Директорія намагалася відразу добитися визнання Вселенським патріархом автокефалії Православної Церкви на Україні. Тому в липні 1919 р. в Константинополі почалися переговори О.Лотоцького (на той час посла УНР в Туреччині) з місцеблюстителем Вселенського патріарха митрополитом Дорофеєм. Переговори продовжувалися понад півроку, але безрезультатно. 9 березня 1920 р. митрополит Дорофей повідомив О.Лотоцького, що через вакантність патріаршого престолу (патріарх Герман V помер у 1918 р., а обрання нового патріарха турецький уряд не дозволяв проводити) визнання автокефалії Української Православної Церкви відкладається на пізніший час. Як бачимо, декрет Директорії щодо автокефалії Православної Церкви на Україні залишився безрезультатним [55, с.140,26].

За роки громадянської війни влада в Києві переходила з рук в руки понад десять разів. Ситуація для церковної діяльності найчастіше змінювалася в 1919 р. На початку лютого 1919 р. Директорія, що стояла за підпорядкування Церкви державі, втекла з Києва. Радянська влада почала здійснювати закони про відокремлення Церкви від держави. Віруючі одержали можливість створювати громади без санкції церковної ієрархії, зареєструвавши лише свій статут в органах місцевої влади. Це виявилося сприятливим для автокефалістів, які ще не мали власної ієрархії, а ієрархія Російської патріаршої Церкви до них ставилася негативно [53, с. 53].

У березні 1919 р. члени колишньої ВПЦР, яка саморозпустилась роком пізніше у зв’язку з початком Всеукраїнського Собору, організували перший український релігійний гурток з метою перетворення його в церковну громаду. Гурток зареєстрував свій статут і одержав у користування Миколаївський собор на Печерську в Києві. Це означало юридичне оформлення першої общини Української Автокефальної Православної Церкви. Діяльність гуртка розширювалася. У квітні 1919 р. він оголошує себе новою ВПЦР – керівним органом автокефальної Церкви. Головою ради обрано земського діяча Київщини Михайла Мороза, а його заступником протоієрея Василя Липківського, який пізніше став головою і митрополитом УАПЦ [39, с.105].

Серед перших автокефальних парафій, зареєстрованих у Києві, були Печерська при соборі Св. Миколая, Подільська при соборі Андрія Первозванного, Старо-Київська при соборі Св.Софії і Либідська при церкві Св. Іллі. 22 травня 1919 р. відправлено перше богослужіння українською мовою в соборі Св. Миколая. Денікінська окупація Києва наприкінці серпня 1919 р. перервала діяльність ВПЦР. Священикам- автокефалістам було заборонено відправляти служби [4]. Після повернення радянської влади до Києва в середині грудня 1919 р. ВПЦР відновила свою діяльність. Відкриваються нові парафії, чому сприяли місцеві органи влади. Деякі з них навіть порушували закон про відокремлення Церкви від держави. Сприяли прискореній реєстрації релігійних громад.

Уряд Директорії, до якого увійшли такі борці за автокефалію, як Володимир Чехівський та Олександр Лотоцький, поставив незалежність Української Православної Церкви на чільне місце у своїй програмі. 1 січня 1919 р., всього через два тижні після приходу до влади, він ухвалив «Закон про автокефалію Української Православної Церкви та її вищий уряд». Найважливішою в ньому була стаття шоста: «Українська Автокефальна Православна Церква з її синодом і духовною ієрархією ні в якій залежності від Всеросійського патріарха не знаходиться» [1]. Малася на увазі повна незалежність Української Православної Церкви. Автори акту 1 січня 1919 р. усвідомлювали, що хоч уряд держави прагне встановити незалежність Церкви на своїй території, Церква стане членом сім’ї Вселенського Православ’я лише тоді, коли її визнають Церкви – сестри. Наприкінці січня 1919 р. уряд УНР доручив новопризначеному послові до Туреччини Олександрові Лотоцькому просити Царгородську Патріархію визнати автокефалію Української Православної Церкви. На жаль, очолена О.Лотоцьким дипломатична місія прибула до Царгорода саме тоді, коли Патріарх Герман помер, а обрати його наступника не дозволяла турецька влада. Беручи до уваги цей факт, місцеблюститель патріаршого престолу митрополит Дорофей заявив, що за таких обставин неможливо виконати прохання посла України, але висловив прихильність до українського народу та надію, що він стоятиме далі міцно в батьківській православній вірі, чекаючи з цілковитою певністю здійснення свого бажання згідно зі священними канонами та правилами [8, с.60]. Закон про відокремлення Церкви від держави, який був прийнятий більшовиками, якоюсь мірою допоміг становленню УАПЦ в радянській Україні. Згідно з цим законом все церковне майно переходило у власність держави, що в свою чергу, могла надати його, в тому числі і храми, у користування зареєстрованим владою церковним громадам. У березні 1919 р. була заснована перша українська церковна громада, яка в квітні того ж року утворила з себе Всеукраїнську Православну Церковну Раду нового складу. Очолив її Михайло Мороз, заступником обрано прот. Василя Липківського. Українська Православна Церква зареєструвала в держави свій статус та отримала в користування величавий Св.Миколаївський собор на Печерську [39, с.23]. В надзвичайно тяжких умовах приходилося працювати членам ВПЦР. В умовах багатонаціональної евакуації більшовиків і денікінців вона гуртувала церковно-громадські сили і ставила питання про автокефалію Церкви як питання державного порядку. Хоч уряд Директорії 1 січня 1919 року і видав закон, який проголошував Українську Православну Церкву автокефальною, тобто незалежною від Москви, на жаль, тоді не вдалося провести цей закон у життя. Проте ВПЦР виконала свою історичну місію, викликавши інтерес симпатії до української Церкви серед великої кількості людей. На думку о.Василя Потієнка, безпосередньо учасника тих подій, той «час був доброю школою для українців. У багатьох прокинулася національна свідомість, багато хто відчув у собі приспані національні сили, у багатьох закипіла, зашумувала кров славних дідів і прадідів, борців за волю України, за православну віру і Церкву Українську» [48, с.24].