У 1639р. на місці старої, дерев'ної церкви гетьман Іван Мазепа звів нову кам'яну в козацькому бароковому стилі. Вона стала окрасою всього Києва, провідним архітектурним центром Подола. На жаль, 1934 р. Богоявленьский храм був зруйнований радянською владою, яка завзято боролася з традиційною духовнісю українського народу.

Петро Могила забзпечував викладачів та неймущих студентів засобами для життя і навчання, збудував першу бурсу, нове кам'яне приміщеня під школу, яка є й сьогодні на території Києво-Могилянської академії (відома під назвою Трапезна або Святодухівська церка). Помираючи, Могила заповідає Колегії великі кошти й найбільшу свою цінність- бібліотеку (2131 книгу), а також- будинки й дворові місця на подолі, половину худоби й інвентаря з свого хутора Непологи, хутір Позняківщину, села Гнідин, Проців і Рівне, більше 80000 золотих, срібний родинний посуд, свій митрополичий одяг, митру і хрест, прикрашений сімейним дорогоцінним камінням і навіть тканини- адамаск і камку- на одяг студентам тощо. І на останок Могила "слізно" просив берегти Колегію, "єдине його надбання". На честь Петра могили Колегія стала іменуватися Києво-Могилянською академією. Єдине чого не встиг Могила- це добитися для Колегії офиційного статусу вищої школи. Але учні його продовчили розпочати ним справу. 1658 року гетьман Іван Виговський, вихованець Колегії, підписав з Польщею Гадяцький трактат, за я ким Україна, як Князівсво Руське, ставала разом з Литвою й Польщею членом федеративної Речі посполитої. Їй надавались широкі права, в їх числі- свобода віросповідання й статус вищої школи для Колегії- тобто статус Академії. Договір був ратифікований Польським Сеймом в квітні 1659р. Таким чином, Києво-Могилянська академія була першим в Східній Європі православним вищим навчальним закладом, офіційно удостоєним цього звання.

Але треба зазначити, що й беститульну Колегію сучасники ще з 30-их років 17ст. визнавали Академією. Ось лише кілька прикладів. . . Перебуваючи на початку 30-их років 17 ст. у Києві, французький інженер і картограф Гійом Левасар Де Боплан записав, а потім помістив у своїй книзі "Київ" слова: "У києві, на Подолі, при Братській церкві міститься Університет, або Академія". І ще одне свідчення західноєвропейського історики Жан Бенуа Шерера, який досліджував історію запорізького козацтва. Розповідаючи про захоронення Сагайдачного на території Академії, він пише:"Під академією тут слід розуміти те, що ми звичайно називаємо університетом. Киівський університет аж до часів Петра I був лише один в Малоросії так і у Великоросії. Його заснування сягає давно минулого часу".

Одним з привілеїв вищих навчальних закладів Європи в ті часи було право відкривати підлеглі їм шклои. Саме так діє Петро Могила: він відкриавє свої "училищні колонії": колегії в Кремінці(1638р. ) й Гощі(1639р. ), а також в Яссах (1636р. ).

В нових політичних умовах, коли Україна вступила в союзні відносини с Росією, Академія при підтримці гетьмана Івана Мазепи й митрополита Варлаама Ясинського посилає до Москви своїх послів на чолі з ретором Йосафом Кроковським з метою отримати підтвердження свого матеріального та правового статусу. Поверається ректор з царською грамотою, якою підтверджуетья попередня грамота від 1694 р. , тобто- всі володіння Академії. А також її статус вищого навчального закладу:"Академии их Киево Могилянской, что от прежнего своего основания имеет равные привелегии, как обыкновенно иные Академии во всех государствах иноземческих, право свободы иметь подтверждаеться".

Києво-Могилянська академія довгий час була єдиним вищим загальноосвітнім всестановим навчальним закладом України, Східної Європи, всього православного світу. Заснованна на на принципах гуманізму і просвітництва Академія поширювала освіту, знання. Її вихованці відкривали школи, фундували бібліотеки, сприяли розвитку культури, мистецтва, літератури, музики, театру. Академічні наставники і професори свято вірили в те, що освічений розум справляє благотворний вплив на характер і вчинки людини, долю суспільства.

Повний курс навчаня в Києво-Могилянській академії тривав 12 років. Але зважаючи на те, що вона була вищою школою, студенти мали право вчитися в ній стільки, скільки бажали без вікового обмеження. Студентів і початкових, і середніх, і старших класів (курсів) ніколи не карали і не і відчисляли за те, що вони не вивчили уроків, не підготувались до диспуту чи взагалі не можуть опанувати належний матеріал, бо причиною цьому могли бути і хвороба, і голод, і холод, нестача одягу, підручників і т. ін. Більше того, всім надавалась можливість при бажанні залишатися на другий чи навіть на третій рік в тому ж класі "підтверджувати навчання".

Всього в академії було 8 так званих ординарних класів, але кількість предметів сягала до 30 і більше. В перших чотирьох класах Академії - фарі, інфимі, граматиці й синтаксимі, що були по суті підготовчими, вивчались мови: церковно-слов'янська, грецька. , руська (українська), латинь і польська, а також арифметика, геометрія, нотний спів і катехизис. Зання класичних мов - грецької та латинської - було не лише ознакою освіченої людини того часу, але й відкривало їй шлях до пізнання античної культурної спадщини й сучасної європейської літератури й науки. Латинь була мовою науковців, письменників, поетів, судовоі справи, міжнародного спілкування. Викладання в університетах Європи велось латинською мовою. Всі вищі науки, починаючи з поетики, в