Союз будується за усталеною кальвіністською структурою, що у ХХ ст. набула розвинутої форми і за розгалуженістю та багатоступеневістю (ієрархічністю), по суті, вернулася до середньовічної церкви, хоча головні початкові елементи кальвіністського інституту — виборність священиків, помісність громад, республіканська форма правління — залишилися незмінними. Основні засади церковного устрою кальвіністів були викладені у статуті, підготовленому на початку ХХ ст. пресвітеріанською (кальвіністською) церквою у діаспорі для розповсюдження в Україні. Церква “управляється демократично, себто волею віруючого народу”, в ній немає “князів, дармоїдів монахинь та монахів”; “вона керується гаслом: “Яка віра, такий нарід”22. Членом церкви стає віруючий, який прийняв водне хрещення і Господню Вечерю. Найнижча одиниця в кальвіністській церковній структурі — громада, члени якої “збираються на служіння Богу, одержують і управляють церковним майном, вибирають собі урядників, принимають собі священика і рішають, скільки йому можуть платити”. Урядниками громади, тобто церковною старшиною, є куратори, диякони, пресвітери, священики. Куратори опікуються культовою спорудою, церковним майном. Диякони відповідають за релігійне навчання дітей та виховну роботу в громаді. Пресвітери керують усією громадою, її релігійною та позарелігійною діяльністю. Священик (пастор) — служитель у церкві, котрий виголошує проповіді, здійснює обряди. “Раз ординований муж є старшим на ціле життя, хібаби церковний суд його усунув... У всіх судівництвах церкви священик і старший суть рівні по власти, і кождий член парохії має рівне право як і кождий інший бути вибраним на старшого”23.

Урядники й окремі представники з мирян (найшанованіші віруючі) становлять церковну раду, яка виступає вищою владою у громаді. Вона керує церковним будинком, наглядає за молитовними зборами, роботою недільної школи, хором, гуртками, контролює місіонерство та видавничу справу, скликає збори з різних організаційних питань (членські збори) і “взагалі репрезентує парохію, яко місцевий уряд, суд і екзекутива”24. До функції церковної ради належить обрання представників у пресвітерію, до якої входять пресвітери одного міста або округу і по одному старшому з кожної громади. Пресвітерії об’єднуються у суперінтендантуру. Однак найвищий орган для всіх церков у кальвінізмі — загальний собор (синод). Його скликають щороку, і складається він з послів — представників пресвітерій, вибраних з числа керівників і старших. “Отже, Пресвитерська церква є республіканською формою правління через репрезентантів”25. Собор розглядає (приймає або відхиляє) рішення окремих пресвітерій, будучи також найвищим судовим органом, куди може подавати апеляцію будь-який віруючий, незгідний з рішенням своєї церковної влади. При соборі утворюються відділи на чолі з комітетами, що відповідають за ту чи іншу ділянку релігійного й позарелігійного життя.

Союз українських євангельсько-реформованих громад мав суперінтендантуру, очолювану єпископом В.Кузівим. Вона поділялася на три пресвітерії: Галицьку (з центром у Львові), Покутську (в Коломиї), Волинську (у Рівному). Союз у 1936 р. налічував 37 зареєстрованих у місцевих органах влади громад, а також 31 так звану місійну станцію. Останньою вважали ще не зареєстровану громаду, яка проводила євангелізаційну роботу у своєму населеному пункті серед віруючих інших конфесій. У цих 68 осередках у 1936 р. було 2760 дорослих віруючих. Незважаючи на існування у Західній Україні значної кількості пізньопротестантських громад, кальвіністи мали тоді найбільші громади. У середині 30-х років у Польщі налічувалось 835,2 тис. протестантів (що становило 2,6% всього населення), з них 6,7 тис. — українців26, третина з яких входила до Союзу українських євангельсько-реформованих громад. Окрім цього, існувала ще група українців-реформатів (320 осіб, пастор В.Федів), яка діяла автономно.

У структурі СУЄР було створено низку відділів. Наприклад, благодійний, що мав кілька стаціонарних осередків, — Український євангельський сиротинець, Освітній фонд для бідних вчителів (діяли у Коломиї). Крім цього, відділ проводив різні разові філантропічні акції: збирав кошти для допомоги потерпілим від стихійного лиха, калікам, інвалідам Першої світової війни й визвольних змагань та ін. Значну роботу проводив молодіжний відділ, якому на початку 30-х років вдалося створити юнацьку організацію — Гурток української євангельської молоді. Крім власне релігійної (адже осередок, по суті, був міні-моделлю Союзу, суб’єктом і об’єктом роботи в якому була молодь) гурток здійснював громадсько-культурну практику. В його плани на 1932 р., наприклад, входило “несення освіти неграмотним і малограмотним. Всі неграмотні члени учаться читати і писати, малограмотні продовжують свою освіту... Закладають бібліотечки, випускають газети.., прагнуть не лише загальної освіти, а спеціальної, де дістануться науки ремесла.., ширять також освіту в народі.., ширять Біблію, релігійні часописи, а також інші научні, господарські, кооперативні, книжечки чи газети.., співпрацюють з товариствами “Просвіта”, “Рідна школа”, “Сільський господар”, “Відродження”, з кооперативами”27.

У структурі Союзу існував також місійний відділ, який керував справами євангелізації та пропаґанди. При ньому у 1927 р. відкрилася Євангельська місійна рада (з центром у Львові), що займалася екуменізмом. Загалом, важливою характеристикою українського реформатського руху була саме робота в напрямі об’єднання в єдину національну церкву всіх існуючих у реґіоні українських протестантських громад. Тому не дивно, що членами місійної ради, крім кальвіністів (церковних працівників — З.Бичинського, П.Яремка, І.Винничука та активістів з мирян — адвоката Р.Морозовича, професора А.Гусаківського), були лютерани (пастори Т.Ярчук, В.Демчишин, І.Піщук, Я.Кравчук), а також євангельські християни-баптисти (пастори С.Білинський, О.Олишко, Г.Урбан). Про плани входження до ради неодноразово заявляв у листах до П.Крата і п’ятидесятницький діяч з Волині Д.Гарасевич28. Реформатський часопис “Віра і Наука” давав змогу на своїх сторінках друкуватися представникам інших протестантських течій, які вміщували власну