та функціональні підрозділи: розвідки, контррозвідки, військової контррозвідки, захисту національної державності, боротьби з корупцією і організованою злочинною діяльністю, інформаційно-аналітичний, оперативно-технічний, оперативного документування, слідчий, урядового зв'язку, по роботі з особовим складом, адміністративно-господарський, фінансовий, військово-медичний та інші згідно з організаційною структурою Служби безпеки України Державне управління в Україні: наукові, правові, кадрові та організаційні засади. / Н.Р. Нижник (заг.ред.), В.М. Олуйко (заг.ред.). — Л., 2002. — С. 159.

.

Центральне управління Служби безпеки України видає положення, накази, розпорядження, інструкції, дає вказівки, обов'язкові для виконання у системі Служби безпеки України. Зазначені акти не підлягають виконанню, якщо в них встановлюються не передбачені законодавством додаткові повноваження органів і співробітників Служби безпеки України або антиконституційні обмеження прав та свобод громадян.

У межах своєї компетенції Центральне управління Служби безпеки України вносить Президенту України пропозиції про видання актів з питань збереження державної таємниці, обов'язкових для виконання органами державного управління, підприємствами, установами, організаціями і громадянами.

З метою ефективного виконання своїх завдань Службою безпеки України створюються її регіональні органи: обласні управління Служби безпеки України, їх міжрайонні, районні та міські підрозділи, розміщення і територіальна компетенція яких можуть не збігатися з адміністративно-територіальним поділом України.

В інтересах державної безпеки органи і підрозділи Служби безпеки України можуть створюватися на окремих державних стратегічних об'єктах і територіях, у військових формуваннях.

Органи військової контррозвідки створюються для контррозвідувального забезпечення Збройних Сил України, Національної гвардії України і Прикордонних військ України та інших військових формувань, дислокованих на території України.

У своїй оперативно-службовій діяльності органи Служби безпеки України є незалежними від органів місцевої державної адміністрації та місцевого самоврядування, посадових осіб, партій і рухів.

Керівництво всією діяльністю Служби безпеки України, її Центральним управлінням здійснює Голова Служби безпеки України. Він несе персональну відповідальність за виконання завдань, покладених на Службу безпеки України.

У Службі безпеки України створюється колегіальний дорадчий орган — колегія, яка визначає шляхи виконання покладених на Службу безпеки