В грудні 1798 році Павло І був проголошений великим магістром Мальтійського ордену. Мальтійські вигнанці отримали вигідні місця при імператорському дворі, а для російських дворян були засновані два нових пріорства з дев’яносто восьми командорствами. Повну згоду, (права тільки в усній формі) зі змінами висловив папа Пій VI.

Павло навіть почав готувати експедицію з метою визволення Мальти, тому що до цього часу вона уже була відвойована у французів англічанами, які відмовилися передати її іоанітам. Ніхто особливо не протистував проти явного нонсенсу6 котолицький військово-монаший орден, який підпорядкувався безпосередньому римському первосвященику, очолив православний одружений монарх суверенної держави. Все обмежилося невеликою критикою дій Пала деякими Європейськими іоанітами (особливо в Баварії, звідки був родом Гомпеш) і російськими дворянами, що були невдоволені двозначним становищем імператора. Поки Павло І був живий, взаємовідношення ордену і Росії були безхмарними [Доманін А. с382] Але у березні 1801 року цар був вбитий у власному палаці, і з його смертю орден втратив останього покровителя.

Після вбивства Павла І орден протягом багатьох років не мав постійного місцезнаходження, а в 1834 році розмістив свою штаб-квартиру в Римі. Хоча втрата третьої своєї батьківщини позбавила іоанітів не промто місця проживання – з цього часу орден втрачає і свою позитивну програму, яка була прийнята з 1120 року і знаходиться уже на грані не тільки політичної, але й духовної загибелі. Всі землі іоанітів у Європі були конфісковані. З часу смерті Павла І в ордені було вибрано великого магістра, його заступав так званий "лейтенант великого магістра", який був призначений папою. Фактично, до 1830 року орден зупинив своє існування в тому вигляді, в якому був в ХІІ столітті при великому отцеві засновником ордена Раймундом дю Пюі.

І все ж Мальтійський орден не помер. З тридцятих років ХІХ століття почалося його поступове відродження уже в новому вигляді. Тепер на чолі ордену були поставлені самі перші принципи іоанітів – ті, з яких почалася історія братства: благо чинність, допомога бідним, страждаючим, заснування шпиталів для паломників. І уже в цьому вигляді орден знову почав набирати силу. В 1834 році, коли іоаніти отримали резиденцію в Римі на віа Кондотті, а пізніше і віллу на Авентійському пагорбі, орден поступово почав відновлюватися [Райлі-Смітт с.437] Ці ва володіння помагають ордену до тих пір зберігати в назві епітет "державний" або незалежний, суверенний.

Орден відмовився від намірень розпочати війни в якості воєнної сили на незалежній території, тоді існували плани відвоювати у турків будь-який острів, чи заснувати в Алжирі орденську державу. Все ж орден мальтійських рицарів повернувся до своєї першопочаткової мети – турбота про бідних і хворих людей. Спочатку брати займалися благочинні сю тільки в папських землях, але потім розширили свою діяльність практично на цілий світ. Тепер цей орден утратив військовий характер. Він є скоріше релігійно-політичною та благородною організацією [Головащенко С. с.345]

З Мальтійським орденом пов’язані чотири інших ордени святого Іоана. Це протистанські рицарі братства, і вони не є орденами Католицької Церкви, а знаходяться під покровительством почесних організацій, феодального парламенту Німеччини і королівських будинків Швеції, Нідерландів і Великобританії. Три із них – Брандербурський бальяж рицарського ордену шпиталю святого Іоана Єрусалимського, орден святого Іоана в Нідерландах і орден святого Іоана в Швеції. Провінції ордену іоанітів відкололися від основного ордену під час Реформації і перетворилися в протистанське братство. Четвертий орден – Велике пріорство чеснішого ордену шпиталю святого Іоана Єрусалимського – виник в 1827 році при спробі французького відділення ордену іоанітів заробити гроші на лондонському ринку і відправити із Англії невелику морську експедицію в допомогу грекам. За акту допомогу іоанітам було обіцяно острів в Егейському морі, який повинен був використатися для початку відвоювання Родоса. Всі учасники цієї експедиції повинні були стати мальтійськими рицарями. [Райлі-Смітт с.439]

Але з цього заходу нічого не вийшло, а утворюючись в процесі підготовки, англійський орден не був призначений великим магістром в Римі. Однак в Англії і продовжував існувати і займатися благочинною діяльністю. Заснована їм "Швидка допомога святого Іоана" привернула увагу королеви Вікторії, і вона прийняла його в 1888 році орденом британської корони [Райлі-Смітт с.439]

Сьогодні "Державний військовий орден шпиталю Святого Іоана Єрусалимського, Родоського і Мальтійського" являє собою одну з найбільших організацій під патронатом католицької Церкви. Представництва, осередки Мальтійського ордену існують в багатьох країнах світу [Головащенко С. с.345] В ордені налічується приблизно десять тисяч офіційних і близько мільйона членів мальтійського ордену. Йому належить багато шпиталів, дитячих домів і пунктів допомоги для голодних і безпритульних. Мальтійський хрест із військового символу уже перетворився в символ допомоги, сперечаючись в цьому з Червоним Хрестом [Доманін А. с.383]

Діяльність ордену активізувалась після Другої світової війни 1939-1945 роки, його членами були і є багато політиків, бізнесменів, діячів культури. Елітарний за членством, орден здійснює благородні акції, проголошуючи благодійність та розвиток культури й духовності своєю головною метою. [Головащенко С. с.345] Мальтійський орден виборов собі статус суверенної держави, й представництва в ряді країн є екстериторіальними, подібно до посольств.

Орден на сьогоднішній день є активною християнською благочинною організацією, яка веде пастирську роботу та посвячує себе для інших людей. На протязі всієї історії він не тільки воював з "невірними", але й надавав допомогу бідним і немічним потребуючим, демонструючи тим самим характерний для