Насправді, у Іоаннітів було тільки два вибори: або вони залишаються монаршим братством з виключно мирними цілями, або самі підуть по тамплієрській дорозі, відмовляючись від першоначальних принципів милосердя, співстраждання, і допомоги скорбним. Орден Іоаннітів воскреснув в дусі часу, під впливом войовничих настроїв епохи, скромна організація одного лицаря, жителя міста Амальфи, заснована ним ще до початку хрестових походів для догляду за хворими і недужими паломниками. [О. Егер. с.279] Тому важко було погодитись з тим, щоби така всесильна організація припинилася з розколом дев’яти рицарів, багато залежало від того, кого Іоанніти виберуть свого нового настоятеля. Новим лідером Іоаннітів став хоробрий воїн, учасник багатьох битв з сарацинами під час хрестових походів, лицар із Провансу Раймонд дю Пюі. Цей воїн, політик, монах, твердою рукою правив багатством приблизно сорок років, і став, по суті головою ордені Іоаннітів.

Раймонд дю Пюі вибраний в 1118 році ректором Іоаннітів, з’єднав багатство в визначену замкнуту спільноту, зобов’язав її членів скласти монаший обіт, і увів особливу одежу. Члени ордену Іоаннітів носили одяг – чорний плащ з білим полотняним хрестом на лівій стороні, він був своєрідною формою – "мальтійського хреста".

У 1120 році орден було перетворено на військовий, коли Раймонд дю Пюі доручив йому оборону Гробу Господнього. [Арх. Ісіченко І. с.322]. Скоро монахи які доглядали хворих, стали і самі приймати участь у бойових діях, папа утвердив орденський устав, згідно якого Іоанніти були покликані воювати з "невірними" [Карпов С. с.280]

Сам Раймонд дю Пюі, природжений солдат, був безумовним прихильником другого тамплієрського шляху. Але блискучий розум і організаторські здібності дозволили йому знайти і втілити в життя третій шлях, який влаштовував для групи Іоанітів. Дю Пюі розділив всіх членів на три розряди чи групи – рицарі, клирики і службові. Обдарований попами і князями, чин скоро розбагатів і став могутнім. Офіційне призначення нового ордена римським папою змінило життя іонітів. В 1155 році папа римський підтверджує устав і дає ордену новий статус, а Раймонд дю Пюі стає першим великим магістром "Ордену рицарів Єрусалимського шпиталю святого Іоанна". Після 1155 року орден став дуже швидко поширюватись. Цьому сприяли великі привілеї, подаровані папою іоаннітам. Почали будуватися багато численні шпиталі, головний з яких – Єрусалимський, став уже до 1170 року унікальним для того часу закладом ордену. [Доманін А. с.208].

Даний заклад вміщував в себе дві тисячі ліжок для хворих пацієнтів, а обслуговуючий персонал перевищував тисячу осіб. При шпиталі була навіть відкрита пологова кімната, і всі народженні народжені немовлята отримували від ордену допомогу. Ранг пацієнта не мав в шпиталі ніякого значення – і аристократ, і останній бідняк отримували однакові порції харчів та милостині. Орден іоаннітів зберіг свою печатку, на якій був зображений хворий, що лежить на ліжку, з хрестом над головою, і світильником в ногах. Печатка іоаннітів символізує першочергове призначення ордену. [Егер О. с.399].

Близько 1137 духовна і харитативна ціль ордену що раз більше меншала, а військове завдання виступило виразно на перше місце. [о. І. Хома с.263]. У членів ордену головним завданням був захист паломників на шляху в Єрусалим. За наступне завдання відповідали священики, вони брали на себе духовну місію молитов і спів страждання з пораненими і недужими. Третє завдання було для простих вільних людей, для них полягала основна робота за доглядом немічних і подорожуючих паломників, хворими і пораненими воїнами. З часом ця система змінила положення, і з цього часу починається новий період в історії іоаннітів. Мирна монаша спільнота перетворилася в духовно-лицарський орден.

Магістр питальників керував верховною і майже необмеженою владою. Усі благочинні обов’язки у ордена після першого хрестового походу відійшли на задній план, і орден іоаннітів перетворився в чисто воєнне лицарське об’єднання. [Заборов М.А. с.128]. Раймонд дю Пюі перемінив братство у духовно-рицарський монаший орден і тим самим їхнім обов’язком стало битися із невірними. Після того, як виник духовно-рицарський орден, були введені особо строгі правила щодо одягу. Для рицарів вищого розряду обов’язковими вважались два типи одягу. Перший із них був червоний супервест – який надівався через голову, він був без рукавів. Раймонд ввів замість простого хреста восьмираменний хрест, який символізував вісім блаженств Христових. Він нашивався на грудях білими нитками. Головною частиною офіційного костюма шпитальєрів був чорний шерстяний плащ з нашитим на лівому плечі білим хрестом Святого Іоанна. [Доманін А. с.205]. В епоху Хрестових походів цей плащ став своєрідним "фірмовим знаком" іоаннітів.

На протязі всієї історії ордену іоаннітів будова його була така: на чолі стояв великий магістр, члени ордену ділилися за націями і мовами, яких було вісім: Прованс, Овернь, Франція, Італія, Арагон, Кастилія, Німеччина і Англія. Кожна з цих націй вибирали собі голову для внутрішнього управління, і висувала кандидата – на одне із восьми почесних посад, які постійно залишалися в руках однієї і тієї ж нації: великий командор (головний скарбник), великий маршал (начальник піхоти), шпитальєр (голова благочинних організацій), адмірал (начальник флоту), великий консерватор (внутрішня адміністрація), туркопільєр (начальник кавалерії), великий бальп (начальник фортифікаційних споруд), великий канцлер (зовнішня політика). Займати посади в ордені мали право лише знатні рицарі. Вісім голів націй складали тайну раду великого магістра. Нації підпорядковувались вісім великих