Проводити релігійну діяльність місцевим баптистам було надзвичайно складно, оскільки уряд продовжував вважати їх штундистами, тобто, за царським указом 1894 року, адептами офіційно забороненої, “небезпечної антидержавної секти”. Натомість протестанти-іноземці мали право на проповідь і друк літератури. У 1872-1873 роках І. Рябошапка, М. Ратушний, Г. Вілер приїжджали у Петербург із клопотанням про отримання цих прав і для своїх громад. Акція бажаного успіху не принесла. У 80-х роках лідери баптизму зверталися з багатьма подібними письмовими та усними проханнями у численні державні та громадські інстанції. Результат був аналогічним. Перші позитивні зміни у правовому статусі баптистів позначилися після рішення Державної ради про духовні справи баптистів 1879 року, за яким визнавали законними шлюб, народження, смерть, похорон, здійснювані за їхнім обрядом. Однак, вже у 1882 р. Міністерство внутрішніх справ внесло поправку, де зазначалось, що це рішення не стосується українців і росіян, котрі “не можуть бути баптистами” [7]. Особливих репресій зазнали вони після доповідної записки “Про розповсюдження штунди серед населення Київської губернії”, з якою звернувся до царя обер-прокурор Священного Синоду К.Побєдоносцев. У ній підкреслювалося: “Штунда, поширена на півдні Росії, отримала останнім часом цілком нове значення… і так шкідливо впливає на місцеве населення південно-західного краю, що всяке зволікання у прийнятті проти її послідовників дієвих і невідкладних заходів може похитнути не лише погляди простого народу, а й посіяти серед населення недовіру і невдоволеність урядом” [8].

Датою офіційного визнання баптизму вважається рішення Сенату 1896 року, що роз’яснювало: державна заборона стосується тільки… “штундистської єресі, … а баптизм не може бути ототожнюваний із штундизмом” [9]. Однак справжнє піднесення баптизму в Україні починається після указу Миколи II 17 квітня 1905 р. “Про зміцнення начал віротерпимості” та маніфесту “Про дарування населенню непорушних основ громадянської свободи на началах дійсної недоторканості особи, свободи совісті, слова, зборів і союзів” від 17 жовтня 1905 р. Ці документи узаконили леґалізацію та активізували діяльність протестантських церков. Початок ХХ ст. став періодом найбурхливішого зростання чисельності прихильників баптизму: з 1905 до 1911 рр. — від 25 до 50 тис. віруючих; хоча потрібно взяти до уваги, що різка кількісна динаміка завдячувала певною мірою й оприлюденням багатьох цифр і фактів, які тривалий час змушені були приховувати лідери конфесії.

Утвердження юридичного статусу баптизму вимагало, передовсім, реєстрації релігійних громад у місцевих органах влади. Обов’язковою умовою реєстрації вважалися обрання пресвітера і затвердження його кандидатури губернською владою. Віруючі, які бажали об’єднатися в громаду, повинні були подати губернському або повітовому управлінням заяву, підписану не менш, ніж п’ятдесятьма особами-засновниками. Вартість нерухомого майна майбутньої громади не могла перевищувати 5 тис. крб. Пресвітерів зобов’язували вести книги записів актів громадянського стану.

Першою зареєстрованою баптистською громадою у Росії у 1907 р. стала Київська, в актив якої входили лідери нової хвилі, вже не зв’язані зі штундизмом й орієнтовані на європейські релігійні центри, — М. Яценко, Д. Тимошенко, І. Кириченко, І. Кмета-Єфимович та ін. Цього ж року відкрилася громада у с. Жашкові на Черкащині, наступного — у Харкові. Однак на місцях на царський маніфест здебільшого не зважали, громадам чинили значні перешкоди у реєстрації. Так, 1908 року у реєстрації відмовлено Єлизаветградській громаді; у с. Тимошівці Мелітопольського повіту 3 січня 1908 р. за проведення молитовних зборів побили віруючих П. Маслова, І. Клименка, Ф. Остроглядова; у селах Зиновці Подільської губернії, Водяному та Ломоватому Чигиринського повіту на Київщині баптистам заборонили споруджувати молитовні будинки, реєструвати шлюб, народження тощо [10]. Внаслідок переслідувань у 1909-1910 роках розпочалась українсько-російська баптистська еміґрація — переважно у Північну та Південну Америку.

Зростання баптистського руху, неухильне збільшення його прихильників зумовило поступову інституціоналізацію конфесії, оформлення її розгалуженої церковної структури. Чисельні баптистські громади (від 100-200 і більше членів) утворюються у 1910-1917 роках у Києві, Святошині, Боярці, Катеринославі, Єлизаветграді, Полтаві, Харкові, Одесі, Феодосії. Україна стає місцем численних з’їздів Союзу руських баптистів, створеному на основі Союзу баптистів Південної Росії.

Під час Першої світової війни громади надавали моральну і матеріальну допомогу російській армії. Разом з євангельськими християнами вони заснували фонд “Милосердний самарянин”, що збирав кошти для організації лазаретів та догляду за пораненими, безкоштовного розповсюдження духовної літератури на фронтах. Баптисти працювали санітарами, військовими будівельниками, в обслузі, деякі брали участь у військових діях. Незважаючи на це, роки війни позначилися новими репресіями: відмова багатьох віруючих від служби в армії або від застосування зброї кваліфікували як державну зраду, хоч це і суперечило царському маніфестові. Під час війни чимало баптистів з України вислали до Сибіру: киянина М. Тимошенка, Ф. Білоусова та Ф. Шенемана з Сімферополя, І. Тарасенка з Керчі, К. Филиповича та