Сигізмунд ІІІ затвердив Могилу на цій посаді. “Новий архімандрит, - відзначає у своєму нарисі про нього М.Костомаров, - зразу ж виявив свою діяльність на користь монастиря, завів нагляд над священнослужителями у селах лаврських маєтків, малограмотних наказав учити, а впертих і своєвольних піддавати покаранням: оновив церкву, не шкодував витрат на прикрашення печер, підпорядкував лаврі Пустинно-Миколаївський монастир, заснував Голосіївську постинь, побудував за свій рахунок при лаврі богодільню для жебраків і задумав заводити при Печерському монастирі вищу школу”. На той час повернулися з різних університетів Європи послані ним, ще у його перші дні перебування в Лаврі, юнаки, які утримувалися за кордоном власними коштами Петра Могили. Вони й стали його першими помічниками в організації якісно нової системи освіти в Києві. Так було відкрито в Лаврі школу, яка відразу ж стала набагато авторитетнішою за Богоявленське (Братське) училище. Воно в цій конкуренції могло загинути. І це стривожило високих духовних осіб, які справедливо вважали, що училище треба зберегти. Вони звернулися до Могили з проханням порятувати навчалиний заклад. Архімандрит вирішив об'єднати школу з училищем. В такий спосіб творився найавторітетніший центр освіти в усій Україні. Сам Могила виділив власні кошти, на які було збудовано один з навчальних корпусів на Подолі, утримувалися викладачі й школярі.

Викладання у Лаврській школі велося латинською та польською мовами, і створювалась вона за зразком польських шкіл вищого типу – колегій. Всього в ній навчалося понад 100 учнів. Однак було немало труднощів і незгод. З самого початку печерсько-лаврські іноки виступили проти надання школі приміщень, які, до речі, відбиралися саме у них. Втім Могилою цей опір був знищений скоро: він покарав незговірливих іноків, усунув упертого ігумена Арсенія й, поставивши нового, уладнав з ним згідну зі своїми передбаченнями справу.

Та щойно розпочалося навчання, як виникли нові ускладнення. Київське братство, козацтво підняли питання про об'єднання Київської братської школи та лаврської. Наприкінці 1631 року 32 братчики Київського богоявленського братства склали акт, у якому Могила називався старшим братом, блюстителем і пожиттєвим опікуном братства. Прохання братства підтримав і новий митрополит Ісайя Копинський. А 12 березня 1632 р. до Петра Могили звернувся гетьман реєстрових козаків Іван Кулага-Петражицький з “Листом військовим”, у якому просив об'єднати школи, обіцяючи зі свого боку їх “твердо захищати, охороняти й за них до самой смерті стояти”. Вирішили об'єднати школи в одну, яка отримала назву Києво-Печерської колегії. Петро Могила за згодою братства став її “старшим братом”, “довічним охоронцем і наставником”.

Мине час, і колегія стане на честь Могили - Києво-Могилянською,

а згодом і академією, яка відіграла найвизначнішу роль у розвитку освіти й науки як в Україні, так і в Росії. А тоді, навесні 1632 р., студенти-ритори заснованого Могилою “гімназіума” склали і піднесли йому на Великдень панегірик “Евхарістірон, або Вдячність Петру Могилі”, у якому прославляли Могилу як першого, хто дав православній науці, “досі безплідній”, справжню вченість.

Між іншим, культурна й освітня діяльність Петра Могили не обмежувалася лише турботою про Київську колегію. Саме за його участю були відкриті колегії у Вінниці, Кременці, Гощі. Багато зусиль доклав він і до розвитку книговидавничої справи в Україні.

У квітні 1632 року помер польський король Сигізмунд ІІІ. В Кракові збирався сейм, на якому мало розглядатися питання про його наступника. Старий і хворий митрополит Київський Ісайя Копинський не міг рушити в таку далеку дорогу. Рада вищого духовенства вирішила послати від себе на сейм П.Могилу. Прибувши туди, архімандрит Києво-Печерської лаври заявив від імені всього українського народу, що київська депутація не братиме участі в сеймі, якщо негайно не буде прийняте рішення про повернення православних усіх захоплених у них уніатами монастирів і церков. Після тривалої дискусії сейм змушений був винести таке рішення. Ось що зробила одна людина, яка мала незламну силу волі, гнучкий розум і знання дипломатичної справи. Княжич за походженням, мало мав собі суперників за вихованням, був зразком ревної відданості в вірі й православ'ї – тільки один Могила міг на той час так невтомно боротися і так переможно вийти з такої нерівної боротьби.

Як козацькі посли, так і делегація духовенства на чолі з Петром Могилою виявляли неабияку активність на сеймі. Щоб забезпечити собі більшість, королевич Владислав склав спеціальний матеріал, у якому пропонувалося вирішити козацькі питання, віддати православним Київську митрополію, повернути всі її маєтки, монастирі й навіть львівське єпископство.

Однак він міг набути сили лише після затвердження “елекційним” сеймом. На ньому й почалися й основні дебати, що доходили мало не до бійок, особливо, коли в суперечку встрявали козаки. В діаріуші князя А.Радзивілла 1632 року зазначалося: “У понеділок (15 жовтня) козаки на сеймі говорили про унію з презирством, робили тисячі протестів і погроз і при цьому заявили: нехай Республіка не доводить їх до відчаю… Тут є багато попів та інших схизматиків, які розпалюють ворожі партії. Ми застосовуємо проти них всі наші намагання, але до сих пір становище досить важке…”

Говорячи про попів, Радзивілл, очевидно, мав на увазі делегацію православного духовенства на чолі з Могилою. Він дійсно разом з Адамом Киселем, Лаврентієм Деревинським і Вороничем постійно виступав на засіданнях сейму, захищаючи православних, і навіть особисто звернувся до новообраного 13 жовтня короля Владислава. Той, зваживши на ситуацію, задовольнив їх прохання, видавши