“Диплом” надавав повну свободу переходу як з православ'я в унію, так і з унії в православ'я. Київський митрополит мав, як і раніше, висвячуватися від Константинопольського патріарха. Віддавалась Луцька єпархія, запроваджувалася нова у Мстиславі, заборонялося чинити всілякі образи православним людям.

Коли Петро Могила разом з брацлавським підсудком Михайлом Кропивницьким вітали Владислава з обранням, то дякували йому за рішення, підкреслюючи: “Розумно поглянув ти на наші прохання і справедливо розсудив їх”. Тим часом козаки і православне духовенство, очевидно, інспіроване однодумцями Петра Могили, в один з останніх днів сейму, зібравшись разом, прийняли рішення усунути від митрополії Ісайю Копинського як людину престарілу й хворобливу. Тут же, у Варшаві, митрополитом було обрано Петра Могилу. Правда, на випадок, коли б король не побажав затвердити Могилу митрополитом, було обрано й іншого кандидата – вінницького підстаросту Михайла Ласку, чия мати – Гулевичівна – віддала свою землю під Київську братську школу. Були також обрані на єпископію Луцьку – князь Олександр Пузін, на Мстиславську – ігумен Віленського Святодухівського монастиря і ректор школи при ньому Іосиф Бобринович.

12 березня 1633 року Владислав затвердив митрополитом Петра Могилу і видав йому “привілей” на це. При цьому король відзначив, що добре знає Могилу, “коли той був ще у “світському званні” і коли “на очах його воював проти головного ворога Польщі Османа, царя туркцького”. Королівською грамотою Могилі віддавалася Києво-Софіївська церква, утримувалася за ним і Києво-Печерська архімандрія, доручався нагляд за Пустинно-Микільським монастирем.

Невдовзі було отримане благословіння й патріарха константинопольського, причому патріарх надавав новому митрополиту звання “екзарха святого константинопольського трону”.

Настановлення Петра Могили митрополитом у Києві викликало незвичайну радість. Ученики братської школи складали йому гимни і панегірики. “Коли б ти задумав, - говориться до нього в привіті, - відправитися з Києва до Вільна і до країв українських і литовських, з якими радощами зустріли б тебе ті, которими наповнені суди, темниці й підземні в'язниці за непорочну віру східну!?” Печатники присвятили йому віршовану брошуру, що напечатали під заголовком “Евфонія веселобремячая”.

Після наставлення митрополитом Петро Могила з новою силою розгорнув сподвижництво як у галузі церковній, так і освітній, будівничій, книгодрукування та ін.

Насамперед після повернення до Києва він звернув увагу на вилучення в уніатів й упорядкування давньої руської святині – Софійського собору. Після “хозяйнування” уніатів ця велична будова перетворилася на пустку й поступово руйнувалася. Першим ділом митрополита було надати церкві св. Софії величавого виду і посвятити її для богослужіння; він називав її “одинокою окрасою православного народу, головою і матір'ю всіх церков”. Петро Могила намагався відновити давню святиню Києва і разом з тим оживити в народі споминку старовини. Таким чином, він відновив церкву св.Василя; з руїн Десятинної церкви поставив нову камінну церкву, а підчас тих робіт найшов у землі домовину св.Володимира і переніс її до печерського монастиря, щоб люди могли її поклонитися, відновив також стару церкву Спаса на Берестові.

Петро Могила звернув увагу на те, що в церковні богослужебні книги, якими тоді користувалися в південній та західній Руси, вкралися неправильності й суперечності. Це було тоді тим гірше, що противники православ'я вказували на цю обставину, як на слубу сторону й стверджували, що в православнім богослуженні нема одностайності: в одній книзі про орден і сам предмет можуть бути одні вислови, а в другій – зовсім інші, і кожен священник може вживати того або іншого способу. Цим противники намагалтся доказати, що церква, не маючи одного голови, не зможе дотриматися правильності в своїх богослужебних книгах, а тим самим звертали на конечність підчинитися папі, як єдиному голові. Могила постановив, щоб у майботньому богослужебні книги не давалися в печать без перегляду й порівняння з грецькими першотворами і без його благословення. Він займався їх переглядом сам особисто.

Петро Могила дуже дбав, щоб завести одностайність у православнім богослуженні, щоб священники як слід виконували свої обов'язки, та щоб поправити їх моральність. Для цього у 1640 р. Могила назначив собор у Києві і на цей собор закликав не тільки духовних, а й світських людей, записаних в братствах; після його погляду на склад Церкви, світські люди мали право голоса у церковних справах. “Наша церква, - писав Могила в своїм окружнім посланні, - лишилася недоторканою в догмах віри, але дуже попсована що до обичаїв, молитв і благочестивого життя. Багато православних, ходячи на богослужіння іноверців і слухаючи їх науки, заразилися єресю, так що важко розпізнати: чи вони справжні православні, чи тільки так називаються? Інші ж, не тільки світські, але й духовні, просто покинули православ'я і перейшли до різних безбожних сект. Духовний і чернечий стан попав у нелад; недбалі настоятелі не стараються що до ладу і зовсім ухилились від прикладу давніх отців Церкви. В братствах покинули ревність і звичаї предківські; кожен робить, що хоче.” Могила заявляв, що він бажає повернути українську церкву до давнього благочестя, і думав, що цього можна досягти собором духовних і світських людей. Дії того собору не дійшли до нас, та мабуть результатом його нарад явилося нове видання “Требника-” в 1646 р. Цей “Требник” – подрібний збірник богослужень, довго служив провідною книгою цілій Росії і відомий під назвою “Требника Петра Могили”. В “Требнику” Могила не обмежився тільки викладом