Деякі типи організаційних структур і відносин як би сприяють конфлікту, що виникає з взаємозалежності задач. Причиною конфлікту між лінійним і штабним персоналом буде взаємозалежність виробничих відносин. З одного боку, лінійний персонал залежить від штабного, тому що потребує допомоги фахівців. З іншого боку, штабний персонал залежить від лінійного, тому що має потребу в його підтримці в той момент, коли з'ясовує неполадки у виробничому чи процесі коли виступає в ролі консультанта. Більш того, штабний персонал при упровадженні своїх рекомендацій звичайно залежить від лінійного.
Визначені типи організаційних структур також збільшують можливість конфлікту. така можливість зростає при матричній структурі організації, де навмисне порушується принцип єдиноначальності. Можливість конфлікту також велика у функціональних структурах, оскільки кожна велика функція приділяє увагу в основному своєї власній області спеціалізації. В організаціях, де основою організаційної схеми є відділи (по яких би ознаках вони ні створювалися: продуктовому, споживчому чи територіальний), керівники взаємозалежних підрозділів підкоряються одному загальному начальству більш високого рівня, тим самим зменшуючи можливість конфлікту, що виникає по чисто структурних причинах.
Розходження в цінностях - дуже розповсюджена причина конфлікту. Наприклад, підлеглий може вважати, що завжди має право на вираження своєї думки, у той час як керівник може думати, що підлеглий має право виражати свою думку тільки тоді, коли його запитують і беззаперечно робити те, що йому говорять. Високоосвічений персонал відділу досліджень і розробок цінує волю і незалежність. Якщо ж їхній начальник вважає за необхідне пильно стежити за роботою своїх підлеглих, розходження в цінностях, імовірно, викликають конфлікт. Конфлікти часто виникають в університетах між факультетами, орієнтованими на утворення (бізнес і техніка). Конфлікти також часто зароджуються в організаціях охорони здоров'я між адміністративним персоналом, що прагне до ефективності і рентабельності, і медичним персоналом, для якого більшою цінністю є якість допомоги, що робиться хворим.