Установивши в 1919 р. контроль над Україною, більшовики повернулися до антицерковної політики. Наприкінці січня 1919 Раднарком УСРР ухвалив «Закон про відокремлення церкви від держави і школи від церкви». Цей закон передавав у руки держави храми і все церковне майно, надавав органам влади право закривати небажані їм храми. Атеїстичне керівництво більшовицької партії повело наступ на релігію і церкву. Тисячі священиків і віруючих стали жертвами червоно терору. Частину монастирів було закрито, релігія оголошувалася «опіумом для народу», віруючі ставали неповноправними громадянами. Разом з тим, не маючи змоги покінчити з релігією і церквою водночас, держава дозволила діяльність багатьох релігійних громад. Серед низ були і автокефальні, які тоді ще були об’єднані в окрему церкву. Власті йшли на поступки значною мірою під тиском віруючих, а також із метою внести елементи конфронтації в церковне становище України і одержати додаткові важелі впливу на церкву[22,с69].

Таким чином, у 1917–1920 рр. відбулися глибокі зміни в становищі церкви в суспільстві. Після перемоги більшовиків вона перетворилася на об’єкт переслідувань і репресій. За цих обставин у православ’ї України посилювався розкол, формувалися передумови для створення Української автокефальної православної церкви (УАПЦ).

Атеїстичне керівництво більшовицької партії оголосило релігію історичним «пережитком», з яким слід боротися і який необхідно «подолати». На боротьбу з релігією і церквою були мобілізовані партія, комсомол, преса і навіть репресивні органи.

У цих складних умовах серед православних священиків і віруючих наростало прагнення до створення незалежної від Руської православної церкви (РПЦ) Української автокефальної церкви (УАПЦ). 11 жовтня 1921 р. з дозволу влади відбувся Всеукраїнський православний собор у Києві, який затвердив автокефалію та обрав Василя Липківського митрополитом УАПЦ.

Служба в автокефальних храмах велася українською мовою замість малозрозумілої церковнослов’янської, якою користувалися священиків РПЦ. Управління автокефальною церквою ґрунтувалося на демократичних засадах за участю віруючих. Між РПЦ і УАПЦ точилася гостра боротьба за вплив на віруючих. Близько 7 млн. парафіян пішли за автокефалістами, які об’єдналися в 2800 парафій. Але більшість віруючих в 20-ті роки все ще залишалися в лоні РПЦ [24,с. 128]

Дозвіл на існування УАПЦ був тимчасовою поступкою центральної більшовицької влади національно-релігійним почуттям українського народу. Існування української автокефалії влада дозволяла, поки тривав НЕП і діяв курс на українізацію. У 1928 році розгорнулося переслідування автокефалії з метою її повного знищення. Політичний курс правлячої більшовицької партії був спрямований на формування в суспільстві атеїстичного світогляду. За цих обставин традиційна для України громадська інституція – православна церква, єдина легальна організація, діяльність якої не вписувалося в рамки офіційної ідеології, відчувала на собі дедалі зростаючий тиск держави. 1 січня 1928 року був введений у дію Адміністративний кодекс УСРР, котрий поміж інших містив розділ «Правила про культи» [27,с. 73]

З його прийняттям декрет уряду УСРР про свободу совісті втратив чинність. Слід відзначити, що роком пізніше подібний закон було затверджено в РСФРР. Таким чином у справі відходу від демократичних норм державно-церковних відносин УСРР тримала сумнівну першість. На зламі 20–30-х рр., в умовах різкої зміни політичним атмосфери в країні ставлення до релігії і церкви стало зовсім нестерпним. Слова «піп», «куркуль», «петлюрівець» сприймалися як синоніми.

Особливо жорстоких гонінь зазнала українська автокефальна православна церква (УАПЦ). У 1929 р. органи ОДПЧ звинуватили її в антирадянській діяльності. Церква на початку 1930 р. на своєму надзвичайному з’їзді змушена була заявити про свою самоліквідацію. Розгорнулася кривава розправа над священиками, церковним керівництвом. Було заарештовано близько 2000 священиків і майже всіх ієрархів УАПЦ, в т.ч. митрополитів В. Липківського, М. Борецького, І. Павловського [28,с. 75]

В другій половині 30 рр. в Україні не залишилося жодної парафії з українською мовою богослужіння. Смертю мучеників загинули тисячі представників інших напрямів у християнстві та інших релігійних конфесій України.

Другу п’ятирічку Й. Сталін оголосив «безбожною п’ятирічкою», «п’ятирічкою знищення релігій». У 1934–1935 рр. розгорнулося здійснення плану масового нищення культових споруд. Жертвами цього варварства радянської влади стали численні пам’ятки церковної архітектури України. Серед них Михайлівський Золотоверхий собор, Микільський військовий собор, Трисвятительська церква, Богоявленський собор Братського монастиря і церква Успіння Богородиці (Пирогоща) у Києві, Свято-Миколаївський монастир у Харкові, Покровський собор у Запоріжжі, Успенський собор у Полтаві. Тисячі культових споруд стояли пустками чи були перетворені на склади, кінотеатри, божевільні і навіть в’язниці. У середині 30-х років в Україні залишилося лише 9% діючих церков (у порівнянні з 1913 р.). Віруючі України перестали бути рівноправними громадянами, перетворившись на людей нижчого ґатунку [45,с. 79].

Пануючий державний атеїзм посилював вплив на населення більшовицької партії, але разом з ним спричинив глибокі моральні деформації в суспільстві, зростання бездуховності. Проголошення УАПЦ, з одного боку, викликало сильну протидію традиціоналістського напрямку Руської православної церкви, але, з другого, отримало підтримку від обновленського крила, яке розглядало УАПЦ як споріднену течію. На помісному соборі Руської православної церкви 1923 р., підготовленому обновленнями в Москві, було визнано автокефалію православної церкви на Україні. [8,с. 227]

Після собору АУПЦ 1921 р. почали відкриватись автокефальні парафії на території сучасних Вінницької, Дніпропетровської, Київської, Кіровоградської, Полтавської, Сумської, Черкаської, Чернігівської, Харківської, Хмельницької областей. Нерідко автокефалісти змушені були користуватися храмами спільно з «старослов’янськими», тобто традиційними парафіями. Це часто призводило до різного роду суперечок і навіть сутичок між ними [53,с.64].

В цей період організовуються богословські курси, гуртки і братства, видається журнал