Найінтенсивніше відбувається процес оцерковлення протестантизму у західних областях України, де конфесія зберегла чимало резервів для видавничої, освітньої, місіонерської практики. Скажімо, у Рівному, Луцьку, Тернополі існують великі баптистські церкви, які мають не тільки значні за розмірами культові споруди і чимало віруючих, а й численні гуртки, видавництва, місії з євангелізації, ансамблі, хори тощо. Вони стали своєрідними осередками паломництва протестантської молоді з багатьох міст України і з-за кордону, тут часто бувають віруючі інших конфесій, проводять міжрелігійні симпозіуми, біблійні конференції, концерти і вистави, молодіжні вікторини. При церквах відкрито недільні школи, а також кореспондентські, реґентські, дияконські курси, влаштовано навчання керівників молодіжних груп та гуртків за інтересами (фотосправи, автолюбителів, народних промислів). Безумовно, така діяльність не має нічого спільного з релігійною сектою. Стосовно церкви, то вона не приховує прагнення до розширення сфер впливу в суспільстві. Саме тому будь-який церковний інститут намагається об’єднати віруючих і на нерелігійній основі: у жіночих, молодіжних, дитячих групах, гуртках і громадсько орієнтованих організаціях (місіях, філантропічних групах, пропаґандистських аґітбригадах), щоб, передусім, самі віруючі не відчували обмеженості життя у своєму релігійному колективі.

Процес інституціоналізації сучасного протестантизму активізовано також деяким оновленням у його керівництві. На зміну консервативній ґенерації в кінці 80-х — на початку 90-х років прийшло чимало молодих лідерів. Їх кількість продовжує зростати. У багатьох церквах керівниками стали віруючі, які у 1985-1990 роках завершили навчання у закордонних богословських закладах. Ці сучасні лідери остаточно вибрали шлях релігійного оновлення, екуменізму й соціального служіння. Одним із головних кроків на цьому шляху стало об’єднання розрізнених протестантських громад України, створення їх центрів.

Найрозгалуженішим протестантським центром церковного типу є сьогодні Всеукраїнський союз об’єднань євангельських християн-баптистів (ВСО ЄХБ), який у 1999 р. налічував близько 2 тис. громад — абсолютну більшість баптистів та євангельських християн країни. Союз діє як самостійна, незалежна у своєму внутрішньому житті структура, що водночас підтримує тісні контакти з міжреґіональним об’єднанням, створеним на основі колишнього Союзу ЄХБ, — Євро-Азіатською федерацією союзів ЄХБ. Нещодавно до складу ВСО ЄХБ увійшли українські євангельсько-баптистські церкви діаспори.

Вищий орган ВСО ЄХБ — з’їзд. Він обирає правління, голову і його заступників, а також розв’язує проблеми релігійної та позарелігійної практики братства. У структурі Союзу створено низку біблійних закладів: наприклад, Київська біблійна семінарія, Ірпінський коледж, Львівська біблійна школа. Найбільший заклад — Одеська біблійна семінарія. Її слухачі — баптисти та євангельські християни також і тих громад, які поки що залишаються поза Союзом. Чотирирічний курс семінарії передбачає підготовку проповідників й учителів недільних шкіл; при закладі існує видавничий центр. Він видає історико-богословський альманах “Богомыслие”, навчальну літературу, брошури, збірки духовної поезії тощо. Впродовж 1992-1993 років центр випустив 750 тис. примірників різних релігійних видань.

При ВСО ЄХБ створено молодіжний союз — Всеукраїнське євангельсько-баптистське об’єднання молоді, а також жіночий відділ, які мають свої статути і керівні органи. У межах Союзу і при його матеріальній підтримці діє низка місій з питань євангелізації, створених майже в усіх великих містах України. У їх функції входить проповідування Євангелія невіруючим, пропаґанда ідей баптизму невіруючим і віруючим інших конфесій, місійні поїздки по Україні і допомога місцевим громадам ЄХБ, сприяння відкриттю нових громад, будівництву культових споруд. ВСО ЄХБ видає кілька журналів і газет у різних реґіонах: наприклад, газети “Християнське життя” (Київ), “Слово веры” (Донецьк, окремі статті друкуються українською), журнал “Євангельська нива” (Київ).

Поряд із ВСО ЄХБ у 1999 р. діяло 77 незалежних баптистських громад, 8 громад колишньої Ради церков ЄХБ, 71 громада євангельських християн.

Активний процес будівництва церковного союзу відбувається у п’ятидесятництві. Так, у 1991 р. офіційно оголошено про створення Союзу п’ятидесятників України, що об’єднав майже всіх християн віри євангельської (у західних областях) та більшість християн євангельської віри (на сході й півдні). У 1999 р. він налічував 1060 громад. Майже 200 п’ятидесятницьких осередків України залишились поза Союзом як автономно зареєстровані. Крім цього, існують 80 громад Союзу вільних церков християн євангельської віри, 17 громад Союзу церкви Божої в Україні, 20 — церкви Божої в пророцтвах.

При 624-х осередках Всеукраїнського союзу церков християн віри євангельської (п’ятидесятників) відкрито недільні школи, у Києві, Луцьку, Рівному, Львові — біблійні інститути. Як і в євангельсько-баптистському братстві, у п’ятидесятницькому об’єднанні створено молодіжні осередки, низку місій, благодійних товариств. У Рівному 1993 року відкрито видавничий центр. Крім біблійної та навчальної релігійної літератури, він випускає декілька періодичних видань. Упродовж 1991-1999 років п’ятидесятницьке братство в Україні видало сотні тисяч примірників часописів “Благовісник” (Київ) та “Євангельський голос” (Кременець). Місія у Рівному друкує щомісячник “Свет Евангелия”.

Подібно до євангельсько-баптистського осередку, Всеукраїнський союз на федеративних засадах входить до спільного для більшості п’ятидесятницьких громад колишнього СРСР об’єднання.

Окремий церковний осередок створили також адвентистські громади України — Українську уніонну конференцію церков адвентистів сьомого дня (УК АСД). До неї у 1999 р.