В 1644 р. Могила написав твір “Лiиот”, який складався з трьох розділів: в першому обговорюються тайни й обряди, в другому – церковний устав, в третьому – дві головні догматичні різниці між східною й західною церквами: походження святого Духа і верховне начальство папи. Взагалі, з оглядом на значення обрядів, Могила відрізняє єственні головні признаки від додаткових. Єственними він називає ті, що при всяких змінах форм мають лишитися непохибні, вони містяться:

Таким чином в тайні хрещеня вода становить матерію, виголошення слів: “хреститься на ім'я Отца, Сина і святого Духа” – форму, внутрішній намір або бажання того, що сповнює тайну, щоби звести ласку св. Духа – інтенцію. Зовсім так само в літургії єственну частину її становлять, крім внутрішнього н а м і р у священника: матерія, тобто хліб і вино, і форма, тобто освячуючі її слова Спасителя: “прийміть, їжте й пийте від неї усі”. Весь лад богослуження, в котрий прибрані або влучені єственні признаки, може змінятися в різних церквах. Відповідно до місцевостей, давніх звичаїві переказів, можуть існувати всякі обряди. Обряди можуть в одній і тій самій церкві після потреб часу змінюватися, доповнятися й скорочуватися, та не інакше, як на основі соборів. Кожен священник, зокрема, повинен точно виконувати все, що постановляють богослужебні книги, прийняті в той час. Такий був погляд знатного митрополита на весь лад зверхньго богослуження. Він завзято виступав проти римської церкви, але зовсім не з причин різниці богослужебного ладу, а за її догматичні похиби, між котрими перше місце займає признання абсолютного голови в особі римського папи.

Як тільки Петро Могила зайняв посаду митрополита, він реформував Київську братську школу в колегію, заснував другу школу у Винниці і завів при київськім братстві друкарню та підчинив їх київьському митрополитові. Цим було нарушено стародавній розпорядок патріярха Теофана, після которого київське братство підлягало тільки патріярсі. Але це було виправдано зробленими змінами: заснуванням монастиря і зміною школи на колегію, і тим, що колегію і монастир підтримував на свої власні кошти Петро Могила. Монастир мав тісний зв'язок із колегією. В ній містилися тільки монахи-наставники, їх всіх було взято з Печерської Лаври. Як вже говорилося, Могила підтримувал колегію й монастир за власний кошт: переписав на них дві лаврських волості, подарував колегії своє власне село Позняківку, крім цього час від часу давав грошові підмоги на будівлі й гроші для вчителів й учнів. За його прикладом і проханням, записана в братство шляхта допомогала колегії всякими дарами і щорічно вибирала старостів з-поміж себе для надзору й допомоги в підтримці. Колегію було утворено за зразком тодішніх висших европейських шкіл, за допомогою свідомих духовних осіб, а також світських людей, котрі б могли пильнувати правоти східної церкви і своєю освітою стати на рівні з тими, від кого вони повинні були охороняти права своєї церкви дорогою закона й втолоковування. Ідеалом Могили був такий український чоловік, котрий би, зберігаючи свою віру й свою мову, водночас рівнем своєї освіти і своїми духовними здібностямистояв на рівні з поляками, з якими доля зв'язала його в державних відносинах. До того ідеалу прямували й способи виховання й навчання, прийняті Могилою.

З наукового погляду колегія ділилася на дві конгрегації: висша і низшу. Низша конгрегація в свою чергу ділилася на шість класів: ф а р а або а н а л ь о г і я, де вчили одночасно читати й писати тьома мовами: слов'янською й грецькою; і н ф і м а - клас початкових відомостей; за ним клас г р а м а т и к и і клас с и н т а к с и м и: в обох класах навчали граматичних правил трьох мов - слов'янської, латинської і грецької, пояснювали й перекладали всякі твори, робили мовні практичні вправи, вивчали катихізис, арифметику, музику й нотний спів. Далі – слідував клас п о е з і ї, де викладали поетику і писали всякі можливі вправи у віршованні, як українською, так і латинською. За поетикою слідував клас р и т о р и к и, де учні вчилися складати промови. Висша конгрегація складалася з двох класів: ф і л о с о ф і ї, яку викладали після Аристотеля, приладженого