Ініціатива виконання цього проекту бере свій початок в січні 1995 року, коли уповноважені представники міністерств охорони навколишнього природного середовища Республіки Білорусь, Російської Федерації та України підписали Меморандум учасників Міжнародного засідання по питанням екологічного оздоровлення басейну ріки Дніпро, в якому визначена необхідність спільних зусиль трьох держав в розробці спеціальної Міжнародної програми.

Розглянувши питання трьохстороннього співробітництва в галузі оздоровлення навколишнього середовища басейну Дніпра міністри охорони навколишнього природного середовища Білорусі, Російської Федерації і України у червні 1996 року підтвердили готовність про сприяння в підготовці попередньої стадії проекту програми.

В 1998 році була завершена трирічна підготовча робота за рахунок фінансування ГЕФ та IDRC загальним обсягом біля 0,3 млн. дол. США: спільна робота міністерств, міжнародних та національних експертів, інших організацій дозволила розробити проектну пропозицію “Підготовка стратегічної програми дій для басейну ріки Дніпро та розробка механізмів її реалізації“, яка у квітні 1998 року була подана на розгляд та затверджена Радою Глобального екологічного фонду.

Реалізація зазначеної Міжнародної програми екологічного оздоровлення басейну Дніпра (Україна, Росія, Білорусь) із початковим загальним обсягом фінансування 7 млн. дол США на період 1999-2001 років дозволить здійснити комплекс заходів, спрямованих на зменшення негативного впливу забруднення навколишнього середовища на здоров’я населення та екологічний стан басейну Дніпра, забезпечення сталого використання його ресурсів та збереження біорізноманіття. Програма надасть можливість забезпечити реалізацію для країн басейну принципів координації та співробітництва у відповідності з досягнутими домовленостями.

Значну технічну допомогу у вирішенні питань екологічного оздоровлення басейну Дніпра надає Уряд США через Агентство охорони навколишнього середовища США (EPA) при фінансовій підтримці Агентства Міжнародного розвитку США. Починаючи з 1994 р. робота по удосконаленню моніторингу, якості поверхневих вод, лабораторних аналізів, моделюванню та удосконаленню управління була сфокусована на Канівському водосховищі.

Переконавшись у вигоді співробітництва, а також посилення обміну технічним та організаційним досвідом, ЕРА та Мінекобезпеки ініціювали подальші зусилля, сфокусувавши їх на естуарії Дніпра. Естуарій є надзвичайно цінною екосистемою, котра є зв’язком між Дніпром та Чорним морем та який, маючи важливе значення у вирішенні екологічних проблем всього Чорноморського басейну, залишився не охопленим міжнародним співробітництвом.

Є дві основні цілі цієї роботи:

1. Підвищити усвідомленність стану якості води, екологічної безпеки складної в екологічному відношенні частини басейну р.Дніпро;

2. Розповсюдити досвід у навчанні та використанні технологій, отриманий під час виконання Програми якості води Канівського водосховища, шляхом підтримки прийняття управлінських рішень персоналом місцевих Держуправлінь екобезпеки та наданням їм необхідного обладнання.

Передбачається, що за допомогою такого підходу може бути отриманий значний багатосторонній ефект.

Протоколом про спільну діяльність між Мінекобезпеки та Агентством охорони навколишнього середовища США за фінансової підтримки Агентства міжнародного розвитку США і Уряду України, який підписано 25 листопада 1997 року, передбачається здійснити в 1997-1998 роках проект “Оцінка та управління якістю води в естуарії Дніпра” загальною вартістю 0,25 млн. дол.

Обидві сторони беруть на себе зобов’язання сприяти здійсненню успішного завершення зусиль для покращання якості поверхневих вод та екологічного стану басейну Дніпра та його Естуарію. Підкреслюється важливість та зміст цієї роботи не лише для покращання навколишнього середовища в Україні, але і для підтримки двостороннього співробітництва в рамках Робочої Групи по навколишньому середовищу Комітету Підтримки Економічного Співробітництва (“Комісія Кучма-Гор”).

Станом на початок 1999 року проект ще не закінчено, оскільки його фінансування було припинено влітку 1998 року.

В 1998 році Мінекобезпеки проводило підготовчу роботу щодо залучення гранту Уряду Японії для фінансування першочергових проектів технічної допомоги, а саме розглядалась можливість фінансування розробки Генерального плану по переробці відходів збагачення та очищення стічних вод, які супроводжують видобуток і збагачення залізної руди у місті Кривий Ріг (очікувана вартість складає від 2 до 5 млн.) , що є складовою частиною багатоцільового проекту очищення стічних вод у місті Кривий Ріг в рамках Національної програми.  

Інвестиційні проекти 

Основна економічна відповідальність за реалізацію Національної програми та природоохоронних проектів в її складі покладена на державні та місцеві органи управління. При цьому, зовнішнє фінансування є важливим та суттєвим доповненням до ресурсів країни, спрямованим на природоохоронне будівництво.

Міжнародне співробітництво у галузі екологічного оздоровлення Дніпра здійснюється із застосуванням сучасних механізмів фінансування природоохоронної діяльності:

-надання пільгових кредитів з відстроченням платежів та низькими відсотком їх обслуговування;

-спільне фінансування проектів силами міжнародних фінансових організацій та різних організацій-донорів із залученням значних коштів місцевих та державних органів влади;

-об’єднання грантів іноземних країн та міжнародних фінансових організацій з коштами місцевих та державних органів влади для виконання пілотних (демонстраційних) проектів з метою їх подальшого розповсюдження по країні в цілому.

Враховуючи складний екологічний стан, що склався в ряді населених пунктів, та згідно пропозицій зацікавлених міністерств та відомств, обласних та місцевих державних адміністрацій проводиться підготовча робота щодо залучення кредитів, в тому числі пільгових, ( початково загальним обсягом біля 135 млн. доларів) від міжнародних фінансових організацій для реконструкції комунальних та промислових очисних споруд у найбільших містах-забруднювачах басейну - Кривому Розі, Запоріжжі, Києві.

Так, на виконання доручень Президента України та доручення Прем’єр - Міністра України  Національне агентство України з реконструкції та європейської інтеграції разом з Мінекономіки, Мінфіном та Мінекобезпеки в 1997 році провели роботу щодо визначення пріоритетних для України