Доповідь Мечникова на VII з'їзді росіян природодослідників і лікарів пройшла з тріумфом. Ініціативна група запропонувала його кандидатуру до складу Російської академії наук і незабаром він був вибраний її членом-кореспондентом. Потрібно, проте, ще раз підкреслити, що Мечников, виступаючи з своєю доповіддю на з'їзді, йшов на величезний ризик. Адже до цього моменту він не мав в своєму розпорядженні жодного факту фагоцитозу патогенних бактерій не тільки в організмі людини, але і в загальний у вищих хребетних. Проголосивши недоведене фактами положення про захисну функцію лейкоцитів у організмі людини, Мечников викликав на бій тогочасне медичне мислення. На переконання видатних патологів (Ріндфляйш, Вальдейер, Клебс), яке розділяв засновник целюлярної патології Вірхов, гній вважався показником важкого зараження, а лейкоцити – фатальними клітинами, що служили для живлення мікроорганізмів і їх розповсюдження по всьому організму. Твердим прихильником цих уявлень, що стали догмою, був і знаменитий бактеріолог Кох.

Висаджуючи цю догму, Мечников виходить з свого досвіду прижиттєвого мікроскопічного дослідження прозорих нижчих безхребетних, яке забезпечує безпосереднє бачення спрямованості процесів, що спостерігалися в масштабі реального часу. При цьому він ніби ототожнює фагоцити людини з активними блукаючими мезодермальними клітинами безхребетних, що рухаються в їжі. Мечникову було зрозуміло, що патологи і бактеріологи, що вивчають "зупинені кадри" процесу в зафарбованих препаратах, не мають такої можливості. По цьому вони реконструюють динаміку процесу самовільно, керуючись лише своїми апріорними уявленнями.

Розуміючи це, Мечникjв прагне підтвердити свою фагоцитарну гіпотезу прямими спостереженнями патологічного процесу (1884-1887 рр.). У роботі "Про грибкове захворювання дафній" [6] він встановив, що ці тварини вражаються спорами грибків, які через стінки травного каналу переходять в порожнину тіла. Тут спори оточуються з усіх боків лейкоцитами, які захоплюють і переварюють їх, що веде до звільнення організму від інфекції. При введенні великої кількості спор деякі з них, залишившись незахопленими, проростають, що викликає загибель дафнії. Крім цього Мечників спостерігав в ранах, що утворюються у дафній при укусах, фагоцитоз бактерій і шматків тканини, що омертвіли.

Результати, одержані на дафніях, спонукають Мечникова до висновку, що відноситься до сфери патології людини, "найістотнішим моментом запальної реакції є скупчення фагоцитів і захоплення дратівливих елементів... Запалення являє собою тільки окремий випадок внутріклітинного травлення". Ця теза знайшла підтвердження в подальших поглиблених дослідженнях на амфібіях, плазунах і ссавцях. Було встановлено, що при зараженні ослабленим збудником сибірської виразки (вакцина) розвиток вираженого фагоцитозу супроводжується одужанням або повною стійкістю тварини до інфекції. Відсутність фагоцитозу веде до захворювання і смерти [7]. Мечников провів зразкове, навіть за сучасною міркою, патогістологічне дослідження шкіри померлих від бешихового запалення [8]. У ділянках, вільних від некрозу, регулярно спостерігалися лейкоцити, що містять стрептококів безпосередньо в протоплазмі або в світлих вакуолях. Були добре помітні картини, які чітко вказували на розпад бактерій з утворенням найдрібнішої зернистості. При гангренозних змінах лейкоцити з бактеріями зустрічалися у вигляді рідкісних виключень. Принципово новим було виявлення у з'єднувальній тканині великих фагоцитуючих клітин, здатних поглинати "як цілі лейкоцити, так і їх уламки, і багато інших твердих тіл". Це фагоцити, що одержали назву "макрофагів". Мечников відрізняє ці клітини від мікрофагів, тобто дрібніших лейкоцитів з сегментованим ядром. Макрофаги не поглинають стрептококи і активна боротьба з ними "при бешиховому запаленні ведеться виключно мікрофагами". Проте при сибірській виразці кроликів і морських свинок макрофаги селезінки інтенсивно поглинають бактерії.

Дані дослідження експериментально довели, що фагоцитоз дійсно є захисною антибактеріальною реакцією у тварин різних типів і людини. Так, фагоцитарна гіпотеза Мечнікова в результаті її фактичного обґрунтування набула статус фагоцитарної теорії, яка базується на встановленні цілеспрямованої активності фагоцитів, що виявляється в чутливості, рухливості і поглинанні чужорідних частинок з їх подальшим внутріклітинним перетравленням.

У 80-і роки XIX століття поняття клітинної активності було досконало чужим лікарському світу, що твердо стояв на позиціях целюлярної патології. Заслуга Вірхова в здійсненні синтезу клітинної теорії і патології не скороминуща, проте його розуміння клітини було обмежено часом (1858 р.) Для Вірхова клітина є пасивним субстратом хвороботворного процесу, вона зазнає зміни в результаті пошкодження або ослаблення живлення, але ніколи не реагує на дію того або іншого чинника. Сама ідея клітинної реакції і тим більше доцільної клітинної реакції була абсолютно чужа Вірхову. Відомий патолог Клебс, що вперше відкрив локалізацію бактерій усередині лейкоцитів, підкреслював, що власної клітинної сили, що веде з ворогом свого роду боротьбу, взагалі не існує; зміни, які спостерігаються після пошкодження клітин, завжди носять пасивний характер.

Такою була парадигма медичного мислення, яку сміливо викорінив Мечников, з'ясувавши біологічний сенс запалення, що полягав в протидії фагоцитів будь-якому чужорідному впровадженню, а також в знищенні ослаблених або мертвих тканин, Мечников вперше вніс в медичне мислення поняття про доцільну реакцію клітин макроорганізму, направленої на подолання хвороботворного чинника. Так дарвінівська концепція пристосування і боротьби за існування була вперше перенесена на клітинний рівень і трансформована в теорію активного захисту організму за допомогою спеціалізованої целюлярної системи [10].

Більш того, фагоцитарна теорія принципово перетворила сам зміст поняття "клітина". На відміну від пасивно страждаючої