На інституційному рівні задіяні заклади вищої освіти, їхні факультеті та відділення, студенти, викладацький склад та багато інших діячів. Пріоритети різняться в залежності від країни на закладу. Проте важливо відзначити, що без впровадження на інституційному рівні, мало чого можна досягти у БП.

БП офіційно розпочався у 1999 році з підписання . 21 країна підписала декларацію 19 липня 1999 року у Болоні (звідси і назва всього Процесу). Декларація встановлює такі цілі:

- встановлення системи зрозумілих та подібних наукових ступенів;

- встановлення системи, заснованої на двох основних циклах: студентському та післядипломному;

- введення системи кредитів ;

- сприяння мобільності шляхом подолання перешкод для забезпечення руху студентів, вчителів, дослідників, адміністративного складу;

- сприяння європейській співпраці у забезпеченні якості;

- сприяння необхідним європейським вимірам у вищій освіті.

Ці цілі є сутністю БП і значно розвинулися з того часу. Проте підписанню Болонської декларації передував інший документ, прийнятий такими країнами: Францією, Німеччиною, Італією, Великою Британією - . Ця декларація забезпечила необхідний поштовх до створення Болонської декларації і визначила вже у 1998 році основні цілі Зони європейської вищої освіти.

Після підписання Болонської Декларації була організована контролююча структура. Було сформовано Групу по перевірці виконання БП (Bologna follow-up group (BFUG)), що вже згадувалася нами. Було вирішено, що зустрічі міністрів повинні відбуватися кожні 2 роки, і перша відбула ся у Празі у 2001 році.

Тим часом був обраний головний доповідач Bologna follow-up group. Ним був пан Педро Лоурті (Pedro Lourtie), який пізніше став представником міністра освіти в Португалії. Його завданням було проведення моніторингу впровадження цілей Болонської декларації і звітування з цього питання міністрам освіти у Празі ().

У подальшому різні країни організували так звані "Болонські семінари", що стосувалися різних важливих тем. Європейська асоціація університетів (що була сформована у березні 2001 року з двох мереж Європейських університетів) створила так званий ІІ Звіт щодо тенденцій у вищій освіті (). Цей документ торкається питань втілення Болонської декларації на інституційному рівні. Також було прийнято . Національні спілки студентів Європи (ESIB - The National Unions of Students in Europe) прийняли - студентське послання для Саміту міністрів у Празі.

У травні 2001 року в Празі до БП приєдналися нові країни: Хорватія, Кіпр, Ліхтенштейн та Турція. Міністри прийняли так зване , яке встановлює основні напрямки роботи на наступні 2 роки, до наступної Конференції міністрів з питань БП у Берліні у 2003 році.

Важливо зазначити, що Празький саміт вніс декілька нових елементів у БП:

- студенти були визнані повними рівноправними партнерами у процесі прийняття рішень, а ESIB стала консультативним членом Bologna follow-up group (разом із Радою Європи, Європейськом асоціацією університетів та EURASHE);

- було наголошено на соціальному вимірі БП;

- була висвітлена ідея того, що вища освіта є суспільною продукцією і суспільною відповідальністю.

Між 2001 та 2003 роками була організована навіть більша кількість "Болонських семінарів". Пан Павел Згага (бувший Міністр освіти Словенії, один з тих, хто підписав Болонську декларацію) був обраний Головним Доповідачем (його доповідь на Берлінській конференції міністрів можна знайти ); Європейська асоціація університетів розробила ІІІ Звіт щодо тенденцій у вищій освіті (), а також розпочала у закладах вищої освіти та запустила Спільну кваліфікаційну програму (); Національні спілки студентів Європи (ESIB) завершили декілька студентських оглядів щодо впровадження Болонської декларації; Європейська комісія підтримала декілька Європейських проектів (, ), пов'язаних із забезпеченням якості тощо.

На Берлінській конференції міністрів, що відбулася у вересні 2003 року, 7 нових країн було прийнято до БП (Албанія, Андорра, Боснія та Герцеговина, Ватикан, Росія, Сербія та Монтенегро і "бувша Югославська республіка Македонія"). Таким чином, загальне число країн, залучених до БП, склало 40. Було також вирішено, що всі країни-учасниці можуть приймати участь у БП при заяві щодо вступу та задовільному плані по впровадженню Болонських цілей у своїй системі вищої освіти. Крім звітування про роботу у 2001-2003 рр. та визначення цілей подальшої роботи, також визначає:

- що дослідження є важливою частиною вищої освіти у Європі, а Зона європейської вищої освіти та Зона європейських досліджень є двома стовпами суспільства, заснованого на знанні. У подальшому необхідно звернути особливу увагу на навчання докторів наук, яке необхідно включити у БП;

- що до часу їх наступної зустрічі міністри досягнуть успіхів у таких основних областях: забезпечення якості, двоциклова система, офіційне визнання наукових ступенів та визначення періодів навчання;

- наступна Конференція міністрів відбудеться у Бергені у 2005 році.

Групі по перевірці виконання БП (Bologna follow-up group) було запропоновано звернути особливу увагу на 2 цілі:

- забезпечення якості - на це було видано мандат ENQA, EUA, ESIB, EURASHE;

- структура кваліфікаційних рівнів.

У травні 2005 року на Конференції міністрів у Бергені було запрошено ще 5 країн (Арменія, Азербайджан, Молдова та Україна) у якості нових країн-учасниць БП. Таким чином, загальна кількість учасників БП зросла до 45. Було також прийняте рішення розширити коло консультативних членів БП за рахунок Пан-європейської структури міжнародної освіти (Education International (EI)