Міністерства і відомства, яким підпорядковані заклади освіти, разом з МОН України беруть участь у здійсненні державної політики в галузі освіти, науки, професійної підготовки кадрів, у проведенні державного інспектування та акредитації закладів освіти, здійснюють контрольні функції по дотриманню вимог щодо якості освіти, забезпечують зв'язок із закладами освіти та державними органами інших країн з питань, що належать до їх компетенції, організовують впровадження у практику досягнень науки і передового досвіду.

Акти міністерств і відомств, яким підпорядковані заклади освіти, прийняті у межах їх компетенції, є обов'язковими для місцевих органів державної виконавчої влади та органів місцевого самоврядування, підпорядкованих їм органів управління освітою, закладів освіти відповідного профілю незалежно від форм власності.

Міністерство освіти Автономної Республіки Крим здійснює повноваження керівництва освітою, крім повноважень, віднесених до компетенції МОН України, міністерств і відомств, яким підпорядковані заклади освіти.

Інші повноваження МОН України, міністерств і відомств України, яким підпорядковані заклади освіти, визначаються положеннями про них.

Так, згідно зі ст. 4 Положення про Міністерство освіти і науки України, МОН України відповідно до покладених на нього завдань, зокрема, бере участь у розробленні проектів Державної програми економічного і соціального розвитку України, Державного бюджету України, Програми діяльності Кабінету Міністрів України; розробляє державні стандарти освіти, здійснює контроль за їх додержанням; визначає мінімальні нормативи матеріально-технічного, фінансового забезпечення навчальних закладів; бере участь у розробленні норм і нормативів утримання дітей-сиріт і дітей, позбавлених батьківського піклування; подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо впорядкування мережі державних вищих навчальних закладів, визначає мережу професійно-технічних навчальних закладів і бере участь у впорядкуванні мережі навчальних закладів для дітей-сиріт та дітей, позбавлених батьківського піклування, вносить відповідні пропозиції щодо вдосконалення мережі дошкільних, загальноосвітніх і позашкільних навчальних закладів; приймає рішення щодо запровадження експериментальних робочих навчальних планів, нових освітніх програм, педагогічних новацій і технологій Положення про Міністерство освіти і науки України, затверджене указом Президента України від 7 червня 2000 р. № 773/2000..

МОН України має право представляти Кабінет Міністрів України за його дорученням у міжнародних організаціях та під час укладення міжнародних договорів України; одержувати в установленому законодавством порядку від центральних та місцевих органів виконавчої влади, органів Автономної Республіки Крим, органів місцевого самоврядування, а також від підприємств, установ та організацій інформацію і матеріали, необхідні для виконання покладених на Міністерство завдань; залучати спеціалістів центральних та місцевих органів виконавчої влади підприємств (за погодженням з їх керівниками) до розгляду питань, що належать до його компетенції; проводити в установленому порядку з'їзди, конференції, семінари, наради тощо з питань, що належать до його компетенції; утворювати координаційні комісії, експертні та робочі групи для науково-організаційного супроводження виконання державних програм і проектів, залучати на основі контрактів (договорів) вітчизняних і зарубіжних вчених та спеціалістів до роботи в цих комісіях (групах), а також для надання консультацій, проведення аналізу стану та складання прогнозів розвитку освітнього і науково-технічного потенціалу.

МОН України в процесі виконання покладених на нього завдань взаємодіє з Радою з питань науки та науково-технічної політики при Президентові України, Міжгалузевою радою з професійно-технічної освіти, Комісією Кабінету Міністрів України з питань науково-технічного розвитку, Міжвідомчим комітетом з проблем захисту прав на об'єкти інтелектуальної власності, органами виконавчої влади, академіями наук, Радою міністрів Автономної Республіки Крим та органами місцевого самоврядування, а також з відповідними органами інших держав.

МОН України в межах своїх повноважень на основі та на виконання актів законодавства видає накази, організовує і контролює їх виконання. МОН України в разі потреби видає разом з іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування спільні акти. Нормативно-правові акти МОН України підлягають реєстрації в установленому законодавством порядку. Рішення МОН України, прийняті в межах його повноважень, є обов'язковими для виконання центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, підприємствами, установами та організаціями всіх форм власності і громадянами.

МОН України очолює міністр, якого призначає на посаду та звільняє з посади Президент України в установленому законодавством порядку.

Для погодженого вирішення питань, що належать до компетенції МОН України, та обговорення найважливіших напрямів його діяльності у Міністерстві утворюється колегія у складі міністра (голова колегії), Державного секретаря та його заступників за посадою, а також керівників структурних підрозділів МОН України.

До складу колегії можуть входити керівники інших центральних та місцевих органів виконавчої влади, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери управління МОН України, а також вчені та висококваліфіковані спеціалісти. Члени колегії затверджуються та звільняються від обов'язків Кабінетом Міністрів України за поданням міністра. Рішення колегії проводяться в життя наказами МОН України

У складі МОН України Кабінетом Міністрів України можуть бути утворені урядові органи державного управління (департаменти, служби, інспекції).

Для присвоєння вчених звань доцента і професора в МОН України утворюється Атестаційна колегія, яку очолює міністр. Положення про Атестаційну колегію та її персональний склад затверджується наказом МОН України.

Для розгляду наукових рекомендацій та пропозицій щодо визначення і головних напрямів розвитку у сфері освіти, наукової, науково-технічної, інноваційної діяльності та інтелектуальної власності, а також з інших питань у МОН України можуть утворюватися дорадчі та консультативні органи.

Місцеві органи державної виконавчої влади та органи місцевого самоврядування здійснюють державну політику в галузі освіти і в межах їх компетенції:

встановлюють, не нижче визначених МОН України мінімальних нормативів, обсяги бюджетного фінансування закладів освіти, установ,