Протягом 1989 р. ця ініціатива переросла в рух за національно-церковне відродження українського православ’я. Як результат, 19 серпня 1989 р. парафія святого апостола Петра і Павла у Львові першою покинула РПЦ та об’явила себе автокефальною. Далі розвиток УАПЦ пішов швидким темпом: парафії масово переходили до Української Церкви. Але й проблем було чимало, насамперед не було ієрархії, кадрів, ще не встигли організуватися церковні структури, не вистачало храмів, потрібно було виборювати свої права і в державних коридорах з існуючими церковно-релігійними структурами [10, с.8].

У жовтні 1989 р. відбулась важлива подія в процесі становлення незалежної Української Церкви: єпископ Іоан Боднарчук вийшов з РПЦ та очолив УАПЦ. У своєму зверненні владика закликав народ не йти ні під Московську Церкву, ні під Римську, теж нерідну нам Церкву, а відчути себе господарем у власному домі, будувати незалежну, тобто Автокефальну Українську Церкву. Реакція з боку РПЦ не заставила себе довго чекати, в листопаді 1989 р. відбулося традиційне позбавлення сану. Таку реакцію і варто було очікувати. Україна значно менша територією і населенням від Росії, проте станом на 1990 р. мала 6505 православних парафій, що майже вдвічі більше, ніж у всій Росії, де їх нараховувалося лише 2500 [53, с.122]. Загальновідомо, що українська паства щедріша за російську, темпи приросту релігійних громад в Україні набагато вищі. Втратити більше двох третин своєї пастви добровільно не захоче ніхто. Що ж до позбавлення сану владики Іоана російською Церквою, то на час позбавлення сану владика Іоан вже не був у лоні РПЦ [60, с.53].

До кінця 80–х рр. прихильники автокефалізму про себе відкрито не заявляли. Однак в період демократизації, гласності, розвитку плюралізму, спалаху децентралізаційних настроїв у середовищі насамперед віруючої інтелігенції почали виникати думки щодо необхідності самостійної української Церкви. У лютому 1989 р. у Києві було створено Комітет для відродження УАПЦ. Комітет зробив спробу зареєструвати першу громаду УАПЦ в Києві у церкві св. Миколи Набережного на Подолі, але коли це не вдалося, переніс центр діяльності у Львів до собору Петра і Павла. Там 19 серпня того ж року було проголошено існування першої общини відновлюваної УАПЦ [9, с.10].

У жовтні 1989 р. та в січні 1990 р. у Львові, Галичі та Тернополі відбулися наради православного духовенства – обласні собори, на яких прийнято рішення, щоб «українське національне православ’я було ні від кого не залежним, тобто автокефальним» [60, с.53].

Львівський Собор автокефальних священиків та їхніх прихильників 20 жовтня 1989 р. звернувся до колишнього Житомирського єпископа Руської Православної Церкви Іоанна Боднарчука «з проханням взяти під свою духовну опіку УАПЦ і очолити її [16, с.1,52]. Єпископ Іоан дав на це згоду [17, с.18,54]. Ще у вересні 1989 р. починає видаватися періодичний орган УАПЦ – журнал «Наша віра – Православ’я», який очолює письменник Є.Сверстюк [60, с.54].

Восени та взимку 1989–1990 рр. у Львівській, Івано-Франківській, Тернопільській областях та в Києві почали утворюватися світські структури, що підтримали відродження УАПЦ – братства св. апостола Андрія Первозванного, мали власні друковані органи. У 1990 р. починає виходити часопис УАПЦ «Церква й життя» [24, с.288].

У травні 1990 р. Рада в справах релігій при Раді Міністрів УРСР прийняла рішення про реєстрацію парафій УАПЦ, а 7 червня 1990 р. зареєстровано Устав церкви [61, с.16].

Отже,УАПЦ розпочала офіційне функціонування, станом на 1 січня 1991 р. вже мала по Україні 939 церковних громад [60, с.56]. Відновлення автокефалії українського православ’я викликало специфічну реакцію з боку РПЦ та УГКЦ. Російська Православна Церква кваліфікувала утворення УАПЦ як церковний розкол. Постановою Священного Синоду РПЦ від 14 листопада 1989 р. єпископа Іоанна позбавлено священного сану і чернецтва. Однак це не зупинило автокефалістів, що розгорнули підготовку до Собору.

Усупереч опору офіційних радянських властей і керівництва РПЦ, з весни 1990 р. почалась ієрархічна розбудова Української Православної Церкви. 30–31 березня 1990 р. відбулася хіротонія єпископа Тернопільського та Бучацького Василія, 6–7 квітня 1990 р. - єпископа Івано–Франківського і Коломийського Андрія, що дало поштовх у подальшому часі до нових хіротоній.

5–6 червня 1990 р. в Києві відбувся Перший Всеукраїнський Собор УАПЦ, в якому взяли участь понад 700 делегатів, у тому числі 7 архієреїв, понад 200 священиків. На Соборі затверджено факт відновлення УАПЦ, що отримала рівень патріархату [24, с.285]. Першим патріархом УАПЦ обрано митрополита Мстислава (Скрипника). На час відсутності святішого патріарха Собор уповноважив митрополита Іоанна Боднарчука керувати всіма справами церковного життя Української Патріархії, надавши йому титул «Намісник святого Київського Патріаршого Престола». На Соборі прийнято також численні постанови, які нормували життя Церкви. Запрошений на Собор митрополит Мстислав (Скрипник) не прибув, бо не одержав в’їзної візи [58, с.25].

Влада вперто відмовлялася визнати і зареєструвати УАПЦ. Однак постійний тиск з боку віруючих зламав опір тоді ще радянських урядовців. 2 жовтня 1990 р. Рада у справах релігій при Раді Міністрів УРСР легалізувала УАПЦ, а 19 жовтня прибув митрополит Мстислав. Інтронізація Патріарха Київського і всієї України Мстислава відбулася 18 листопада 1990 р. в соборі св. Софії в Києві [10, с.36].

Складним видався час правління патріарха Мстислава. Церква постійно відчувала тиск як з боку УПЦ МП, так і УГКЦ. Були численні випадки, коли влада на місцях відмовляла автокефальним громадам в реєстрації та наданні храмів. На заході України радянська влада підтримувала Римську Церкву,