Ефект гетерозису може бути закріплений при вегетативному розмноженні рослин (картопля, плодові дерева) або шляхом под-воєння числа хромосом, тобто поліплоїдізації.

Існує кілька гіпотез для пояснення причин гетерозису. Згідно з однією, у гібридів збільшується число домінантних генів, які впливають на розвиток сприятливої ознаки. Наприклад, якщо на інтенсивність росту позитивно впливають домінантні гени А і В, то в результаті схрещування представників двох рас з генотипами AAbb і ааВВ гібрид АаВЬ виявиться вищим від батьківських форм. По другій гіпотезі, в ряді алелей гетерозиготи можуть мати більш виражені ознаки, ніж домінантні гомозиготи. Можливо, після більш детального дослідження явища гетерозису обидві гіпотези виявляться взаємодоповнюючим