З весни 1943 р. ситуація на фронтах радянсько-німецької війни почала мінятися. Далеко не останню роль в його організації відіграла Автокефальна Церква, священики якої допомагали переховувати зброю, військову амуніцію[4]. У відповідь на це почалась хвиля арештів священнослужителів, яких гестапо підозрювало в тісній співпраці з українськими партизанами [4]. «Брутальне порушення прав Православної Церкви підтримування церковного розколу і недопущення до церковного поєднання, заборона всякого церковно-релігійного видавництва, палення св. Церков, брутальне обходження з священиками по селах, переслідування, арешти, тримання по тюрмах і розстріл духовенства – все це мала Православна Церква від окупації німцями України …» [50, с.120].

Влітку та восени 1943 р. життя Української Автокефальної Православної Церкви в умовах наростання партизанської війни проти німецьких окупантів [ 4 ]. Вона розгорілася з особливою силою на Волині та Поліссі. Понад 100 українських православних священиків стали жертвами німецького терору, чимало інших опинилися у в’язницях та концтаборах. Окупанти палили села, розстрілювали невинне населення. Траплялися жахливі випадки спалення людей у храмах. Те саме, більшою чи меншою мірою, діялося й на інших землях України [23, с.221].

З наближенням фронту єпископат УАПЦ вирушив на Захід. Ієрархи УАПЦ покидали Україну з тяжким серцем і неминучими докорами сумління. Але евакуюватися вони мусили неодмінно, бо німці не залишили їм вибору. Крім того, було зрозуміло, що з поверненням радянської влади на всіх єпископів відродженої Церкви чекали репресії, а це означало і смерть усієї Церкви. Усі єпископи УАПЦ виїхали на Захід, крім митрополита Харківського Феофіла Булдовського, який невдовзі помер. Митрополит Полікарп покинув Луцьк у січні 1944 р., а в липні того ж року виїхав із Холма митрополит Іларіон. Після того на українських землях не залишилось українських православних єпископів, а всі православні священики та вірні опинилися під владою Московської Патріархії [24, с.274].

Виїхали на Захід і єпископи Автономної Церкви, підлеглі Московській Патріархії, не будучи впевненими, що в ній вони знайдуть надійного охоронця.

В еміграції в Західній Європі, в американській, англійській і французькій окупаційних зонах ієрархія і духовенство Української Автокефальної Православної Церкви на чолі з митрополитом Полікарпом створили в таборах і поза ними понад 60 українських православних парафій.

Таким чином, в період Другої Світової Війни на західноукраїнських землях була здійснена спроба відродження УАПЦ, але внаслідок виїзду духовенства за кордон й повернення радянської влади вона була заборонена.

В атеїстичній державі автокефальна церква опинилася поза законом і припинила на деякий час свою діяльність.

§2. Заборона УПЦ радянською владою в повоєнний період. Виїзд вищої православної ієрархії за кордон.

З наближенням фронту єпископат УАПЦ вирушив на Захід. Ієрархи УАПЦ покидали Україну з тяжким серцем і неминучими докорами сумління. З ними за кордон емігрувала частина рядових священнослужителів. Частково вони влилися до складу прихожан діючих православних громад, створювали й нові общини. Евакуюватися мусили неодмінно, бо німці не залишили їм вибору. Крім того, було зрозуміло, що з поверненням радянської влади на всіх єпископів відродженої Церкви. Усі єпископи УАПЦ виїхали на Захід, крім митрополита Харківського Феофіла Булдовського, який невдовзі помер.

Митрополит Полікарп покинув Луцьк у січні 1944 р., спочатку виїхав до Польщі, а потім до Німеччини. В липні виїхав із Холма митрополит Іларіон [6, с. 689]

Після того на українських землях не залишилося українських православних єпископів, а всі православні священики та вірні опинилися під владою Московської патріархії.

Радянська влада на звільненій від німецьких окупантів території ліквідувала Українську Автокефальну Православну Церкву. Автокефалія на Україні, яку відновлено за часів німецької окупації, в повоєнний час припинила існування. Єпископат і значна кількість священнослужителів УАПЦ емігрували на Захід. Автокефальні парафії або перейшли під юрисдикцію московського патріархату, або розпались самі, або були закриті.

Нова хвиля еміграції після Другої світової війни поповнила українські церкви в Німеччині, США і Канаді.

Крім Європи, Українська Автокефальна Православна Церква мала своїх прихильників скрізь по світу, куди доля занесла православних українців. Найбільше вона має вірних після Європи у Сполучених Штатах Америки та в Канаді, де церковне життя УАПЦ набуло з часом організованого характеру.

У 1950 р. на зборах духовенства в Нью-Йорку було вирішено створити в США окрему українську автокефальну православну церкву. До 1971 р. її очолював митрополит Мстислав.

Центр УАПЦ у США розташовано в місті Саут Бавн Брук штату Нью Джерсі неподалік Нью-Йорка. Там діє церква-пам’ятник Андрія Первозванного, духовна семінарія, бібліотека, релігійно-історичний музей, друкарня. Видається журнал «Українське православне слово». У США 95 парафій Української Автокефальної Православної Церкви, у Західній Європі – 53, Австралії та Новій Зеландії 11 [25, с. 231]. У Канаді представники ряду парафій православних українців Канади у 1951р. на соборі оголосили створення Української Греко-Католицької Церкви в Канаді на чолі з митрополитом Іларіоном (Огієнком) [50, с.50]. Церкві підпорядковуються три єпархії: Вінніпег, Торонто й Східна Канада. З 1990 р. церкву, яка нараховує 92 парафії, очолює митрополит Василій Федак [25, с. 232].

Серед інших емігрантських церков діють самостійно «Українська автокефальна православна церква – соборноправна» близько 5 тис. віруючих у США, Південній Америці Вселенського патріархату (близько 13 тисяч віруючих) [59, с. 381].

Представники УАПЦ входять до складу керівництва громадсько-політичних організацій – Світового конгресу вільних українців, Ліги визволення України, Українського християнського руху.

Після визволення України від німецької окупації і повернення радянської влади Московська патріархія призначила екзархом України митрополита Іоана (Соколова), який виконував функції два десятиліття