Однак, побудований на тимчасових, тактичних інтересах, православно-протестантський політичний союз не був життєздатним. Напередодні Визвольної війни непримиренність двох конфесій стала очевидною.

Отже, друга половина ХVI - перша половина ХVII ст. в історії України позначені відчутним впливом на її релігійне життя західноєвропейських протестантських течій. Підготовлені соціально-політичними та культурними процесами, підтримані маґнатсько-шляхетською верствою, вони поступово завойовували нові позиції, розширювали сфери впливу, коло прихильників серед місцевої еліти. Найбільших успіхів у цьому досягли, щоправда, лише кальвіністи. Проте їхні успіхи також виявилися недовготривалими. У ситуації переслідувань уряду та католицько-єзуїтських сил раннім протестантським течіям не вдалося об’єднатися у міцний релігійний союз. За умов протиборства між католицькою та православною церквою протестанти не змогли заручитися серйозною підтримкою православної шляхти і православного кліру. У період назрівання драматичних подій середини ХVII ст. ранні протестантські течії в Україні так і не здобули симпатій народної верстви.