З листопада 1997 до червня 2000 року нова назва — Міністерство агропромислового комплексу України (Мінагропром України), а галузі, в яких Мінагропром забезпечує проведення в життя державної політики: сільське господарство, садівництво, виноградарство, харчова, переробна та виноробна промисловість. З червня 2000 року центральним органом виконавчої влади, а також головним (провідним) органом у системі центральних органів виконавчої влади з питань формування та забезпечення реалізації державної аграрної політики, продовольчої безпеки держави, державного управління у сфері сільського господарства, садівництва, виноградарства, харчової промисловості, рибного господарства, переробки сільськогосподарської продукції визначено Міністерство аграрної політики України (Мінагрополітики України).

Можна констатувати, що пошук оптимальної системи управління сільським господарством та спорідненими галузями продовжувався весь період становлення України, як держави.

Положення про Міністерство аграрної політики України, затверджене Указом Президента України від 7 червня 2000 р. № 772, зазнало суттєвих змін і доповнень (Указ Президента України від ЗО жовтня 2001 р. № 1021 «Про внесення змін до Положення про Міністерство аграрної політики України») у зв'язку із введенням, з метою вдосконалення системи державного управління, забезпечення ефективної діяльності Кабінету Міністрів України, міністерств та інших органів виконавчої влади, а також їх апаратів, інституту державних секретарів (Указ Президента України від 29 травня 2001 р. № 345 «Про чергові заходи щодо подальшого здійснення адміністративної реформи в Україні»).

У Положенні про Міністерство визначаються його завдання, повноваження, порядок формування, призначення керівництва тощо.

Мінагрополітики України узагальнює практику застосування законодавства з питань, що стосуються визначених галузей, розробляє пропозиції щодо вдосконалення законодавства та в установленому порядку вносить їх на розгляд Президентові України та Кабінету Міністрів України.

Мінагрополітики України забезпечує реалізацію державної аграрної політики, організує розроблення і здійснення заходів щодо гарантування продовольчої безпеки держави та забезпечує здійснення державного управління у сфері сільського господарства, садівництва, виноградарства, харчової промисловості, рибного господарства, переробки сільськогосподарської продукції.

До основних завдань Мінагрополітики також належить організація та забезпечення проведення аграрної реформи, здійснення ЇЇ моніторингу, розроблення і реалізація заходів щодо структурної перебудови зазначених галузей.

Мінагрополітики бере участь у реалізації державної політики у сфері підприємництва та у формуванні і реалізації соціальної політики у сільській місцевості. І крім цього координує діяльність регіональних органів виконавчої влади з питань реалізації державної аграрної політики, соціальної політики у сільській місцевості, забезпечення продовольчої безпеки держави та проведення аграрної реформи.

На сучасному етапі Міністерство аграрної політики України очолює Міністр, якого призначає на посаду та звільняє з посади в установленому законодавством порядку Президент України.

Як член Кабінету Міністрів України, Міністр особисто відповідає за розроблення і реалізацію державної аграрної політики, продовольчу безпеку держави. Він керує Міністерством, визначає політичні пріоритети, стратегічні напрями роботи Міністерства та шляхи досягнення поставлених цілей. Спрямовує і координує здійснення центральними органами виконавчої влади заходів з питань, віднесених до відання міністерства.

Організаційне, експертно-аналітичне, правове, інформаційне, матеріально-технічне та інше забезпечення діяльності Мінагрополітики України організовується Державним секретарем.

Міністр Мінагрополітики подає Прем'єр-міністрові України пропозиції щодо призначення на посаду Державного секретаря Мінагрополітики України, а призначає на посаду за поданням Прем'єр-міністра України та звільняє з посади Президент України.

Державний секретар підзвітний і підконтрольний Міністрові. Він має першого заступника та 3 заступників, яких призначає на посади та звільняє з посад Президент України. Державний секретар, його перший заступник та заступники призначаються на посади на строк повноважень Президента України.

Державний секретар розподіляє за погодженням з Міністром обов'язки між першим заступником та заступниками Державного секретаря, визначає ступінь їх відповідальності. Крім того основними завданнями Державного секретаря є: організація забезпечення виконання завдань, що належать до сфери діяльності Мінагрополітики України; забезпечення діяльності Міністра як керівника Мінагрополітики України та члена Кабінету Міністрів України; здійснення поточної роботи, пов'язаної з виконанням покладених на Мінагрополітики України завдань; забезпечення стабільності і наступності в роботі Мінагрополітики України.

Сьогодні структура Мінагрополітики включає 11 Департаментів (організаційної роботи, стратегії розвитку аграрної економіки, фінансово-кредитної та податкової політики, міжнародної інтеграції, інвестиційної політики та розвитку аграрного бізнесу, науково-технічної політики, розвитку соціальної інфраструктури сільської місцевості, ринків продукції рослинництва та розвитку насінництва та тваринництва, реформування сільського господарства та інші), які складаються з управлінь. Крім того є окремі управління з таких питань, як юридичні, управління державною власністю, ревізії і контролю, організації та методології бухгалтерського обліку і фінансової звітності, реформування управління АПК та соціально-трудових відносин.

Наприклад, Департамент стратегії розвитку аграрної економіки організує розробку основних напрямів державної аграрної політики, стратегії та механізмів її реалізації, державних комплексних і цільових програм (концепцій) розвитку агропромислового комплексу, відповідних розділів проектів Державної програми соціального і економічного розвитку України та Програми діяльності Кабінету Міністрів України.

Департамент фінансово-кредитної та податкової політики Міністерства аграрної політики України бере участь у розробці і реалізації державної фінансово-кредитної та податкової політики в галузях агропромислового виробництва. Розробляє проекти нормативно-правових актів, що визначають основні стратегічні завдання, напрямки та механізми функціонування фінансово-кредитної системи в зазначених галузях. А також розробляє та координує виконання загальнодержавних та регіональних програм в частині фінансово-кредитного забезпечення, координує діяльність структурних підрозділів міністерства, головних управлінь сільського господарства і продовольства обласної, управління сільського господарства та продовольства Севастопольської міської державних адміністрацій з питань реалізації державної фінансово-кредитної політики.

Департамент міжнародної інтеграції, інвестиційної політики та розвитку аграрного бізнесу розробляє та здійснює заходи щодо забезпечення виконання державної політики в галузі зовнішньоекономічних зв'язків. Бере участь у забезпеченні реалізації державної політики з питань залучення та захисту іноземних та вітчизняних інвестицій, а також в напрямку Європейської та міжнародної інтеграції. Розробляє пропозиції щодо основних напрямків державної політики