І.Огієнко як міністр ісповідань вживає заходів інституалізації УАПЦ та утворення її ієрархії на чолі з Церковним Синодом, на який покладався обов’язок ретельно стежити за чистотою Віри православної і за відродженням Української церкви. Створення його передбачалося декретом уряду УНР від 1 січня 1919 р.

Після відповідної підготовчої роботи було складено текст універсалу про заснування Синоду. За поданням І.Огієнка 7 жовтня 1919 р. Директорія своїм декретом сповістили про заснування Українського Священного Синоду як найвищого органу управління українською православною церквою.

Наказом 7 жовтня 1919 р. всіх Преосвященних єпископів і архієпископів міністр ісповідань приписував, щоб “всякі призначення і переміщення осіб, що народилися не в Україні, проводились з дня одержання цього тільки в порозумінню зі мною” (тобто міністром ісповідань).

Але, на жаль, накази в багатьох випадках залишалися наказами на папері. Не було того, хто б ці накази реалізовував. А “слуги церкви” говорили: “начхать мы хотьели на такие приказанія”. Ворожа агітація й надалі проводилася в церквах проти української держави та проти її уряду.

Особливо активно цю діяльність проводив Кам’янецький єпископ Пимен, переслідуючи українців та ігноруючи і висміюючи розпорядження української влади, рукополагав в священики офіцерів утікачів – п’янчут та царських “держиморд” – з денікінської армії. Разом з ними єпископ ретельно і діяльно підготовляв денікінський переворот в місці осідку українського уряду – Кам’янці.

Значні сподівання, не дивлячись на надзвичайно складну ситуацію, покладалися на скликання Українського Священного Синоду, який мав прийняти рішення про відродження Української церкви.

Напередодні його скликання, 7 жовтня 1919 р., було прийнято Декрет Директорії Української Народної Республіки.

Піклуючись про найкращий стан Української Святої Православної Церкви, уряд УНР цим декретом підтвердив виданий 1-го січня 1919 р. закон, що православна церква Українська автокефальна, ні від московського, ні від якого другого церковного уряду незалежна. Вищою Православною Церковною Владою в Українській Республіці визнавався лише Церковний Собор Української Православної Церкви. Декретом передбачалося скликати Український Синод не пізніше 14 жовтня 1919 р. Повний устав Синоду мав виробити сам Священний Синод разом з Міністром Ісповідань і керувати ним до Всеукраїнського Церковного Собору.

14 жовтня 1919 р. відбулося відкриття Священного Українського Синоду. При відкритті Синоду було зачитано згаданий Декрет Директорії УНР та її універсал від 7 жовтня 1919 р. до українського народу про заснування цього органу.

Перед початком діяльності Синоду о 16-й годині дня в університетській церкві св.Миколая був відправлений молебень, на який прибуло чимало духовенства і мирян. Серед них були С.Петлюра, Ф.Швець і А.Макаренко. Молебень правив протоієрей В.Липківський, який говорив про необхідність церковної реформи в Україні, поскільки канони втратили своє значення.

Після молебня в кабінеті ректора (І.Огієнка) обговорювалося питання про роботу Святого Синоду. До його складу мали війти: один єпископ, два священники, один диякон і троє мирян. Єпископ Пимон, якого запропонував І.Огієнко, як архієрея Кам’янця, відмовився, посилаючись на не канонічність Синоду. Відмовився і вікарій Амвросій, єпископ Вінницький. А тому вирішили розпочати роботу Синоду без єпископа в такому складі: протоієрей Юхим Сіцінський, Василь Липківський та Макар Крамаренко, миряни – В.Чехівський та декан богословського факультету В.Біднов (Кам’янецького державного університету). Секретарем Синоду обрали М.Крамаренка, головою був тимчасово В.Липківський, але фактично головував проф. І.Огієнко, який в Синоді був як представник влади.

Завдання Святого Синоду було – бути найвищою церковною владою в Україні. Як найвища церковна влада в Україні, Синод повинен був іти в повній згоді з урядом УНР і для цього в його складі мусив бути представник державної влади. Таким представником був сам міністр ісповідань, що викликало незадоволення з боку В.Липківського та В.Чехівського.

Щоб створити сприятливі умови для дерусифікації і відродження Української Церкви, Рада міністерства, враховуючи досвід західних держав 28 жовтня 1919 р. розмежувала функції Міністерства і Синоду. “Діла Віри, Богослужіння і Суду, - відзначалося в ухвалі, - повинні належати до Священного Синоду, всі інші – до Міністерства ісповідань”. На засіданні було затверджено також і текст законопроекту “Про Віру”, який проголошував домінуючими сповіданнями більшості населення України християнську православну та католицьку східного ісповідання віру, і водночас проголошував право “кожному громадянинові і кожній громаді вільно ісповідувати віру, яку вони бажають, і вільно публічно виконувати обов’язки своєї віри”. Замість Духовних консисторій поставали Церковні Ради.

Необхідно зазначити, що, зважаючи на неоднорідність вірувань громадян, І.Огієнко постійно тримав у полі зору питання особистих контактів між різними конфесіями, особливого значення надавав налагодженню поміж віруючими толерантних стосунків. Враховуючи специфіку західних регіонів, певні непорозуміння в ставленні різних гілок християнства до ідеї національної церкви, зумовлені історичним розвитком соціальних та духовних відносин в Україні, прагнучи досягти їх єдності, Іван Огієнко ще 20 вересня 1919 р. запровадив нову структуру – відділ у справах уніатської церкви.

Під опіку І.Огієнка потрапили знедолені біженці греко-католицького віросповідання. Він порушив клопотання перед Директорією УНР про надання їм у Кам’янці-Подільському церкви, зайнявся їх розселенням, працевлаштуванням, побутом.

Не залишалися поза увагою міністра і римо-католики, долю яких, як і побратимів православних, безжально калічила війна. Він сприяв будівництву поляками в м.Гайсині нового костьолу, турбувався про умови релігійних відправ. Завдяки його наполегливим зусиллям отримав іменне забезпечення по старості римо-католицький єпископ Антоній Церру, надавалася грошова допомога пасторам. Позитивно вирішив міністр питання про утворення в Україні Євангелійсько-Лютеранської консисторії, дозволено діяльність