Через п’ять місяців після першого собору було скликано другий Всеукраїнський Церковний Собор за гетьманщини. Міністром віросповідань тоді був О.Лотоцький. На цьому Соборі (12 листопада 1918 р.) він твердо і рішуче поставив питання автокефалії української церкви і оголосив соборові декларацію: “В імені Уряду Української Держави, маю за честь оголосити його тверду і непохитну думку, що Українська Церква має бути автокефальною. Автокефалія Української Церкви це конечна потреба нашої Церкви, нашої держави, нашої нації”. Проте цю справу довести до логічного завершення за гетьманату не вдалося, поскільки в листопаді почалося антигетьманське повстання, внаслідок чого П.Скоропадського було усунуто від влади.

Замість монархії до влади прийшла Директорія, яка відновила УНР (грудень 1918 р.). Одним з її перших законодавчих актів був “Закон 1 січня 1919 року про вищий уряд Української Автокефальної Православної Церкви”, проведений як декрет нової державної інституції. В ньому підкреслюючи незалежність національної церкви, вказувалося, що вища церковно-законодавча, судова та адміністративна влада в Україні належить Всеукраїнському Церковному Собору.

Для керування справами УАПЦ передбачалося утворення Українського Церковного Синоду. УАПЦ з її Синодом і духовною ієрархією ні в якій залежності від Всеросійського Патріархату не стояли. Звичайно намічене в цьому законі здійснити Директорії вдалося лише частково.

Проте, цим кроком по наданню українській православній церкві автокефалії чинився надзвичайно сильний опір московських церковнослужителів. Український народ поступова почав розкушувати їх облуду. Він почав уважніше прислухатися і придивлятися до їхніх слів і чинів. Він почав ледве-ледве проявляти активність в церковних справах, що вилилося в другій половині 1919 р. в могутній релігійний рух в Україні і воскресило стародавню, традиційну, святу українську церкву. В цьому заслуга тільки народу... , - підкреслював старший ад’ютант С.Петлюри в своїх спогадах “Літопис Української революції” Олександр Доценко, - а не представників державної влади, не представників політичних партій та угруповань.

На кінець літа 1919 р. ситуація в УНР значно погіршилася, зростали непорозуміння в середовищі її керівництва, що викликало досить часті зміни уряду. Внаслідок чергової реорганізації уряду УНР восени 1919 р., з 15 вересня Міністром культів став Іван Огієнко. Обрання його на цю посаду в складі уряду І.Мазепи затвердив С.Петлюра, а 14 жовтня І.Огієнко склав присягу на вірність Україні.

З придушенням Міністром ісповідань професора І.Огієнка активність державної влади в питаннях релігії і церковного життя значно зросла. Він розпочав свою діяльність з вирішення мовних проблем та українізації (дерусифікації) церковного життя.

Ставши Міністром ісповідань, І.Огієнко особливу увагу приділяв організаційній стороні справи в галузі церковно-релігійної діяльності. При очолюванім ним Міністерстві ісповідань було створено колегіальний дорадчий орган – спеціальна Рада міністерства. При її формуванні Огієнко покладався насамперед на власну інтуїцію, найбільше цінуючи в людях компетентність, освіту, витримку, відданість справі. Рада, що складалася з фахівців, допомагала міністру орієнтуватися в ситуації при обговоренні поточних, злободенних проблем, визначити пріоритети у діяльності відомства тощо.

За час існування Ради її членами були декан богословського факультету Кам’янець-Подільського університету професор В.Біднов, віце-міністр закордонних справ професор О.Ейхельман, протоієрей богословського факультету Кам’янець-Подільського університету В.Липківськпий, професор і доцент університету П.Неселовський, Ю.Сіцінський, П.Табінський, В.Чехівський, віце-директор міністерства ісповідань П.Сікорський, віце-міністр юстиції В.Цівчинський та ін. Посаду секретаря ради в різні роки обіймали Ю.Грох-Громальський, П.Клепацький, Л.Кенсицький, І.Левицький та П.Табунський. До участі в обговоренні окремих питань залучалися відповідні спеціалісти і зацікавлені сторони. На кожному засіданні розглядалося від одного до восьми питань щодо українізації церковної служби, розбудови та визнання законодавчого оформлення автокефалії національної православної церкви, налагодження та розвитку міжконфесійних і міжнародних взаємин, допомоги співвітчизникам-емігрантам, військовополоненим та ін. Так, протягом 17 вересня 1919 – 28 грудня 1921 рр. було обговорено 153 питання порядку денного. Серед них 66 разів Рада поверталася до обговорення церковного життя та автокефалії, 10 – становища українізації служби Божої та діловодства духовних установ, 6 – духовної освіти та ін. Зокрема, на першому засіданні 17 вересня 1919 р. Радою вирішено перейменувати “міністерство культів” на “міністерство ісповідань”, “бо слово культ” як чужоземне, є малозрозумілим для широких кіл населення і менше відповідає обставинам нашого життя, ніж слово “ісповідання”.

На цьому ж засідання І.Огієнко повідомив про своє рішення звернутися до архієрейства, духовенства й усього народу України з закликом обєднати зусилля для дружньої роботи на користь православної Української автокефальної церкви.

В своєму листі-наказі 17 вересня 1919 р. до всіх Преосвященних єпископів і архієпископів в Україні він повідомив про своє призначення міністром ісповідань і просив архіпастирських молитов для допомоги в його “благочинних начинаннях” і щоб Бог направив його стопи “по путі правди на славу Божу і користь України”. Далі в листі читаємо: “Ласкаво прошу Вас допомогти зберегти в чистоті стародавні наші українські церковні звичаї і обряди. Служба Божа по старому нашому звичаю має правитися з українською вимовою, Святе Євангеліє най читається українською мовою, най невидимо Спаситель благовістить до змученого народу нашого рідного йому українською мовою! Проповідь церковна най провадиться українською мовою пастві на користь, Богові на славу!”... Далі міністр звертає увагу на страждання, матеріальне незабезпечення та моральне пригнічення духовенства і що “все церковне життя, увесь церковний устрій вимагають великих негайних реформ” та що “необхідно також підганяти духовенство в очах народу морально і матеріально.

Огієнко як міністр ісповідань просив також про упорядкування церковного життя в Україні, про допомогу розпізнати негайні потреби духовенства